آیت الله سیدمحمد مهدی موسوی خلخالی که از اساتید برجسته حوزه علمیه خراسان و از جمله شاگردان حضرت آیت الله العظمی خویی بود، شامگاه شنبه ۳۰ آذر ۱۳۹۸ در سن ۹۵ سالگی دار فانی را وداع گفت.
آیت الله سید حسن عاملی نماینده ولی فقیه در استان و امام جمعه اردبیل در پیام خود بیان کرد: ا تأسف و تأثر فراوان رحلت عالم عامل ، فقیه بارع، محقق مبدع، فخر بزرگ عالم فقاهت و افتخار خطه استان اردبیل خاصه خطه عالم خیز خلخال حضرت آیۀ الله سید مهدی خلخالی (طاب رمسه) را به ساحت قدسی حضرت ولی عصر(عجل الله تعالی فرجه الشریف) و رهبر معظم انقلاب و جامعه علمی و حوزوی و اهالی مکرم استان مخصوصا به اهالی معظم خلخال تسلیت عرض می کنم و امیدوارم سلسله پر شکوه عالمان طراز اول در خطه مبارک خلخال مستدام باشد.
اکبر بهنامجو استاندار اردبیل نیز در پیام خود اورده است : درگذشت فقیه گرانقدر و استاد برجسته حوزه علمیه مشهد مقدس، حضرت آیت الله آقای حاج سید مهدی خلخالی که از فرزندان نامی و افتخارات علمی و دینی استان ولایی اردبیل بود و در طول سالها تحقیق و تدریس، با تالیفات ارزنده درفقه غنی شیعه و تربیت شاگردانی متعهد، حسنات جاریاتی به یادگار گذاشت موجب تاسف و تالم شد.
این جانب با نهایت تاثر قلبی، فقدان آن عزیز سفر کرده به دیار حق را به اهالی حسینی استان، خصوصاً حوزه های علمیه و بیت محترم ایشان تسلیت میگویم و از درگاه پروردگار مهربان، برای عزیز نو گذشته، رحمت واسع و علو درجات و برای بازماندگان معزی صبر جمیل مسئلت می کنم.