به گزارش جماران؛ مسیح مهاجری در سرمقاله روزنامه جمهوری اسلامی نوشت:
«خوشبختانه مراجع عظام تقلید و علمای حوزه علمیه قم در برابر تجمع انحرافی مدرسه فیضیه قم که در آن به خود حوزه علمیه، مراجع تقلید، روحانیت و رئیس‌جمهور اهانت شد، واکنش نشان دادند.
بیانیه‌ها و سخنرانی‌های بزرگان حوزه علمیه قم در واکنش به تجمع انحرافی مدرسه فیضیه، حاوی نکات مهمی هستند که نشان می‌دهند نه تنها با این قبیل تجمعات و سخنان و شعارهای مطرح شده در آنها به حوزه و مراجع و روحانیت و مسئولین ظلم می‌شود، حتی استقلال حوزه علمیه نیز مخدوش می‌گردد.
امتیاز حوزه‌های علمیه شیعه در سراسر تاریخ این بود که استقلال خود را حفظ کردند و همین استقلال بود که موجب نفوذ روحانیت در قلب‌ها شد تا جائی که با یک سطر حکم مرحوم میرزای شیرازی، بساط چپاول دولت انگلیس در قرارداد تنباکو برچیده می‌شود و ناصرالدین شاه قاجار علیرغم احساس قدرتی که می‌کرد وادار به عقب نشینی می‌شود.
همین استقلال حوزه‌های علمیه و روحانیت بود که در عصر حاضر، به امام خمینی این قدرت و نفوذ معنوی را داد که با به حرکت در آوردن مردم ایران، توانست رژیم منحط شاهنشاهی را ساقط کند و با تأسیس نظام مردمی جمهوری اسلامی استقلال را به کشور باز گرداند و مردم را بر سرنوشت خود حاکم سازد. این، بزرگ‌ترین خدمت به ملت ایران بود که یک فرزند تربیت یافته حوزه علمیه قم انجام داد و مسیر تاریخ این کشور را به سوی عظمت و استقلال برگرداند.
با پیروزی انقلاب اسلامی و تأسیس نظام جمهوری اسلامی در ایران انتظار این بود که روحانیت و حوزه‌های علمیه همچنان استقلال خود را حفظ کنند ولی با کمال تأسف باید اعتراف نمائیم که دخالت افراد و جریان‌هائی از خارج حوزه علمیه موجب مخدوش شدن استقلال حوزه علمیه شد. امام خمینی که نگران وابسته شدن حوزه علمیه بودند بارها در این زمینه هشدار دادند و بعضی از بزرگان حوزه علمیه قم نیز تلاش زیادی برای جلوگیری از دخالت‌ها در حوزه علمیه به عمل آوردند اما به نظر می‌رسد قدرت مخالفان استقلال حوزه بیشتر بود.
آنچه در روز پنجشنبه گذشته در مدرسه فیضیه قم رخ داد، زنگ خطری بود که به همگان فهماند حوزه علمیه استقلال خود را از دست داده است و کار به جائی رسیده که در مرکز حوزه علمیه قم به مراجع و روحانیت آشکارا اهانت می‌شود. بزرگان حوزه علمیه قم با واکنش هایشان، نشان دادند که نگران مخدوش شدن استقلال حوزه هستند و چنین چیزی را بر نمی‌تابند.
اکنون که بی‌تفاوتی‌های گذشته در برابر تلاش‌هائی که علیه استقلال حوزه علمیه صورت می‌گرفت کار را به اهانت آشکار به مراجع تقلید و حوزه علمیه رسانده و بزرگان حوزه را به واکنش کشانده، صبر بیشتر در برابر این تلاش‌ها جایز نیست.
انتظار این است که بزرگان حوزه علمیه با اقدامات جدی دست عناصر و جریان‌های خارج از حوزه را قطع نمایند و برای همیشه استقلال حوزه علمیه را تضمین کرده و به سفارش امام خمینی که تلاش برای استقلال حوزه علمیه را بر همگان واجب می‌دانستند عمل نمایند.»
