زندگی نامه سیدعلی خامنه ای
تحصیل در مشهد
همزمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز کرد. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دورهی دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسهی سلیمانخان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسهی نواب رفت و دورهی سطح را در آن به پایان برد. همزمان با تحصیلات حوزوی دورهی دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد .
وی معالمالاصول را نزد آیتالله سیدجلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا احمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیتالله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت. در سال ۱۳۳۴ش، در درس خارج فقه آیتالله سید محمدهادی میلانی حاضر شد.
حوزه نجف
وی در ۱۳۳۶ش طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف اشرف مشرف شد و در دروس مدرسان بنام حوزهی علمیهی نجف، از جمله آیات سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی، سید محمود شاهرودی، میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی حضور یافت، ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت و به مدت یک سال دیگر در درس آیتالله میلانی حاضر شد. سپس در سال ۱۳۳۷ش به شوق ادامه تحصیل عازم حوزهی علمیهی قم شد. در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیتالله محمدهادی میلانی به وی اجازهی روایت داده بود .
حوزه قم
سید علی خامنهای، در قم نزد بزرگانی چون آیات حاجآقا حسین بروجردی، امام خمینی، حاج شیخمرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و علامه طباطبایی تلمذ نمود . در مدت اقامت در قم اکثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس میگذراند.
بازگشت به مشهد
آیتالله خامنهای در ۱۳۴۳ش به دلیل عارضهی بینایی پدر و کمک به وی به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیتالله میلانی حضور یافت که تا سال ۱۳۴۹ ادامه داشت. او از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) و برگزاری جلسات تفسیر برای عموم همت گماشت. در این جلسات جمعیت کثیری از قشر جوان به ویژه دانشجویان حضور پیدا میکردند. در جلسات تفسیر خود، مهمترین پایههای فکری اسلام و اندیشه اسلامی را از خلال آیات قرآن استخراج و بیان مینمود و به تعمیق بنیانهای اندیشه مبارزه و براندازی حکومت طاغوت میپرداخت به صورتی که شرکتکننده در درس تفسیر او به این نتیجه ضروری و طبیعی میرسید که حکومتی بر پایه اسلام و معارف دین باید در کشور تحقق یابد. یکی از اهداف اصلی او از تفسیر، انتقال مبانی انقلاب اسلامی به جامعه بود از سال ۱۳۴۷ درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا سال ۱۳۵۶ و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت. جلسات تفسیر در سالیانی از دوره ریاست جمهوری و پس از آن ادامه داشت.
تدریس درس خارج
ایشان از سال ۱۳۶۹ش تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص، مکاسب محرمه و صلاة مسافر پرداخته اند.
شخصیت ادبی
آیتالله خامنهای با حوزهی شعر و ادبیات مأنوس هستند و همواره به مطالعه رمان و داستان علاقمند بودهاند و بسیاری از رمانها و داستانهای معتبر دنیا را مطالعه کردهاند. این علاقه با مطالعه رمانها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد. حتی به نقد کتابهای ادبی و شعر هم میپردازند. با بسیاری از شاعران، نویسندگان و روشنفکران زمانه در ارتباط بود.
در ایامی که در مشهد حضور داشت در برخی از انجمنهای ادبی که با حضور شعرای بزرگ تشکیل میشد شرکت میکرد. در انجمنهای ادبی به نقد شعر میپرداخت. خود نیز اشعاری سروده و در سالهای اخیر تخلص «امین» را برگزیده است. مطالعهی کتب تاریخی بخش دیگری از برنامهی مطالعاتی دائمی ایشان است و به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارند.
۲.۲. آثار
آیتالله خامنهای تحقیق و تألیف را از دوران طلبگی آغاز کرد و تقریرات دروس اساتید خود را نگاشت و قبل از پیروزی انقلاب به ترجمه و تألیف چند اثر نیز همت گماشت.تألیفها و پژوهشها:
۱ـ چهار کتاب اصلی علم رجال
۲ـ طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن
۳ـ پیشوای صادق
۴ـ از ژرفای نماز
۵ـ صبر
۶ـ روح توحید نفی عبودیت غیرخدا
۷ـ گزارشی از سابقه تاریخی و اوضاع کنونی حوزه علمیه قم
ترجمهها:
۱- آینده در قلمرو اسلام، نوشتهی سیدقطب
۲- صلح امام حسن: پرشکوهترین نرمش قهرمانانهی تاریخ، نوشته شیخ راضی آلیاسین
۳- تفسیر فیظلالالقرآن، نوشته سیدقطب
۴- مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، نوشته عبدالمنعم النمر
۵- ادعانامه علیه تمدن غرب (ترجمه و تحقیقات)
علاوه بر آن، بسیاری از آراء و اندیشههای ایشان که در گفتار و نوشتار ایشان و در قالب پیام، سخنرانی، خطبه، مصاحبه منعکس شده است به صورت کتاب و نرمافزار با عناوین گوناگون و به صورت موضوعی منتشر گردیده و برخی از آنها نیز به زبانهای دیگر ترجمه شده است. همچنین، پایاننامهها، رسالهها، مقالات و کتابهای گوناگونی ناظر به افکار و اندیشههای ایشان تألیف و تدوین شده است. نیز، بخشی از مجموعه بیانات و مکتوبات ایشان در دوره رهبری با عنوان «حدیث ولایت» منتشر گردیده است.
۳. حیات سیاسی و اجتماعی
۱.۳. دوران مبارزات پیش از انقلاب
پیشینهی فعالیتهای سیاسی ـ مذهبی خاندان آیتالله خامنهای، در او زمینهی تربیتی برای مبارزهی سیاسی ـ مذهبی فراهم آورده بود. نقطهی آغازین ورود به فعالیتهای سیاسی، دیدار او با سیدمجتبی نواب صفوی (میرلوحی) در مشهد بود که به بیان خود او اولین بارقههای انقلابی را در وی پدید آورد . نخستین دیدار وی با امام خمینی (ره) در سال ۱۳۳۶ش صورت گرفت اما چهرهی سیاسی امام خمینی برای اولین بار در جریان لایحهی انجمنهای ایالتی و ولایتی برای ایشان مکشوف شد .آیتالله خامنهای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام خمینی در سال ۱۳۴۱ش وارد عرصههای گوناگون مبارزه با طاغوت شد. جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دورهی قبل از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ آغاز کرد . در بهمن ۱۳۴۱، پس از همهپرسی لایحهی انجمنهای ایالتی و ولایتی، آیتالله خامنهای و برادرش سیدمحمد مأمور رساندن گزارش آیتالله محمدهادی میلانی به امام خمینی در قالب نامه در مورد واکنش مردم مشهد به این همهپرسی شدند .
نخستین دستگیری (ایام ۱۵ خرداد)
دومین بازداشت (سفرهای انقلابی)
تشکیل جلسه «یازده نفره» حوزه علمیه قم
بنیانگذاری جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
سومین بازداشت
محکومیت به شش ماه حبس
آیتالله خامنهای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامهی کیهان و احضار آیتالله خامنهای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عدهای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید. او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدویکنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضلالله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور مییافت . او با تشکیل جلساتی با حضور عدهای از روحانیون دربارهی اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیمگیری و اقدام میکرد .
سخنرانیها در حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران
آیتالله خامنهای با بسیاری از روشنفکران و کانونهای روشنفکری مشهور در عرصهی مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت. وی در سال ۱۳۴۸ به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانیهایی در برخی مراکز فعال سیاسی ـ اسلامی در تهران از جمله حسینیهی ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد. سخنرانیهای وی در حسینیهی ارشاد که در اواخر سال ۱۳۴۸ و به دنبال دعوت آیتالله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجد الجواد تهران، به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانشآموزان داشت. آیتالله خامنهای در بهار ۱۳۴۹ در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بنمایههای عقیدتی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله جلساتی را پایهگذاری کرد که در آن ایدهی مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سید محمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسلهجلسات به تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید .
چهارمین بازداشت
با درگذشت آیتالله سید محسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیتالله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیتالله خامنهای ضمن گرامیداشت مقام فقهی و علمی آیتالله حکیم و ارسال پیامهای تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد. در همان ایام و به دنبال شهادت آیتالله سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ توسط ساواک که از مهمترین مروجین امام خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنشهای مردمی در اعتراض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد. بر اثر جریانسازی وی در این برهه بود که عدهای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیههایی در حمایت از امام خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند . به دنبال آن و با گسترش دامنهی اعتراضات و مبارزات ساواک مشهد در ۲ مهر ۱۳۴۹ دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان ـ تنها زندان امنیتی مشهد ـ بازداشت کرد . در محرم ۱۳۹۱/ اسفند ۱۳۴۹ با آنکه نام آیتالله خامنهای در فهرست واعظان ممنوعالمنبر ساواک قرار گرفته بود وی سخنرانیهایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد . آیتالله خامنهای در سال ۱۳۵۰ به دعوت آیتالله طالقانی سخنرانیهایی در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد .
سه مرتبه بازداشت در سال ۱۳۵۰
در پی تحریم جشنهای ۲۵۰۰ ساله از سوی امام خمینی ساواک مراقبتهای شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت. بر این اساس وی در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد . او پس از آزادی، فعالیتهای خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان ۱۳۵۰ که به بازداشت کوتاهمدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید. دیگری در ۲۱ آذر همان سال که به اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم گردید .
زندان ششم؛ سختترین دوره حبس
در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیتالله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوعالمنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری آیتالله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانونهای مهم مبارزه اقدام کرد . به دنبال آن، منزل آیتالله خامنهای هم در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسهای خصوصی دربارهی ضرورت ایجاد جمعیتی برای ساماندهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود . در نهایت آیتالله خامنهای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیتهی مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردیدو به گفته خود دشوارترین و سختترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد.او در حبس، اجازهی ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانوادهاش نیز داده نشده بود .
فعالیتهای منجر به تبعید
او در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامهی جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود. اما او بهرغم همهی محدودیتهای سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیتها و اقدامات روشنگرانهی انقلابی خود را به صورت مخفیانه پیگرفت و پرداخت شهریهی امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد . در اواخر سال ۱۳۵۴ مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشهی اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد. او در خرداد ۱۳۵۵، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمکرسانی به مردم سیلزده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسهی عوضیهی آن شهر به امدادرسانی پرداختند .
در اسناد ساواک گزارشهایی دربارهی فعالیتهای سیاسی آیتالله خامنهای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرفداری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداختهاند. آیتالله خامنهای در محرم ۱۳۹۶/دی ۱۳۵۵ سخنرانیهایی علیه رژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسلهجلسات مباحثه دربارهی تبیین فضای فکری ـ فرهنگی، بهویژه برای دانشجویان و جوانان و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید . از سوی دیگر، ساواک هم میکوشید برای به دست آوردن مستنداتی علیه او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند . به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیتالله خامنهای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور داشت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینهاش با شریعتی و پدرش بود.
تبعید به ایرانشهر
تبعید به جیرفت
بازگشت به مشهد
سخنرانی عاشورای ۵۷ در حرم امام رضا
تظاهرات ۹ دی ۵۷ مشهد
عضویت در شورای انقلاب
تحصن در مسجد دانشگاه تهران
۲.۳. دههی اول انقلاب اسلامی: بهمن ۱۳۵۷ - خرداد ۱۳۶۸
۱.۲.۳. فعالیتهای سیاسیشورای انقلاب
یکی از نخستین عرصههای نقشآفرینی آیتالله خامنهای در روند تکون نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر۱۳۵۷ و ظهور نشانههای پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحلهی انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی بهتدریج انتخاب شدند، اما به لحاظ رعایت ملاحظات مختلف بهصورت رسمی در آستانهی پیروزی انقلاب در ۲۲ دی ۱۳۵۷ اعلام گردید .
معاونت امور انقلاب وزارت دفاع ملی
سرپرستی سپاه پاسداران
تاسیس حزب جمهوری اسلامی
دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی
امامت جمعهی تهران
نمایندگی در مجلس شورای اسلامی
حضور در دفاع مقدس
آیتالله خامنهای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ بصورت فعالانه به ایفای نقش پرداخت.
ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه و از رادیو به اطلاع مردم رساند. در دومین روز شروع جنگ در جلسهای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت. و آنگاه که قرار شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهههای جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیتالله خامنهای بود . در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهههای جنگ حضور یافت تا گزارشی از وضعیت جبههها و امکانات نیروهای ایرانی منطقهی مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازماندهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند . بر این اساس عازم جبهه جنوب شد و در عقبراندن نیروهای متجاوز عراق از منطقهی عمومی اهواز و همچنین عملیات شکست حصر سوسنگرد در ۲۶آبان ۱۳۵۹، نقش محوری و راهبردی ایفا نمودند و همچنین در اوایل بهار سال ۱۳۶۰ در جبهه غرب نیز حضور داشتند ولی حضور جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانیهای لازم، مستمر بود .وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیتهای ایشان در صحنهی نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبههها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگهای نامنظم ــ که توسط ایشان و شهید مصطفی چمران تشکیل شده بود ــ میشد . از اقدامات ویژهی این ستاد که آیتالله خامنهای مستقیماً در آن نقش داشت، تشکیل گروههای نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهههای خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیهی نیازمندیهای فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود . از دیگر تلاشهای ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبههها و عملیات نظامی بود .
نمایندگی امام در شورای عالی دفاع
عملیات شکست حصر آبادان
جنگ، مهمترین موضوع دوران ریاست جمهوری
۲.۲.۳. فعالیتهای ارشادی و تبیینی
توصیه امام به دانشجویان برای رجوع به آیتالله خامنهای
جلوگیری از انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی
سفر تبلیغی به هند
مقابله با لیبرالها و بنیصدر
۳.۲.۳. ترور نافرجام توسط منافقین
۳.۳. دوران ریاست جمهوری
دور اول - انتخاب به عنوان ریاست جمهوری با ۹۵ درصد آرا
پس از شهادت محمدعلی رجایی ـ دومین رئیس جمهور اسلامی ایران ـ شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و علیرغم مخالفت ایشان، وی را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون برای ریاست جمهوری موافق نبودند با نامزدی ایشان موافقت کردند .
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروهها و شخصیتهای مختلف از ریاست جمهوری ایشان حمایت کردند. از مهمترین حامیان آیتالله خامنهای ائتلاف گروههای خط امام بود . انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و آیتالله خامنهای با کسب اکثریت مطلق آراء (۱۱/۹۵ درصد) به عنوان رئیسجمهور انتخاب شد . در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ امام خمینی حکم ریاست جمهوری ایشان را تنفیذ کرد و در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیسجمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد .
دورهی دوم ریاست جمهوری
باتوجه به تجربه مشکلات و اختلافنظرها با نخستوزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی ایشان دانستند، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخستوزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت .
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیسجمهور، و در آستانهی انتخاب نخستوزیر آنگاه که معلوم شد آیتالله خامنهای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخستوزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخستوزیری است برخی نظامیها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهههای جنگ منوط به نخستوزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفتند و به آیتالله خامنهای حکم کردند که مهندس موسوی را به عنوان نخستوزیر معرفی کند. آیتالله خامنهای در اطاعت از حکم امام و علیرغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد . در دورهی دوم ریاست جمهوری آیتالله خامنهای اختلافات رئیس جمهور و نخستوزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
۱.۳.۳. فعالیتهای سیاسی و فرهنگی در دوران ریاست جمهوری
ترمیم تشکیلات انقلاب فرهنگی
فعال کردن دستگاه سیاست خارجی
بازدیدها، دیدار و سفرهای استانی
نامه امام خمینی به آیتالله خامنهای
اولین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام
محول شدن ماموریتهای متعدد از سوی امام
حضور در شورای بازنگری قانون اساسی
۴.۳. دوران رهبری
در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، در حالی که مردم و مسئولان آمادهی تشییع و تدفین پیکر پاک امام خمینی (ره) بودند در جلسهای با حضور مسؤولان کشوری و لشکری، آیتالله خامنهای، رئیس جمهور، وصیتنامهی سیاسی ـ الهی امام خمینی (ره) را قرائت کرد. مجلس خبرگان رهبری عصر همان روز تشکیل جلسه داد تا رهبر یا شورای رهبری جدید برای نظام جمهوری اسلامی را انتخاب کند. مطابق اصل ۱۰۷ قانون اساسی مصوب سال ۱۳۵۸، انتخاب رهبری بر عهده نمایندگان مجلس خبرگان قرار دارد[۲۴۳] . در بحث رهبری شورایی یا فردی، اکثریت اعضای مجلس خبرگان به رهبری شورایی رأی نداد و آنگاه که بحث از مصداق رهبری برای رأیگیری به میان آمد و نام آیتالله خامنهای مطرح شد. برخی از نمایندگان که از نظر امام خمینی مبنی بر صلاحیت آیتالله خامنهای برای رهبری نظام پس از رحلت امام که در جلسات متعددی در حضور سران قوا و نخستوزیر و حاج سید احمد خمینی ابراز کرده بودند اطلاع اجمالی داشتند خواستار توضیح شاهدان آن شدند. دو نفر از شاهدان نقل امام خمینی که خود عضو مجلس خبرگان بودند استناد این نظر به امام را تأیید کردند. همچنین گفته دیگری از امام مبنی بر شایستگی آیتالله خامنهای برای رهبری که در جریان سفر اخیر ایشان به چین و کره شمالی ابراز کرده بودند نیز در آن جلسه با واسطه نقل شد. در پی آن رأیگیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان با توجه به نظر امام راحل و صلاحیتهای دینی، علمی و سیاسی آیتالله خامنهای، معظمله را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند. آیتالله خامنهای خود به این موضوع اشاره کرده، میگویند تا زمانی که موضوع انتخاب را متعَین ندانستم از پذیرش آن مقام امتناع میکردم. پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همهپرسی، مجلس خبرگان رهبری یک بار دیگر براسا قانون اساسی جدید در مورد رهبری معظمله رأیگیری کرد و اکثریت قاطع مجدداً معظمله را به رهبری نظام انتخاب کردند.
برخی زمینههای اصلی نظر امام راحل بر رهبری آیتالله خامنهای عبارتند از: مبارزه طولانیمدت برای تحقق حکومت اسلامی، اعتقاد راسخ و روشن به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی، بیش از یک دهه فعالیتهای همهجانبهی سیاسی، اجرایی و فرهنگی برای استقرار نظام جمهوری اسلامی، روشنبینی دینی، تسلط علمی بر مبانی دینی، سلوک فردی و اجتماعی، زهد و پارسایی، استناد نمود. امام خمینی (ره) به مناسبتهای گوناگون شایستگیها، تعهد و خدمتگزاری آیتالله خامنهای در راه خدمت به نظام جمهوری اسلامی را مورد تأیید قرار داده بودند.
امام خمینی تاریخ ۷ تیر ۱۳۶۰ در بخشی از پیامشان به مناسبت ترور آیتالله خامنهای فرمودهاند: «اکنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما که از سلالهی رسول اکرم و خاندان حسینبنعلی هستید و جرمی جز خدمت به اسلام و کشور اسلامی ندارید و سربازی فدارکار در جبههی جنگ و معلمی آموزنده در محراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنهی انقلاب میباشید، میزان تفکر سیاسی خود و طرفداری از خلق و مخالف با ستمگران را به ثبت رساندید. اینان با سوءقصد به شما عواطف میلیونها انسان متعهد را در سراسر کشور بلکه جهان جریحهدار نمودند. اینان آنقدر از بینش سیاسی بینصیباند که بیدرنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به کسی سوء قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنینانداز است ... من به شما خامنهای عزیز، تبریک میگویم که در جبهههای نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامهی خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم» . در تاریخ ۸ شهریور ۱۳۶۵ به افراد و رجال سیاسی توصیه کردند که در گفتارشان به جای عیبجویی دائمی، مثل آیتالله خامنهای باشند که همیشه همه را نصیحت میکند و خدماتش را به رخ مردم نمیکشد . در تاریخ ۲۱ دی ۱۳۶۶ در پاسخ به نامه آیتالله خامنهای در مورد ولایت مطلقه فقیه، در بخشی از نامه نوشتند: «اینجانب که از سالهای قبل از انقلاب با جنابعالی ارتباط نزدیک داشتهام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جنابعالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی میدانم و شما را چون برادری آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری میکنید، میدانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی میدهید» .
حجتالاسلام والمسلمین سیداحمد خمینی، نزدیکترین فرد به امام خمینی که مشاور و مورد وثوق کامل ایشان بود، نقل کرده که امام در پی سفر خارجی آیتالله خامنهای گفتند: «الحق ایشان شایستگی رهبری را دارند» . زهرا مصطفوی، دختر امام خمینی (ره) بیان کرده که آنگاه که از امام دربارهی رهبری آینده نظام پرسیده است ایشان از آیتالله خامنهای نام بردند و آنگاه که از مقام علمی آیتالله خامنهای سؤال کرده است ایشان اجتهاد آیتالله خامنهای را تأیید کردهاند . آیتالله هاشمی رفسنجانی نیز نقل کرده که زمانی که امام درصدد عزل آیتالله منتظری از رهبری آینده بودند در جلسهای که با حضور سران سهقوه، نخستوزیر (میرحسین موسوی) و حاج سید احمد خمینی در محضر امام تشکیل شده بود در مورد جانشین رهبری بحث شد ایشان از آیتالله خامنهای برای رهبری آینده نظام نام بردند. وی همچنین بیان داشته که در جلسه خصوصی خود با امام راحل نسبت به وضع رهبری در آینده ابراز نگرانی کرده است و امام در پاسخ با اشاره به آیتالله خامنهای فرمودهاند: «شما در بن بست نخواهید بود، چنین فردی در میان شما هست. چرا خودتان نمیدانید؟» .
بدون تردید مقطع زمانی انتخاب حضرت آیتالله خامنهای به رهبری نظام دارای اهمیت و حساسیت ویژهای بوده است. برخی نگرانیها که در پی بیماری امام خمینی قدس سره بوجود آمده بود عبارت بودند از:
۱- مدیریت کشور در دورهی پس از امام خمینی.
۲- ناتمام بودن اصلاح و بازنگری قانون اساسی
۳- نگرانی از حمله یا تحریکات نظامی عراق، امریکا و منافقین؛ با توجه به نقض مکرر آتشبس توسط عراق و تبلیغات وسیع برای پیروز قلمداد کردن خود در جنگ.
۴ ـ ادامهی بحران ناشی از توطئهی انتشار کتاب آیات شیطانی در حوزهی سیاست خارجی و صدور حکم امام خمینی مبنی بر ارتداد سلمان رشدی نویسندهی آنکه با واکنش سرسختانهی کشورهای غربی مواجه شد
اما آنچه همه نگرانیها را به امید تبدیل کرد عبارت بودند از:
۱- انتخاب آیتالله خامنهای به مقام رهبری که در کوتاهترین زمان روی داد.
۲- تشییع و وداع میلیونی و بینظیر مردم با امام خمینی (ره) و شکل گرفتن بزرگترین تشییع و وداع با یک رهبر مردمی که همچون طوفان عظیمی احتمال هرگون توطئه دشمن را منتفی کرد.
۳- تأیید و بیعت مسؤولان ارشد نظام و نهادهای مختلف کشور، بیت امام، مراجع تقلید و علما از جمله آیات عظام اراکی، مرعشی نجفی، آیتالله میرزا هاشم آملی، آیتالله العظمی گلپایگانی و آیتالله مشکینی، نخبگان، شخصیتهای حوزوی و دانشگاهی، خانوادههای شهدا و اقشار مختلف مردم
۴ـ حاج سیداحمد خمینی ساعاتی پس از انتخاب حضرت آیتالله خامنهای به رهبری با ارسال پیام تبریکی به ایشان اظهار داشت: «حضرت امام بارها از جنابعالی به عنوان مجتهد مسلم و نیز بهترین فرد برای رهبری نظام اسلامیمان نام میبردند. من و تمامی اعضای بیت امام از حضرات آیات خبرگان محترم صمیمانه تشکر مینماییم؛ چرا که معتقدیم روح امام عزیزمان از این انتخاب شاد و آرام شده است. من بار دیگر چون برادری کوچک اوامر آن ولی فقیه را بر خود لازمالاجرا میدانم» .
۵- بیعت وسیع و گسترده این پیام را به همراه خود داشت که جانشین امام خمینی، در حوزهی نظر و عمل، اعتقاد راسخ به راه و تفکر امام دارد و آن را با تمام توان استمرار خواهد بخشید. این بیعتها به صورت حضوری، شرکت در راهپیماییها، انتشار اطلاعیه و پیام تبریک و امضای طومار ما بعد آن انجام شد . «کاروانهای میثاق با امام و بیعت با رهبری» در آستانهی چهلمین روز ارتحال امام خمینی از سراسر کشور به راه افتاد و «مانورهای بیعت با رهبری» در برخی مناطق مرزی و استراتژیک کشور و نیز برگزاری «سمینارهای میثاق با امام، بیعت با رهبری» شکل گرفت . بیعت با آیتالله خامنهای، ماهها بعد استمرار یافت و به جهانیان ثابت کرد که ایران با رهبری آیتالله خامنهای همچنان پرچمدار امت اسلامی است.
۶- مواضع صریح و مکرر آیتالله خامنهای مبنی بر تداوم راه امام و حفظ وحدت و ایجاد اعتماد متقابل بین مردم و رهبری و پافشاری بر حفظ اصول دینی، شرع و فقه اسلامی، حمایت بیدریغ از مستضعفان و محرومان و قشرهای پایین جامعه و ایجاد وحدت و همبستگی با ملتهای مظلوم و عزت بخشیدن به اسلام و ملتهای مسلمان و مرعوب نشدن از تهدیدات قدرتهای جهانی. آیتالله خامنهای از امام خمینی به عنوان «ریشهی شجرهی طیبهی انقلاب» یاد کردند و اعلام کردند: ما راه خود را بر اساس راه امام (ره) ادامه خواهیم داد»