رژیم بعث عراق اقدام به اخراج طلاب ایرانی کرده و شرایط سختی را برای آنها پدید آورده بود. حسین محمدی یزدی به بیان خاطره ای از اقدام بجای حاج آقا مصطفی پرداخته است.
به گزارش خبرنگار جی پلاس، حجت الاسلام و المسلمین حسین محمدی یزدی در خاطرات خود از روزهایی که امام خمینی (س) و حاج آقا مصطفی در عراق تبعید بودند و رژیم بعث عراق اقدام به اخراج طلاب ایرانی از این کشور کرده و شرایط سختی که برای آنها پدیده آمده بود، پرداخته و از اقدام به موقع حاج آقا مصطفی خمینی اینگونه نقل خاطره کرده است:
در سالی که دولت عراق هجوم آورد و طلبه های ایرانی را دستگیر کرد، من به تازگی خانه ای اجاره کرده بودم و در حال نقاشی ساختمان آن بودم. در یک شب 750 نفر طلبه را گرفتند و به منطقه ای به نام «خان نص» در نیمه راه کربلا و نجف بردند. من با یکی از دوستانم، به نام آقا سید عبدالرضا حیدری، در خانه بودیم. وقتی قضیه را فهمیدیم سه روز از خانه بیرون نیامدیم. یک روز حاج آقا مصطفی(ره) به دیدن ما آمد و گفت که طلبه ها را گرفته و برده اند، غذای خوبی هم به آنها نمی دهند. ما گفتیم: چون در خانه هستیم هیچ مشکلی نداریم. اگر مواد غذایی تهیه شود، حاضریم برایشان غذا بپزیم. ایشان به وسیلۀ بعضی از طلبه های بحرینی (که دولت عراق کاری به آنها نداشت) برنج و گوشت و سایر لوازم را تهیه می کرد، ما هم آنها را می پختیم؛ سپس وانتی می آمد، آنها را می دادیم برایشان ببرند. حاج آقا مصطفی(ره) چنین اخلاقی داشت که بر اوضاع کاملاً مشرف بود، فکرش همه جا کار می کرد. این یکی از ویژگی های اخلاقی ایشان بود. اگر ایشان به چنین فکری نیفتاده بود، معلوم نبود که کس دیگری چنین کاری انجام دهد.
برشی از کتاب یادها و یادمانها از شهید آیت الله سید مصطفی خمینی (س) (ج. 2) : مجموعه مصاحبه ها در حاشیۀ کنگره شهید آیت الله سید مصطفی خمینی (س): (مهر و آبان 1376)؛ ص 324-325
