امام خمینی به عنوان یک فقیه .یک اصولی و یک فیلسوف متبحر هرگز برای علوم حوزوی از قبیل فقه و اصول و فلسفه در برابر قرآن اصالت علمی قایل نبود بلکه همه آنها را حتی اخلاق و عرفان نظری را جزء حواشی و قرآن را مخزن همه علوم و معدن پایان ناپذیر همه معارف بشری می دانست.
ایشان قرآن را صورت احدیت جمیع اسماء و صفات پروردگار با جمیع تجلیات جمالیه و جلالیه می دانست و در تعبیری بلند و ماندگار فرموده است: قرآن جلوه تام خدای تعالی است.
این نگاه ویژه و محوری امام به کلام الله مجید در تکوین شخصیت علمی ،فکری و روحی فرزند برومندش آیت الله حاج آقا مصطفی آنچنان تأثیرگذار بود که وی را واداشت در کنار تدریس فقه و اصول به بیان رموز و علوم قرآنی بپردازد وآنچنان گسترده و عمیق وارد مباحث تفسیری شود که تنها تفسیر ایشان از سوره حمد و 46 آیه از سوره بقره بالغ بر چهار جلد شده که ترجمه آن اخیرا در پنج مجلد منتشر گردیده است. تجربیات چهار دهه در جمهوری اسلامی نشان داد که سرگرم شدن به ظواهر دینی و دلخوش کردن به شعارهای مذهبی اگر بدون تخلق به اخلاق قرآنی و باورهای عمیق توحیدی باشد جز پوششی بر انواع فسادها ودور شدن از مقاصد عالی الهی و انسانی نتیجه دیگری نخواهد داشت.
یکی از آموزه های قرآن کریم «تذکر» و یادآوری سختی ها و شرایط خفقان بار حاکمیت های گذشته است. بازگویی تاریخ گذشتگان و شرح جنایات ستمگران و استقامت در برابر آنان یکی از شیوه های تربیتی قرآن است. زیرا تاریخ همیشه در حال تکرار است و حوادثی مشابه با ماجراهای گذشته برای هر امتی پیش می آید و کسانی که آشنا به تاریخ باشند قادر خواهند بود در لحظات حساس تصمیمات درستی اتخاذ کنند. در همین دوران اخیر ما شاهد حوادث عبرت آموز فراوان بودیم. به مناسبت این ایام که مصادف با چهلمین سالگرد شهادت آیت الله حاج آقا مصطفی خمینی است یادآوری وقایع سال ۵۶ و نقش بی بدیل آیت الله حاج آقا مصطفی در پیروزی انقلاب درس آموز و هدایت بخش است. در رژیم سفاک پهلوی نه تنها انتشار تصویر امام خمینی مجاز نبود بلکه بردن نام "خمینی" هم به هر بهانه ای ممنوع و گوینده اش روانه زندان می شد. حتی در مراسم ارتحال حاج آقا مصطفی در مسجد اعظم قم که مملو از جمعیت بود منبری و خطیب مجلس مانده بود که چگونه از متوفی نام ببرد سرانجام با قرائت آیه«لا اقسم بهذا البلد و انت حل بهذا البلد و والد و ما ولد » گفت قسم به آن پدر و آن پسری که در بلد طیبه نجف اشرف هستند و بدون ذکر نام مصطفی خمینی با این اشاره فهماند که مجلس ختم مربوط به کسی است که در نجف بوده و شخصیتی است که او وپدرش آنقدر بزرگ هستند که می توان به نام آنها سوگند یاد کرد. اما پس از چند روز بتدریج نام امام در بعضی مجالس گفته شد تا آنکه در مراسم چهلم شهید مصطفی خمینی در تهران سخنران مجلس حجت الاسلام و المسلمین شیخ حسن روحانی ، ریاست جمهوری فعلی، کار را تمام کرد و برای اولین بار نام آیت الله خمینی را با پیشوند « امام » بر زبان جاری کرد که با ابراز احساسات مردم و ذکر صلوات برای همیشه سد این ممنوعیت در هم شکسته شد. و ثابت شد خورشید برای همیشه در پس ابر باقی نمی ماند و کسی را که در قلوب مردم منزل کرده و محبوب دلهاست با ممنوع کردن نام و تصویر او نمی توان از جامعه حذف کرد. این تجربه تاریخی را قرآن کریم در داستانهای انبیا متذکر شده است.
خداوند متعال به آیت الله حاج آقا مصطفی خمینی این شخصیت کم نظیر علمی و معنوی چنان تفضلی کرد که درگذشت او را نقطه عطف نهضت اسلامی و منشأ قیام فراگیر ملی و تحقق جمهوری اسلامی قرار داد.
یاد و نامش گرامی باد