شانزدهم شهریور ماه سال 58 بود که آیت الله طالقانی نماز جمعه تهران را اقامه کرد نوزدهم اما خبر رحلتش مردم ایران را داغدار کرد. امام روح الله پیامی به مناسبت این ضایعه صادر کردند.
به گزارش خبرنگار جماران، سال 41 بود که شاه و رژیمش انقلابی با عنوان انقلاب سفید راه انداخته بودند. امام خمینی(س) سکوت را جایز نشمرد و واکنش نشان داد، واکنشی که رسوایی شاه را در پی داشت. آیت الله طالقانی هم وارد عمل شد رژیم که مجری سیاست های امریکایی ها بود اما کوتاه نیامد و آیت الله طالقانی را روانه زندان کرد. چند ماه بعد او را آزاد کرد و بهانه ای می طلبید تا بار دیگر او را راهی زندان کند.
مسجد هدایت شده بود پایگاه فعالیت هایش. از زندان می گفت، از واقعیت هایی که در کشور در حال جاری شدن بود، از انقلابی که نامش را انقلاب سفید گذاشته بودند، از قیامی که باید علیه رژیم راه انداخت. آن دهه محرم یازده شب سخنرانی کرد. به گوشش رساندند که ساواک می خواهد دستگیرش کند. لواسانات را انتخاب کرد. شب دوازدهم محرم که همان شب 15 خرداد سال 42 بود امام را دستگیر کردند. دستگیری ایشان خروش مردمی را به دنبال داشت. خروشی که منجر به خون و خون ریزی شد و قیامی که شد مبدا چشم انتظاری امام برای ظهور حضرت حجت(عج). اعلامیه ای در سراسر کشور با عنوان «دیکتاتور خون می ریزد» منتشر شد که ساواک عاملش را او می دانست. وجودش را تاب نیاوردند و لواسانات را شخم زدند، پیش از آنکه حمله وحشیانه شان ادامه دار شود، آیت الله خود را برای جلوگیری از خطری که جان مردم را تهدید می کرد، تسلیم کرد
چهار ماه از بازداشتش می گذشت، یعنی از بیست و سوم خرداد 42 تا سی ام مهر همان سال تا موعد دادگاه نظامی فرا رسید، این قصه چندین و چند بار تکرار شد تا در شانزدهم دی ماه 42 ده سال زندان را برایش بریدند.
در زندان اما همه هم و غمش را گذاشت برای برگزاری تفسیر قران و نهج البلاغه و گفتن از تاریخ اسلام. او دغدغه وحدت میان مبارزان مسلمان را داشت و خدا هم خوب به ندایش پاسخ می داد.
فشار افکار عمومی و واکنش های بین المللی که بالا گرفت، رژیم مجبور شد آزادش کند و سال 46 زندان را ترک گفت. باز هم آزادی اش را تاب نیاوردند و سال 50 دستگیرش کردند. سه سال او را به زابل تبعید کردند و از آنجا بافت و بعد هم آزاد شد.
پاییز 54 بود که بار دیگر دستگیر شد. بدون اینکه او را محاکمه کنند. دو سال او را در بدترین شرایط نگه داشتند. به سال 56 که رسیدیم، فشارهای بین المللی او را به مدت ده سال محکوم کرد. سه سال را در سلولی نمور و تاریک گذراند. موج اعتراضات مردمی در سال 57 که بالا گرفت او و بسیاری از زندانیان سیاسی در پاییز همان سال آزاد شدند.
پیام های متعددش در پاییز 57 و به مناسبت محرم سیدالشهدا(س) همگام با پیام های امام، بر تنور مبارزه دمید.
با پیروزی انقلاب اسلامی، آیت الله طالقانی اطاعت امام را بر همه واجب دانست و خودش هم پشت سر ایشان حرکت کرد. اما بدخواهان مدام تلاش داشتند تا نشان دهند که میان ایشان و امام اختلاف وجود دارد و امام نگاه مثبتی به آیت الله طالقانی ندارد.
پنجم مرداد ماه سال 58 بود که ایشان از طرف امام اولین نماز جمعه تهران را در دانشگاه تهران برگزار کرد. هفت نماز جمعه به وسیله ایشان اقامه شد و آخرینش شانزدهم شهریور ماه 58 بود. سه روز بعدش یعنی در نوزدهم شهریور ماه او دعوت حق را لبیک گفت. حضرت روح الله در پیامی فقدان ایشان را تسلیت گفت:
"بسم اللَّه الرحمن الرحیم
إنا للَّه و إنا إلیه راجعون
19 شهریور 58- 18 شوال 99
فَمِنْهُمْ مَنْ قَضَى نَحْبَهُ وَ مِنْهُم مَنْ یَنتَظِرُ. عمر طولانى این عیب را دارد که هر روز عزیزى را از دست مى دهد و به سوگ شخصیتى مى نشیند و در غم برادرى فرو مى رود. مجاهد عظیم الشأن و برادر بسیار عزیز حضرت حجت الاسلام و المسلمین آقاى طالقانى از بین ما رفت و به ابدیت پیوست و به ملأ اعلى با اجداد گرامش محشور شد. براى آن بزرگوار، سعادت و راحت و براى ما و امت ما، تأسف و تأثر و اندوه.
آقاى طالقانى یک عمر در جهاد و روشنگرى و ارشاد گذراند. او یک شخصیتى بود که از حبسى به حبس و از رنجى به رنج دیگر در رفت و آمد بود؛ و هیچ گاه در جهاد بزرگ خود سستى و سردى نداشت. من انتظار نداشتم که بمانم و دوستان عزیز و پر ارج خودم را یکى پس از دیگرى از دست بدهم. او براى اسلام به منزله حضرت ابوذر بود؛ زبان گویاى او چون شمشیر مالک اشتر بود؛ بُرنده بود و کوبنده. مرگ او زودرس بود و عمر او با برکت. رحمت خداوند بر پدر بزرگوار او، که در رأس پرهیزکاران بود، و بر روان خودش که بازوى تواناى اسلام. من به امت اسلام و ملت ایران و عائله ارجمند و بازماندگان او، این ضایعه بزرگ را تسلیت مى دهم. رحمت بر او و بر همه مجاهدان راه حقّ. و السلام على عباد اللَّه الصالحین.
روح اللَّه الموسوی الخمینى"
(صحیفه امام، ج9، ص 486)
مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی در خاطره ای به رحلت آیت الله طالقانی اشاره و روایت کرده است:
در حالی که هنوز چند روز از شروع فعالیت مجلس خبرگان قانون اساسی نگذشته بود، خبر رحلت آیت اللّه طالقانی (در تاریخ 19 شهریور 1358) واقعه تلخ این ایام، برای ما بود. پخش این خبر، ماتمی بزرگ بر جان ملت نشاند. وجود ایشان در کنار امام، همیشه نقطه اتکاء و امید بود. امام هم همواره نسبت به این مبارز بزرگ، حساسیت و توجهی ویژه، نشان می دادند. پیام ها، ملاقات ها، ملاطفت ها و احترام های ایشان نسبت به وی، جایگاه بلند ایشان را نزد امام به نیکی نشان می داد...
با اعلام خبر رحلت آیت اللّه طالقانی، تهران و تمام شهرهای کشور سیاه پوش شد و در ماتم و عزا فرو رفت. امام هم بیانیه ای صادر کردند و ایشان را ابوذر زمان خواندند و گفتند: «او یک شخصیتی بود که از حبسی به حبس و از رنجی به رنج دیگر، در رفت و آمد بود و هیچ گاه در جهاد بزرگ خود، سستی و سردی نداشت. من انتظار نداشتم که بمانم و دوستان عزیز و پر ارج خودم را یکی پس از دیگری، از دست بدهم. او برای اسلام به منزله حضرت ابوذر بود. زبان گویای او چون شمشیر مالک اشتر بود، برنده و کوبنده...» و شورای انقلاب، ریاست ایشان بر شورا را علنی کرد و دولت با اعلام عزای عمومی، فرصت حضور میلیون ها تن از مردم عزادار را در مراسم تدفین آیت اللّه طالقانی و خاکسپاری ایشان در بهشت زهرا(ُس) فراهم کرد.
در همین روز من به همراه آیت اللّه موسوی اردبیلی، برای دیدار با امام و عرض تسلیت، عازم قم شدیم. در این دیدار ابتدا امام متقابلاً تسلیت گفتند و سپس مذاکرات مهمی دربارۀ فقدان آیت اللّه طالقانی و اثر آن در شورای انقلاب و سایر کارهای عمومی کشور صورت گرفت. من در خاتمه این دیدار و در گفتگو با خبرنگاران، مذاکره با امام را بسیار مفید و مؤثر دانستم و درگذشت ناگهانی آیت اللّه طالقانی را حادثه ای اسفبار و پرخسارتی برای کشورمان معرفی کردم و گفتم که انقلاب اسلامی در این مرحله، به وجود ایشان نیاز داشت و کسی که بتواند جای ایشان را پر کند، نداریم.
با درگذشت آیت اللّه طالقانی، مسئولیت اقامه نمار جمعه تهران طبق فرمان امام، به آیت اللّه منتظری محوّل شد ـ که البته چند ماه بعد و با توجه به اظهار علاقه آقای منتظری نسبت به اقامت در قم و انجام بحثها و مذاکرات علمی در حوزه ـ حضرت امام مسئولیت اقامه این نماز را ( در تاریخ 25 در ماه 1358)، به آیت اللّه خامنه ای سپردند. (کتاب امام خمینی (س) به روایت آیت الله هاشمی رفسنجانی)