آن مرحوم به سال 1273 ش / ۱۳۱۱ ق در شهر «سامرای» عراق و در بیت علمی مرحوم آیت‌الله آقا سید «محمدرضا ابن سید اسماعیل بن عبدالرزاق یثربی کاشانی» متولد، و در سن ۵ سالگی یعنی به سال 1278 ش همراه پدر وارد شهر کاشان شد و در عنفوان جوانی درس سطوح را تمام کرده و مجدداً جهت تکمیل دروس عالی حوزه، به سال 1282 ش، وارد حوزه نجف گردید.
ایشان با بهره مندی از اساتید بزرگی همچون: حضرات آیات؛ آقا ضیاءالدین عراقی، حاج سید کاظم یزدی، شریعت اصفهانی، و میرزا حسین نائینی توانست مسیر تفقه در دین را به خوبی بپیماید.
در سال1292 ش / ۱۳۳۱ ق بنا به در خواست خانواده و پدر بزرگوارشان به کاشان بازگشته و به همراه پدر به تدریس و تربیت طلاب علوم دینی پرداختند. پس از چندین سال اقامت در این شهر و تدریس علوم دینی، بنا به درخواست مرحوم آیت‌الله حائری (مؤسس)، در سال 1302 ش، وارد حوزه علمیه قم شده و ضمن شرکت در درس مرحوم آیت‌الله حائری، خود نیز به تدریس سطح حوزه پرداختند.
ایشان در چندین سال حضور در قم ضمن تدریس فقه و اصول و تربیت شاگردانی همچون: رهبر کبیر انقلاب امام خمینی، آیت‌الله سید محمد محقق داماد، آیت الله نجفی مرعشی، آیت الله میرزا خلیل کمره‌ای و آیت‌الله میرزاهاشم آملی و برادر گرامی‌شان آیت‌الله سید مهدی یثربی و ده‌ها عالم دیگر، با رحلت پدر گرامی‌شان در سال 1308 ش، جهت تداوم حوزه ی علمیه کاشان و ادامه ی راه پدر، به این دیار هجرت کردند.
سرانجام به سال 1339 ش، دارفانی وداع و پیکرش با نهایت تجلیل در کاشان تشییع و در محله پشت مشهد کاشان به خاک سپرده شد.
امام خمینی «بحثى از کتاب کفایة را نزد مرحوم آیت اللّه یثربى فرا گرفت.» (شرح دعای سحر، ص 17) حضرت امام در زندگی نامه خود نوشته مرقوم کرده‌اند: «سطوح را نزد مرحوم آقاى حاج سید محمد تقى خوانسارى، مقدارى یا بیشتر نزد مرحوم آقا میرزا سید على یثربى کاشانى تا آخر سطوح و با ایشان به درس خارج مرحوم آیت اللَّه حائرى حاج شیخ عبد الکریم مىرفتیم.» (صحیفه امام، ج 19، ص 427)
سیره‌ی جالبی است در حوزه‌های علمیه شیعی که گاه پیش می‌آید شاگرد و استاد هر دو با هم نزد استاد مبرز دیگری به کسب علم و معرفت می‌پردازند.
با رحلت آیت‌الله میرسید علی یثربی، برادر و شاگرد عالم ایشان، آیت الله سید مهدی یثربی راه برادر بزرگ را ادامه داده و بعدها ارتباط مستحکمی نیز با حضرت امام داشت. اگر اثر گرانقدر «صحیفه‌ی امام» را تورق کنیم، نامه‌های مبادله شده‌ی ایشان با امام را خواهیم دید. اولین نامه ایشان به حضرت امام، در غائله‌ی انجمن‌های ایالتی و ولایتی بود که حضرت امام نیز در پاسخ ایشان به تاریخ اواخر آبان سال 1341 ش مرقوم داشتند: «به عرض عالى [آیت‌الله سید مهدی یثربی، برادر استاد امام] مىرساند، مرقوم محترم که حاکى از سلامت وجود محترم بود موجب تشکر گردید. توفیق و سعادت جنابعالى را از خداوند تعالى خواستار است. اگر صلاح مى‌دانید از خود آقایان روحانیون و سایر طبقات نشریه‌اى مبنى بر پشتیبانى از قم و اظهار تأثر از واقعه فاجعه منتشر فرمایید. امید است ان شاءاللَّه بتوانیم جلو این مفاسد را که مى‌خواهند اجرا کنند، بگیریم. امید است در مظانّ استجابت دعوات، منظور نظر شریف باشم.» (صحیفه امام، ج1، 93)
