سال 98 بودجه این وزارتخانه در نهایت با ۵۶ هزار و ۳۰۹ میلیارد تومان بسته شد و کسری‌هایی را به جا گذاشت.
بودجه پیشنهادی دولت برای وزارت آموزش و پرورش در سال ۹۹ معادل ۵۷ هزار و ۱۲۲ میلیارد و ۷۷۷ میلیون و ۷۰۰ هزار تومان است. این در حالی است که سال 98 بودجه این وزارتخانه در نهایت با ۵۶ هزار و ۳۰۹ میلیارد تومان بسته شد و کسری‌هایی را به جا گذاشت و همچنان مسئولان این وزارتخانه بر ضرورت واقعی کردن بودجه تاکید می‌کنند.
در لایحه بودجه ۹۹، در جداول و تبصره‌های بودجه موارد زیر درباره وزارت آموزش و پرورش مورد اشاره قرار گرفته است:
در بند "ه" تبصره یک لایحه آمده است: منابع بند ب ماده ۶۵ قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت(۲) مصوب ۴ اسفند ۱۳۹۳، از ۲۰ درصد به ۵۰ درصد افزایش و مبلغ مابه‌التفاوت به وزارت نفت (شرکت بهینه سازی مصرف سوخت) اختصاص می‌یابد. شرکت مذکور موظف است با همکاری وزارت آموز و پرورش نسبت به تامین و استانداردسازی سامانه گرمایشی ۱۰۰ هزار کلاس درس مدارس اقدام کند.
در بند "ع" تبصره ۵ به دولت اجازه داده می‌شود مبلغ ۱۰ هزار میلیارد ریال اوراق مالی اسلامی جهت احداث، تکمیل و تجهیز فضاهای آموزشی، پرورشی و ورزشی وزارت آموزش و پرورش (سازمان نوسازی مدارس) منتشر کند. این اوراق خارج از سقف پیش بینی شده در جدول شماره ۴ماده ۷ قانون برنامه ششم توسعه بوده و بر اساس ابلاغ اعتبار و تخصیص‌های صادره به مصرف می رسد.
در بند "م" تبصره ۶ لایحه نیز آمده است که تمام واحدهای آموزش دولتی وزارت آموزش و پرورش از پرداخت هزینه‌های آب، برق و گاز در صورت رعایت الگوی مصرف معاف هستند. سقف الگوی مصرف طی دستورالعملی توسط وزارتخانه‌های نفت، نیرو و آموزش و پرورش حداکثر تا سه ماه ابلاغ می‌شود.
در بند "د" تبصره ۹ نیز آمده است که به وزارت آموزش و پرورش و علوم اجازه داده می‌شود به منظور ساماندهی و بهینه‌سازی کاربری بخشی از املاک و فضاهای آموزشی، ورزشی و تربیتی خود را با رعایت ملاحظات آموزشی و تربیتی نسبت به احداث، بازسازی و بهره‌برداری از آنها اقدام کند.
در بند "ک" تبصره ۹: با توجه به نیاز مبرم وزارت آموزش‌وپرورش به فضاهای آموزشی، پرورشی و ورزشی برای دانش‌آموزان، از ابتدای سال ۹۹ تمام دستگاه‌های اجرایی که مستقر در فضاهای مربوط به آموزش‌وپرورش هستند ملکفند ظرف مدت ۶ ماه نسبت به تخلیه ساختمان‌های مذکور و تحویل آن به وزارت آموزش‌وپرورش اقدام کنند.
در جدول شماره ۹ برآورد اعتبارات ردیف‌های متفرقه نیز ۴۵۰ میلیارد تومان به شیر مدارس اختصاص یافته است.
به گزارش ایسنا، همچنین در راستای تحقق ماده ۷۸ قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت "۲" و در جهت اجرای اصل ۳۰ قانون اساسی، آستان قدس رضوی و آن دسته از موسسات و بنگاه‌های اقتصادی زیر مجموعه نیروهای مسلح و ستاد اجرایی فرمان حضرت امام (ره) به استثنای مواردی که اذن صریح ولی فقیه مبنی بر عدم پرداخت مالیات یا نحوه تسویه آن را دارند، موظفند نسبت به واریز مالیات خود به خزانه موضوع ردیف‌های ۱۱۰۱۱۱و ۱۱۰۱۱۲ اقدام کنند. معادل درآمد واریزی از محل ردیف‌های هزینه‌ای مربوط، صرف توسعه عدالت آموزشی، نوسازی، مقاوم‌سازی و خرید تجهیزات برای مدارس روستایی و مناطق محروم می‌شود.
همچنین ۳۰۶۲میلیارد و ۳۸۴ میلیون و ۴۰۰ هزار تومان برای اعتبارات تملک دارایی سرمایه‌ای اختصاص یافته است.
به گزارش ایسنا، بودجه ارتقای سلامت دانش‌آموزان، ۱۳۷ میلیارد و ۴۴۱ میلیون تومان
برنامه تربیت بدنی دانش‌آموزان، ۲۷۰ میلیارد تومان
برنامه آموزش ابتدایی، ۲۳هزار و ۳۳۳ میلیارد و ۸۷۹ میلیون و ۹۰۰ هزار تومان
برنامه آموزش استثنایی، ۱۳۱۸میلیارد و ۴۲۴ میلیون و ۴۰۰ هزار تومان
برنامه آموزش پیش از دبستان، ۵۲ میلیارد تومان
برنامه آموزش دوره متوسطه اول، ۱۵ هزار و ۵۱۴ میلیارد و ۲۵۲ میلیون و ۳۰۰ هزار تومان
برنامه آموزش دوره متوسطه دوم، ۹۰۲۲ میلیارد و ۸۷۴ میلیون و ۱۰۰ هزار تومان
برنامه حمایت از فرهنگیان، ۶۱ میلیارد و ۲۳۷ میلیون تومان
برنامه تأمین کتاب‌های درسی، مواد آموزشی و کمک آموزشی، ۶۳ میلیارد و ۲۴۵ میلیون تومان
برنامه راهبری توسعه مدارس غیردولتی و مشارکت‌های مردمی، ۴۵ میلیارد و ۵۰۶ میلیون تومان
برنامه راهبری نوسازی، توسعه و تجهیز مدارس کشور، ۲۸ میلیارد و ۲۱۳ میلیون تومان
برنامه آموزش و پرورش دانش‌آموزان سرآمد، ۴۱ میلیارد و ۲۲۳ میلیون تومان
برنامه پیشگیری از آسیب‌های اجتماعی دانش‌آموزان، ۳۳ میلیارد و ۵۰۰ میلیون تومان
برنامه پرورشی، امور تربیتی و توانمندسازی دانش‌آموزان، ۲۰۳ میلیارد و ۹۹۰ میلیون تومان
ارتقای حرفه‌ای معلمان، ۸۲ میلیارد و ۷۴۶ میلیون و ۳۰۰ هزار تومان
برنامه آموزش دوره متوسطه دوم فنی و حرفه‌ای، ۲۳۰۵میلیارد و ۴ میلیون و ۲۰۰ هزار تومان و همچنین برای برنامه آموزش دوره متوسطه کاردانش نیز ۳۱۷۹ میلیارد و ۹۷۶ میلیون تومان بودجه پیشنهاد شده است.
