پس از قیام 15 خرداد 42 امام برای بار دوم به کشور دیگری تبعید شدند. سیزدهم مهر ماه سال 44 ایشان به همراه حاج آقا مصطفی وارد عراق شدند و پس از مدتی خود را برای رفتن به جوار امیرالمومنین علی علیه السلام آماده کردند.
به گزارش خبرنگار جماران، بعد از قیام پانزده خرداد سال 42، رژیم شاه حضور امام خمینی (س) را تاب نیاورد و ایشان را به ترکیه تبعید کرد. یازده ماه از تبعید ایشان به این کشور می گذشت که رژیم دچار یک خطای محاسباتی و استراتژیک دیگر شد. اولین آن تبعید امام خمینی به ترکیه بود و حالا تبعید به عراق.
سیزدهم مهرماه سال 44 بود که بنا به دلایل مختلفی از جمله جو غیر سیاسی حوزه نجف، وجود روحانیون بلند پایه و برجسته مانند آیات الله حکیم و خویی در این حوزه و برتری حوزه نجف نسبت به حوزه قم که باعث تحت الشعاع قرار گرفتن شخصیت علمی امام می شد، فشار افکار عمومی داخل و خارج از کشور، نفوذ رژیم شاه در عراق و حوزه علمیه نجف و... تصمیم به تبعید امام به عراق گرفت. رژیم گمان می کرد که با این روش دو گل زده است: هم ایشان را از ایران و رهبری مردم دور و هم شخصیت شان را دچار خدشه کرده و از جایگاه اصلی شان انداخته است غافل از آنکه آنچه خاموش نشود نور خداست.
خبر انتقال امام به عراق بلافاصله در ایران منتشر شد. روحانیون نجف از جمله شیخ نصرالله خلخالی با ارسال تلگراف به روحانیون ایران، ورود امام به عراق را اطلاع دادند. (سند شماره 443 ـ 16 / 7 / 44) گزارش 867 ـ 17 / 7 / 44 حاکی از ارسال تلگراف تبریک علمای نجف به روحانیون سرشناس اصفهان ـ آقایان ارباب و خادمی ـ است.
ساواک مراحل ورود امام خمینی (س) را به خاک عراق و سفر از شهری به شهر دیگر تا رسیدن به نجف اشرف اینگونه روایت کرده است:
روز سه شنبه سیزدهم مهر ماه برابر 9 جمادیالثانی 1385، آیت الله خمینی به اتفاق فرزندش مصطفی خمینی وارد بغداد شد (سیر مبارزات امام خمینی در آینه اسناد به روایت ساواک، ج 5، ص 483، 488) و خبر آن را آیت الله شریعتمداری طی تلگرافی در 14 مهر به روحانیون شهرهای مختلف از جمله شیراز به عنوان شیخ بهاءالدین محلاتی و سید عبدالحسین دستغیب مخابره نمود. (سیر مبارزات امام خمینی در آینه اسناد به روایت ساواک، ج 5، ص 239-238) در هنگام ورود آیت الله خمینی به کاظمین، ایشان از سوی دکتر موسی آیت الله زاده اصفهانی، فرزندان مرحوم عبدالهادی شیرازی و فرزندان آقای خویی مورد استقبال قرار گرفت. (همان؛ ص 489، 515) در عصر روز پنجشنبه 15 مهر آیت الله خمینی به طرف سامرا حرکت کردند و در مدرسه شیرازی سامرا از او جهت صرف چای دعوت بهعمل آمد که در آن عدهای از طلاب و مردم سامرا نیز شرکت داشتند. (همان؛ ص 487، 512) در عصر جمعه 16 مهر آیت الله خمینی راهی کربلا شد و در 35 کیلومتری شهر کربلا در قصبه ای به نام مسیب مورد استقبال سید محمد شیرازی و اهل علم مدرسه هندیه و قریب پانصد نفر از طلاب علوم دینی نجف و کربلا قرار گرفت. وی پس از ورود به کربلا در حرم حضرت سیدالشهداء و در محل خاص عبدالهادی شیرازی نماز گزارد. (همان؛ ج5، ص 485، 486، 495) پس از اقامت یک هفته ای در کربلا آیت الله خمینی در بعد از ظهر روز جمعه بیست و سوم مهر (19 جمادی الثانی) با بدرقه قریب چهل ماشین که آقایان سید محمد شیرازی و سید مرتضی قزوینی و سید حسین ناصرالدین نیز جزء مشایعت کنندگان بودند راهی نجف شد و از سوی چند اتومبیل حامل طلاب که به وسیله سید عبدالله شیرازی و شیخ علی کاشف الغطاء تدارک دیده شده بود مورد استقبال قرار گرفت. آیت الله خمینی پس از زیارت مرقد امام علی (ع) به منزلی که جهت اقامت وی در نظر گرفته شده بود و بعد از نماز مغرب آقایان خویی، شیخ علی کاشف الغطاء، سید عبدالله شیرازی، فرزندان مرحوم عبدالهادی شیرازی، هادی و رضا امینی و سید موسی آیتالله زاده از وی دیدن کردند.
(منبع: شیراز در انقلاب، ص286-285)
سخنگویان و وعاظ در مساجد و منابر خبر ورود امام به عراق را به اطلاع مردم رساندند.
پس از اطلاع از ورود امام به عراق طی روزهای 15 مهر 1344 به بعد، تلگراف های زیادی از ایران به نجف اشرف مخابره شد که ورود امام را تبریک گفته بودند. قریب به اتفاق روحانیون و طلاب حوزه های علمیه و چهره های شاخص روحانیون شهرها، تلگراف های تبریکی به نجف ارسال کردند. سند شماره 301 / 300 ـ 17 / 7 / 44 حاکی است ورود آیت الله خمینی به عتبات عالیات مجدداً تحرکی در دسته جات طرفدار روحانیون ایجاد کرده؛ فعالیت می شود که از طبقات مختلف به ایشان تلگراف هایی مخابره شود. رژیم در مواجهه با سیل تلگراف های تبریک دستور داد از ارسال تلگراف ها جلوگیری و نامه های ارسالی جمع آوری شود. (سند شماره 355 / 303 ـ 22 / 7 / 44) حتی به ساواک ها توصیه شد از مخابره تلگراف های روحانیون شهرها به یکدیگر و تبریک ورود امام به عراق به طور غیر محسوس جلوگیری شود.
ترک کربلا و ورود به نجف
بر اساس اسناد و شواهد تاریخی آنچه مسلم است این است که امام بعد از ظهر جمعه بیست و سوم مهر ماه 44 کربلا را به قصد نجف ترک می کنند. این مهم در حالی روی می دهد که بدرقه کنندگان بسیاری از علما، ایشان را همراهی می کنند و از آن طرف نجف نیز برای ورود امام خود را آماده کرده و ماشین های بسیاری در میانه راه به استقبال ایشان آمده اند. در کتاب نهضت امام خمینی این واقعه مهم تاریخی به شکل زیر روایت شده است:
عصر روز جمعه 23/7/44 در حالى که شمارى از علما و روحانیان کربلا به عنوان بدرقه او را همراهى مى کردند به سوى نجف اشرف حرکت کرد. از نجف نیز حدود 80 دستگاه ماشین که سرنشینان آن را علما و روحانیان و شمارى از مردم نجف تشکیل مى دادند براى استقبال از او حرکت کرده بود.
اتومبیل هاى استقبال کنندگان در قصبۀ «خان نص» که در هشتاد کیلومترى کربلاست به ماشین هاى حامل امام و همراهان رسید.
مقارن ساعت 4 بعدازظهر، امام و همراهان در برابر صحن مطهر حضرت امیرالمؤمنین(ع) از ماشین پیاده شدند و در حالى که روحانیان و مردم، امام را احاطه کرده بودند با سلام و صلوات وارد حرم مطهر شد. پس از زیارت به خانه اى که در خیابان رسول ـ کوچه «شربه اى ها» ـ براى امام اجاره کرده بودند وارد شد و حاضران در منزل را مورد تفقد قرار داد. نماز مغرب و عشا را در منزل با جماعت ادا کرد، تا مدت زمانى خانه غرق شور و نشاط بود و روحانیان و مردم متناوباً به دیدار امام مى آمدند.
در نخستین شب ورود، آقایان شاهرودى و خویى و شمارى از علما و مقامات حوزۀ علمیۀ نجف از امام دیدن کردند. آقاى حکیم شب دوم به دیدن او رفت.
به مناسبت ورود امام به نجف، جشن باشکوهى از طرف روحانیان مبارز و متعهد در مدرسۀ بروجردى نجف برگزار شد که بسیارى از مقامات روحانى و نیز برخى از مردم نجف در آن جشن شرکت کردند و قصیده هاى زیبایى که از طرف بعضى از شعراى عرب سروده شده بود خوانده شد، امام خمینى به دنبال ورود به نجف و اقامت در آن، بنا به دعوت و اصرار محصلان علوم اسلامى مدرسۀ بروجردى پذیرفت که نماز مغرب و عشا را در آن مدرسه با جماعت برگزار کند و از شب 26/7/44 این برنامه اجرا شد.
مرحوم آیت الله ملکوتی که حوالی سال 1334 یعنی حدود ده سال پیش از تبعید امام به عراق، به این کشور هجرت کرده بود، در گفت و گویی نحوه استقبال از امام به هنگام ورود به نجف و شور و هیجانی را که در میان طلاب به وجود آمده بود، اینگونه روایت کرده است:
من سال 1334 به عراق رفتم. موقع ورود امام به عراق (سال 1344) آنجا بودم. هنگام ورود امام آشیخ نصرالله خلخالی خیلی زحمت کشید. با توجه به ارتباط و منزلت شیخ نصرالله با تمام بیوت مراجع و علما، ایشان همه را بسیج کرد برای استقبال از امام. شور و شعف عجیبی بین طلاب و حتی مردم عادی نجف به وجود آمد. به گونه ای که بعضی از آقایانی که با تفکر و نهضت امام مخالف بودند، نتوانستند تحمل کنند و نجف را ترک کردند، چون جو طوری شده بود که نمی توانستند به استقبال نیایند. محل تجمع استقبال کنندگان، منطقه خان نُص (وسط راه کربلا به نجف) بود. مراسم استقبال نجف پر شورتر از کربلا شد. همه اساتید، علما و طلاب آمده بودند؛ شاید به غیر از مراجع تقلید کسی از علما و روحانیون در نجف نمانده بود. وقتی امام به خان نُص رسیدند، طلاب در تأیید امام و نهضت ایشان شعارهای حماسی سر دادند.