صبح روز بعد از دستگیری آقا، مصطفی فرزند عزیزم را گرفتند. او که رفته بود منزل آقایان مراجع، در منزل آقای نجفی دستگیر و به زندان قزل قلعه می برند و بعد از 57 روز زندان، روز 8 دی ماه آزاد می شود.
به گزارش جماران، خانم خدیجه ثقفی مادر بزرگوار شهید آیت الله سید مصطفی خمینی می گوید:
صبح روز بعد از دستگیری آقا، مصطفی فرزند عزیزم را گرفتند. او که رفته بود منزل آقایان مراجع، در منزل آقای نجفی دستگیر و به زندان قزل قلعه می برند و بعد از 57 روز زندان، روز 8 دی ماه آزاد می شود. آزادی مصطفی بدین صورت بود که سرهنگ مولوی با او در زندان ملاقات می کند و به او پیشنهاد می دهد که اگر مایل باشد می تواند به ترکیه نزد امام برود. مصطفی می پذیرد و با خود می گوید: اگر مادر و دوستان صلاح ندیدند نمی روم، فعلاً این را باید پذیرفت. مصطفی مسأله رفتنش را با من در میان گذاشت. من به او گفتم: این یک کلاه است که سرمان می گذارند. این معنایش تبعید تو به دست خودت است. از این گذشته، تو در ایران منشأ اثری، تلاش کن پدرت آزاد گردد نه تو تبعید شوی. از همه اینها که بگذریم، رفتن تو به ترکیه موجب می شود که مردم از هیجان بیفتند و یا هیجانشان کم شود و هر کسی با خود می گوید خوب، الحمدلله دیگر آقا تنها نیست. او خودش هم که با دوستانش مشورت کرده بود به همین نتیجه رسیده بودند. لذا پیغام داد که نمی رود. یک مکالمه تلفنی شدید اللحن بسیار رکیکی هم در همین زمینه سرهنگ مولوی با او داشت و بعد هم دوباره او را گرفتند و بردند. خوب، این خود سبب گردید تا لااقل تبعید شود! در همان چند روزی که مصطفی قم بود، معلوم بود که ماندنی نیست چرا که هجوم جمعیت و رفت و آمد با رفت و آمدهای قبلی خیلی فرق کرده بود.
