دفتر روحانی در واکنش به ادعای قالیباف اعلام کرد: نقد و مخالفت دولت روحانی با مصوبه هسته‌ای مجلس یازدهم به طور صریح و علنی بیان شده و تصویب آن را مانعی در احیای برجام می‌داند اما با تصویب آن به صورت قانون، دولت موظف به اجرای آن شد و در چارچوب آئین‌نامه‌ای که مصوب کرد، از ۵ اسفند ۱۳۹۹ به اجرا گذاشت.
به گزارش جماران؛ روابط عمومی دفتر رئیس‌جمهور ایران در دولت‌های یازدهم و دوازدهم به ادعای اخیر محمدباقر قالیباف درباره تصویب «قانون اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها» به درخواست شعام (شورای عالی امنیت ملی) پاسخ داد:
آقای محمدباقر قالیباف، رئیس محترم مجلس دوره‌های یازدهم و دوازدهم و یکی از نامزدهای انتخابات چهاردهمین دوره ریاست‌جمهوری در شبکه اجتماعی ایکس نوشت: «می‌گویند دولت باید مجری سیاست‌های رهبر معظم انقلاب در سیاست خارجی باشد؛ اما قانونی را که مورد تأکید ایشان است و به درخواست شعام همان دولت تصویب شده، قبول ندارند.»
در ادعای ایشان سه اشتباه وجود دارد:
۱- «قانون اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها و صیانت از منافع ملت ایران» (مصوب ۱۳۹۹/۰۹/۱۱) نه به پیشنهاد دولت دوازدهم بلکه توسط مجلس یازدهم به شورای عالی امنیت ملی ارائه شد. دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی در بیانیه مورخ ۱۳۹۹/۰۹/۱۵ صراحتاً این نکته را تأیید کرده بود: «حدود دو ماه قبل، ریاست محترم مجلس شورای اسلامی کلیات طرحی که جمعی از نمایندگان محترم مجلس ارائه و مراحلی از آن نیز طی شده و طراحان نیز بر فوریت تصویب آن اصرار داشتند را در یکی از نشست‌های شورای عالی امنیت ملی برای آگاهی اعضا ارائه نمودند. شورا نیز ضمن استقبال از اصل موضوع و احترام به حق نمایندگان محترم مجلس در ارائه و تصویب طرح‌های مورد نظر، ملاحظاتی را نسبت به جوانبی از موضوع جمع‌بندی و مورد تصویب قرار داد که پس از طی مراحل نهایی به عنوان مصوبه شورا ابلاغ گردید.»
۲- ریاست شورای عالی امنیت ملی با رئیس‌جمهور است که بارها مخالفت خود را با این مصوبه اعلام کرد. حجت‌الاسلام‌والمسلمین دکتر حسن روحانی، رئیس‌جمهور دوره دوازدهم در نامه به دبیر شورای نگهبان و رئیس مجلس این مصوبه را خلاف قانون اساسی عنوان کرد و در نامه به مقام معظم رهبری خواستار توقف تصویب این طرح شد.
دکتر روحانی یک روز پس از تصویب این طرح در مجلس در جلسه هیأت دولت گفت: «دولت با آن مصوبه موافق نیست و آن را برای روند فعالیت‌های دیپلماتیک مضر می‌داند.» (۱۳۹۹/۰۹/۱۲) و پس از آن نیز موضع دولت را تکرار کرد: «دولت این قانون را مفید نمی‌داند و قبل از اینکه به تصویب نهایی برسد نظرم را صریحاً اعلام کردم. این نظر شخص من نیست و در دولت اتفاق آراء وجود دارد. دولت به اتفاق آراء این قانون را برای کشور مفید نمی‌داند.» (دکتر روحانی در نشست خبری با خبرنگاران داخلی و بین‌المللی، ۱۳۹۹/۰۹/۲۴)
در مصوبه شورای عالی امنیت ملی به صراحت آمده که هرگونه مصوبه‌ای در مجلس در رابطه با موضوع هسته‌ای باید با هماهنگی وزارت امور خارجه باشد ولی متأسفانه مجلس بدون هماهنگی عمل کرد. ضمناً رئیس شورای عالی امنیت ملی در نامه ۱۳۹۹/۰۹/۱۵ خود به دبیرخانه تصریح کرد که بدون نظر رئیس شورا، دبیرخانه حق اظهارنظر و اقدام ندارد.
دکتر محمود واعظی، رئیس‌دفتر رئیس‌جمهور دوره دوازدهم درباره موضع دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی در حمایت از این مصوبه اعلام کرده بود: «رئیس شورای عالی امنیت ملی رئیس‌جمهور است، مجلس هیچ هماهنگی با شورای عالی امنیت ملی نکرده است. می‌گویند که با دبیرخانه هماهنگی کرده‌اند، دبیرخانه که به تنهایی جایگاهی ندارد، دبیرخانه باید مقدمات کار را آماده کند برای اینکه طرح در جلسه شورای عالی، مطرح شود. از رئیس‌جمهور اجازه نگرفتند و از خود شورا هم، اجازه نگرفته‌اند.»
۳- نقد و مخالفت دولت روحانی با مصوبه هسته‌ای مجلس یازدهم به طور صریح و علنی بیان شده و تصویب آن را مانعی در احیای برجام می‌داند اما با تصویب آن به صورت قانون، دولت موظف به اجرای آن شد و در چارچوب آئین‌نامه‌ای که مصوب کرد، از ۵ اسفند ۱۳۹۹ به اجرا گذاشت.
