هیچ یادم نرفته است، شبی که امام را گرفتند و جریان پانزده خرداد پیش آمد، مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی (ره) در منزل امام (س) با یک نفر صحبت می کردند. مرا هم خواستند. بنده ملاحظه کردم آن چیزی که ذهن ایشان را مشغول کرده، زندانی بودن امام (س) نیست، بلکه چگونگی ادامه مبارزه است.
به گزارش جماران، آیت الله شیخ شهاب الدین اشراقی داماد گرامی امام در زمینه مبارزات شهید آیت الله حاج آقا مصطفی خمینی روایت می کنند:
شخصیت او در روند سیاسی و تاریخ مبارزات ایران، فصلی عجیب در زندگی آقا سید مصطفی (ره) است. از همان آغاز حرکت، قبل از قیام خونین 15 خرداد 1342 ه. ش، در زمان مطرح انجمنهای ایالتی و ولایتی که مبارزه امام با شاه در زمان دولت عَلَم اوج گرفت، آقا سید مصطفی (ره) دنبال امام (س) بود و قدم به قدم پشت سر ایشان در همه مبارزات شرکت داشت و بسیار قاطع، محکم و شجاع بود.
هیچ یادم نرفته است، شبی که امام را گرفتند و جریان پانزده خرداد پیش آمد، مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی (ره) در منزل امام (س) با یک نفر صحبت می کردند. مرا هم خواستند. بنده ملاحظه کردم آن چیزی که ذهن ایشان را مشغول کرده، زندانی بودن امام (س) نیست، بلکه چگونگی ادامه مبارزه است. نقشه هایی طرح می کرد و به شخصی که در آنجا بود دستوراتی می داد تا این حرکت را که آغاز شده بود تسریع و تشدید نماید و من شاهد کوشش بسیار ایشان بودم. در اوج مبارزات اولین کسی که در قم مبارزه را شروع کرد، باز هم ایشان بود. مثلاً وقتی بعضی از علما معاملات دولتی را تحریم کردند، مرحوم آقا سید مصطفی (ره) در خانه امام (س)، قند و چای را قدغن کرده و به واردین به منزل خود سرکه و شیره می دادند.
بعد از واقعه پانزده خرداد، امام (س)پس از 10 ماه زندان، در خانه ای محصور بودند که مرحوم آقا سید مصطفی (ره) در آن خانه ملازم و یار غمخوار امام (س) بود. شاهد این همراهی این است که وقتی امام (س) را به ترکیه تبعید کردند، آن مرحوم هم به زندان افتاد. پس از مدتی که از زندان آزاد شد و به قم آمد، مردم و مراجع، استقبال عظیمی از ایشان کردند. وقتی ایشان به قم آمد، سازمان امنیت ترسید که ایشان خالء نبود امام را پر کنند لذا ایشان را دستگیر و به ترکیه تبعید کردند.