کمی بعد از پیش‌بینی تاریخی امام خمینی، مجاهدین خلق، چنان خشونتی را به جامعه تحمیل کرد که زخم‌های آن بعد از گذشت چهار دهه، هنوز تازه است.
سال ۱۳۵۰ که سازمان مجاهدین خلق اعلام موجودیت کرد، بسیاری از روحانیون و نیروهای مسلمانِ مبارز در داخل ایران خرسند شدند از اینکه عده‌ای جوان با ایدئولوژی منبعث از مذهب، پای به عرصه‌ی نبرد با رژیم ستم‌شاهی گذاشته‌اند. البته پیش از این تاریخ، کسانی چون آیت‌الله طالقانی از فعالیت‌های این گروه که از سال ۱۳۴۴ آغاز شده بود، مطلع بودند ولی ظهور بیرونی مجاهدین از همان سال ۱۳۵۰ بود که مورد حمایت هم قرار گرفت.
به‌طورکلی اما سازمان مجاهدین، پیش از انقلاب در چند نوبت کوشید تا نظر حضرت امام (ره) را به خود جلب کند. نخستین بار پس از ربایش هواپیمای خطوط هوایی ایرتاکسی در ۱۸ آبان ۱۳۴۹ و فرود هواپیما در بغداد، سازمان مجاهدین که هنوز نام رسمی نداشت، یکی از اعضای ارشد خود (تراب حق‌شناس) را با در دست داشتن نامه‌ی معرفی از آیت‌الله طالقانی به عنوان نماینده‌ی مجاهدین، به نجف اعزام کرد تا حضرت امام را قانع کند و ایشان برای آزادی اعضای بازداشت‌شده‌ی سازمان اقدام نمایند.
امام در این دیدار به تراب حق‌شناس اعلام می‌فرمایند که اولا" من ارتباطی با مسئولین دولت عراق ندارم، ثانیا" نمی‌خواهم از عراقی‌ها تقاضایی کنم تا تقاضای متقابلی از سوی آنان به دنبال داشته باشد، ثالثا" معلوم نیست به فرض سفارش من، اوضاع بازداشت‌شدگان بدتر از آن که هست، نشود. (منبع: از فیضیه تا پیکار... خاطرات و نوشته‌ها، تراب حق‌شناس، انتشارات اندیشه و پیکار، فرانکفورت: ۱۳۹۸، صص ۲۶۶_۲۶۷) اولین ارتباط مجاهدین با امام به این ترتیب برقرار شد.
چندی بعد سازمان که در شهریور سال ۱۳۵۰ ضربه‌ی سختی از ساواک خورده بود و بیش از ۸۰ درصد از کادرهای فعال خود را در زندان می‌دید، تصمیم می‌گیرد یکی از اعضای کادر مرکزی تشکیلات را به نجف بفرستد و با تبیین مواضع ایدئولوژیک و استراتژی سازمان، نسبت به جلب حمایت امام (ره) و احیانا" اخذ تاییدیه‌ای در حمایت از رهبران زندانی خود، مبادرت ورزد.
این تصمیم در بهمن ۱۳۵۰ صورت اجرایی به خود گرفت و حسین احمدی روحانی چندین جلسه به دیدار امام رفت و کتاب‌ها و جزوات ایدئولوژیک سازمان را در اختیار ایشان گذاشت. امام (ره) بعد از روزهای متمادی (خود ایشان در سخنرانی معروف ۴ تیر ۱۳۵۹ می‌فرمایند: "بعضی‌ها می‌گویند ۲۴ روز") چند اشکال اساسی را به مجاهدین وارد می‌دانند. اول اینکه ایشان می‌فرمایند اینها به معاد اعتقاد ندارند. دوم، می‌گویند مجاهدین ایمان تمسکی دارند و نه ایمان تعبدی. و سوم، استراتژی جنگ مسلحانه‌ی مجاهدین را رد می‌فرمایند و اذعان می‌دارند این خط‌مشی به مردم آسیب می‌رساند و جان اعضای مجاهدین را به باد می‌دهد. (منبع: سازمان مجاهدین خلق، حسین احمدی‌روحانی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران: ۱۳۸۴، صص ۱۴۴_۱۴۷)
ملاقات دوم نماینده‌ی سازمان با امام هم این‌گونه پایان می‌یابد.
اما پس از پیروزی انقلاب اسلامی، و با آغاز بهار آزادی، فعالیت علنی گروه‌ها و احزاب سیاسی با وسعتی باورنکردنی آغاز می‌گردد.
سازمان مجاهدین هم با برخورداری از امکانات و فضای سیاسی آزاد، فرصت حضور در جامعه را پیدا می‌کند.
در روز ۶ اردیبهشت ۱۳۵۸ رهبران مجاهدین در قم به دیدار امام می‌روند. در همین روز، محمدرضا سعادتی عضو برجسته‌ی سازمان بر سر قرار پنهانی و اطلاعاتی با افسر اطلاعاتی شوروی به نام ولادیمیر فیسینکو، در حالی که اسنادی مرتبط با پرونده سرلشکر مقربی را به منظور مبادله در اختیار داشت، دستگیر و بازداشت می‌شود.
مجاهدین پس از پیروزی انقلاب، و در فاز به اصطلاح سیاسی، با وجودی که اساسا" نهضت و رهبری امام را قبول نداشتند، علی‌رغم بهره‌گیری از فضای باز، به اقداماتی دست زدند که هر کدام سرفصل خاصی است. طرح شعار انحلال ارتش، تهدید جمهوری اسلامی، جمع‌آوری سلاح و مهمات، برقراری رابطه‌ی جاسوسی با شوروی، تشکیل میلیشیا و... بخش کوچکی از این اقدامات مجاهدین بود.
در واکنش به این تحرکات خلاف قانون، و در زمانی که کمتر کسی توجهی به رفتار سوء مجاهدین داشت، امام خمینی (ره) بدون نام بردن از مجاهدین، سه نوبت، (اول. سخنرانی ۲۴ خرداد ۱۳۵۸ در جمع دانشجویان دانشگاه تهران. دوم. سخنرانی ۱۲ آبان ۱۳۵۸ در جمع فرماندهان کمیته‌ها و سپاه خراسان. سوم. سخنرانی ۴ تیر ۱۳۵۹ در جمع اعضای شورای اسلامی کارگران و پرسنل ارتش)،
سخنرانی‌هایی تبیینی درباره‌ی سابقه‌ی ملاقات نماینده‌ی مجاهدین با ایشان در نجف داشتند. در این مدت چه وقایعی پیش آمد که ایشان ضروری دانستند در خصوص ماهیت مجاهدین به روشنگری بپردازند؟
این پرسش هنگامی اهمیت بیشتری پیدا می‌کند که کارنامه‌ی ۲۸ ماهه‌ی پس از پیروزی انقلابِ سازمان مجاهدین خلق زیر ذره‌بین قرار گیرد.
واقعیت این است که رفته‌رفته هر چقدر که از پیروزی انقلاب گذشت، سازمان مجاهدین هم بر تنور رادیکالیسم دمید. تا اینکه با بالارفتن سطح التهابات در جامعه، رهبری سازمان در ۱۲ اردیبهشت ۱۳۶۰، نامه‌ای سرگشاده به امام می‌نویسد و اعلام می‌کند "برای بیان مواضع، تشریح اوضاع و عرض شکایت" مایل به دیدار با ایشان هستند.
در واکنش به این نامه، حضرت امام(ره) در سخنرانی روز ۲۱ اردیبهشت ۱۳۶۰ (در جمع روحانیون آذربایجان شرقی و غربی)، پاسخ مبسوطی به ادعاها و تقاضای ملاقات رهبری مجاهدین می‌دهند.
ایشان در بخشی از این سخنرانی می‌فرمایند:
"«آنهایی که این‌طور هم با قلمهای‌شان، علاوه بر تفنگهای‌شان، با ما معارضه دارند ما به آنها کراراً گفته‌ایم و حالا هم می‌گوییم که مادامی که شما تفنگ‌ها را در مقابل ملت کشیده‌اید، یعنی در مقابل اسلام با اسلحه قیام کرده‌اید، نمی‌توانیم صحبت کنیم و نمی‌توانیم مجلسی با هم داشته باشیم. شما اسلحه‌ها را زمین بگذارید و به دامن اسلام برگردید، اسلام شما را می‌پذیرد و اسلام هوادار همۀ شماها هست. فقط گفتن به اینکه ما حاضریم [کافی نمی‌باشد] و در آن نوشته‌ای که نوشته‌اید، در عین حالی که اظهار مظلومیت‌های زیاد کرده‌اید، لکن باز ناشیگری کردید و ما را تهدید به قیام مسلحانه کردید.
ما چه طور با کسانی که قیام مسلحانه بر ضد اسلام می‌خواهند بکنند می‌توانیم تفاهم کنیم؟ شما این مطلب را، این رویه را، ترک کنید و اسلحه‌ها را تسلیم کنید و اگر می‌گویید ما به قانون، در عین حالی که رأی نداده‌ایم، لکن سر به او می‌سپاریم و قبول داریم او را، به قانون شما، عمل کنید و قیام بر ضد دولت، که بر خلاف قانون است و قیام مسلحانه که بر ضد قانون است و اسلحه داشتن که بر ضد قوانین کشور است، به اینها عمل کنید، ما هم با شما بهتر از آن طوری که شما بخواهید عمل می‌کنیم.
ما می‌خواهیم با آغوش باز همۀ گروه‌هایی که هستند، بپذیریم و همۀ منحرفین را میل داریم که به استقامت برگردند. اسلام برای همین آمده است. اسلام آمده است که راه مستقیم انسانیت را به مردم، به جهان، ارائه بدهد و حتی‌الامکان هم خودش تعقیب کند برای برگرداندن منحرفین به راه راست اسلامی. اسلام، بلکه تمام مکتب‌های توحیدی در طول تاریخ، برای اصلاح بشر آمده است. پیغمبر اکرم برای این مشرکینی که به جهنم خودشان را می‌فرستادند، برای اینها تأسف می‌خورد، غصه می‌خورد برای اینها. اسلام دین رحمت است، دین عدل است. دیانت قانون است، شما به قوانین اسلام سربگذارید، گردن فرو بیاورید. کشور اسلامی ما، همۀ شما را می‌پذیرد و من هم که یک طلبه هستم با شما حاضرم که در یک جلسه، نه در یک جلسه، در ده‌ها جلسه، با شما بنشینم و صحبت کنم، لکن من چه بکنم که شما اسلحه را در دست گرفته‌اید و می‌خواهید ما را گول بزنید. برگردید و به دامن ملت بیایید و اسلحه‌ها را تحویل بدهید و اذعان کنید به این که ما خلاف کرده‌ایم. دعوی نکنید که ما در جبهه مشغول جنگ هستیم. دعوی این را نکنید که ما از اول تا حالا همیشه طرفدار اسلام و یا طرفدار از مردم بودیم. این را دعوی نکنید؛ برای اینکه از شما پذیرفته نیست و شما قبل از این که اینجا به این مطلب برسید، مشت خودتان را باز کرده‌اید.
شما الآن می‌بینید که بعض احزابی که انحرافی هستند و ما آنها را جزء مسلمین هم حساب نمی‌کنیم، مع‌ذلک، چون بنای قیام مسلحانه ندارند و فقط صحبت‌های سیاسی دارند، هم آزادند و هم نشریه دارند به طور آزاد. پس بدانید که این طور نیست که ما با احزاب دیگری، با گروه‌های دیگری، دشمنی داشته باشیم. ما البته میل داریم که همۀ گروه‌ها و همۀ احزاب به اسلام برگردند و راه مستقیم اسلام را پیش بگیرند و همه مسلم بشوند. بر فرض اینکه نشدند، مادامی که آنها با ما جنگی ندارند و با کشور اسلامی جنگی ندارند و در مقابل اسلام قیام مسلحانه نکرده‌اند، به طور آزاد دارند عمل می‌کنند و به طور آزاد حرف‌های خودشان را دارند می‌زنند، لکن شما بنای بر این مطلب ندارید. و من اگر در هزار احتمال یک احتمال می‌دادم که شما دست بردارید از آن کارهایی که می‌خواهید انجام بدهید، حاضر بودم که با شما تفاهم کنم و من پیش شما بیایم؛ لازم هم نبود شما پیش من بیایید. و حالا هم به موجب احکام اسلام نصیحت به شما می‌کنم؛ شما در مقابل این سیل خروشان ملت نمی‌توانید کاری انجام بدهید. شما اگر یک وقت ملت قیام کند، مثل یک ذره‌ای در مقابل این سیل خروشان هستید.
برگردید به دامن اسلام، بیایید آن چیزی را که دیگران می‌خواهند به شما بدهند و وعدۀ آن را به شما می‌دهند در اسلام برای شما مهیاست. شما دست بردارید از قیام مسلحانه و آن چیزهایی که به غارت برده‌اید از بیت‌المال مسلمین برگردانید و با مسلمین دیگر با هم باشید. شما معزز و محترم هستید، لکن مادامی که اسلحه در دست شماست و شما در همین نوشته اظهار مظلومیت و اظهار این که ما می‌خواهیم کارها درست بشود و تفاهم بشود، وقتی در همین جا تهدید به قیام می‌کنید، ما نمی‌توانیم از شما این طور مسائل را قبول کنیم.»
از این فرمایش‌های حضرت امام (ره) می‌توان نکات بسیار مهمی را استنباط کرد:
۱) دقت‌نظر حضرت امام نسبت به تحولات جاری کشور
۲) حساسیت ایشان نسبت به مسلح بودن مجاهدین
۳) باز گذاشتن راه بازگشت از خطا
۴) قاطعیت امام در برابر تهدیدات مجاهدین
۵) پیش‌بینی تاریخی امام در خصوص اعلان جنگ مسلحانه از طرف مجاهدین، در حدود ۴۰ روز قبل از صدور اطلاعیه سیاسی نظامی شماره ۲۵ سازمان در ۲۸ خرداد ۱۳۶۰
۶) تاکید ایشان بر قانون و لزوم قانونمداری گروه‌ها
۷) پایبندی امام به گفتگو و اینکه حاضر هستند در صورت تحویل سلاح، نه یک جلسه بلکه ده‌ها جلسه با سران مجاهدین صحبت کنند.
۸) اشاره‌ی ایشان به اینکه مجاهدین علی‌رغم مظلوم‌نمایی درصدد فریب دادن و گول‌زدن جامعه و نظام است.
۹) تاکید امام به تعهد نظام نسبت به آزادی گروه‌ها و احزاب حتی احزاب غیرمسلمان مادامی که با کشور اسلامی جنگی ندارند.
۱۰) اشاره‌ی ایشان به غارت سلاح و مهمات از مراکز نظامی توسط گروه‌ها در روزهای ابتدایی انقلاب
۱۱) پیش‌بینی اینکه مجاهدین در برابر سیل خروشان ملت نمی‌توانند کاری انجام دهند.
۱۲) تعهد ایشان نسبت به حفظ احترام مجاهدین در صورت خلع سلاح.
۱۳) تصریح ایشان به اینکه با وجود تهدید، هیچ تفاهمی ممکن نیست.
کمی بیش از یک ماه بعد از این پیش‌بینی تاریخی، مجاهدین خلق، چنان خشونتی را به جامعه تحمیل کرد که زخم‌های آن بعد از گذشت چهار دهه، هنوز تازه است. از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، این سازمان اقدامات تروریستی، ضدملی و ضدمردمی متعددی از جمله ترور شهروندان عادی، بمب‌گذاری، به آتش کشیدن مراکز دولتی و خصوصی، عملیات انتحاری، هواپیماربایی، آدم‌ربایی و شکنجه، حمله به رزمندگان دفاع مقدس در همدستی کامل با ارتش بعث عراق (دست داشتن در به شهادت رساندن ۲۰۰ هزار شهید دفاع مقدس)، به اسارت در آوردن شمار زیادی از رزمندگان ایرانی، تجاوز به تمامیت ارضی ایران برای دومین بار با همکاری ارتش بعث عراق (پس از پذیرش قطعنامه) و... را به انجام رسانید و مسئولیت همه‌ی آنها را هم بر عهده گرفت.
همه‌ی این جنایات، این سازمان را نزد ملت ایران به منفورترین عناصر تبدیل کرد و همانطور که امام تاکید فرموده بودند، تاریخ نشان داد که مجاهدین در برابر سیل خروشان ملت، هیچ نبود.
