چهاردهم دی ماه سال ۴۳ بود که رژیم شاه که ترفندهایش در زندانی و سپس آزاد کردن حاج آقا مصطفی خمینی را کارساز ندید و نتوانست وجود ایشان را تحمل کند، دست به تبعید وی زد و او را راهی ترکیه کرد.
به گزارش خبرنگار جی پلاس، امام خمینی در سیزدهم آبان ماه سال ۴۳ دستگیر و به ترکیه تبعید شد، همان روز حاج آقا مصطفی خمینی هم روانه زندان شد و سرانجام در چهاردهم دی ماه، وی را نیز به ترکیه تبعید کردند.
در روزنگار زندگی و تاریخ سیاسی-اجتماعی امام خمینی در این باره چنین آمده است:
سیزدهم دی 1343 (6 رمضان 1384 ق) مصادف با دستگیری حاج آقا مصطفی خمینی و تبعید ایشان به ترکیه است .حاج سید مصطفی به دنبال تبعید پدر و در روز 13 آبان دستگیر شده بود، پس از 56 روز تحمل زندان در روز هشتم دی ماه 1343 آزاد و در ساعت 4 بعد از ظهر وارد قم شد.
گرچه رژیم شاه به منظور فرونشاندن خشم و ناراحتی مردم از قبح و خیانت احیای کاپیتولاسیون و بدتر از آن تبعید مرجع تقلید و رهبرشان، دست به دروغ‌پردازی ها و ترفندهایی زده بود از جمله: اعلام موافقت آمریکا با سلب مصونیت از اتباع آمریکایی در صورت تشخیص دولت ایران و همین طور، آزادی فرزند امام برای نشان دادن حسن نیت خود با قرار مهاجرت ایشان به ترکیه به ظاهر به منظور دیدن پدر. به همین منظور گذرنامه و بلیط هواپیما جهت پرواز به ترکیه برای وی فراهم کرده بود، اما هنگامی که با فعالیت های مجدد آقا مصطفی در قم و امتناع ایشان از مسافرت روبرو شد در روز 13 دی ماه رئیس ساواک قم، با عده ای از مأموران لباس شخصی خود در ساعت 45/11 صبح به خانه امام یورش برده و وی را دستگیر و بی‌درنگ روانه تهران کردند.
ترس و وحشت حاصل از این یورش سبب هراس همسر وی شد که باعث سقط جنین و کسالت و ناراحتی دائمی ایشان شد. آقا مصطفی را هم پس از انتقال به تهران به باشگاه نخست وزیری برده و روز بعد یعنی 14 دی ماه با هواپیما به استانبول و از آنجا به بورسا تبعید کردند، بدین ترتیب زندگی جدید آقا مصطفی در دوران تبعید در کنار پدر آغاز شد، آغازی که هرگز برای آن بازگشتی به ایران به دنبال نداشت.
در کتاب دیدار در نوفل لوشاتو نیز درباره این مساله چنین آمده است:
پس از تبعید امام خمینی، حاج آقا مصطفی(۱) بعد از 57 روز که در زندان قزل قلعه زندانی بود، سرهنگ مولوی با ایشان ملاقات می کند و پیشنهاد می دهد در صورتی که بخواهد می تواند به ترکیه رفته و از امام خمینی دیدن نماید. مرحوم حاج آقا مصطفی با نگرانی هایی که از سر نوشت پدر داشت پیشنهاد را پذیرفت و سرهنگ مولوی هم دستور صدور گذرنامه را داد و به حاج آقا مصطفی تاکید کرد که طوری وارد قم شود که سر و صدا ایجاد نکند، ایشان پس از ورود به قم و ملاقات با اساتید و فضلای حوزه علمیه و مشاوره و تبادل نظر با آنان در مورد مسافرت خویش به ترکیه به این نتیجه رسید که این مسافرت طبق خواست رژیم است و رژیم می خواهد ایشان را با پای خود و بی‌سر و صدا تبعید نماید لذا از مسافرت بکلی انصراف داد.
سرهنگ مولوی تلفنی با حاج آقا مصطفی تماس گرفت و با لحن بی‌ادبانه ای به انصراف ایشان اعتراض می نماید. ساعتی از مکالمه تلفنی سرهنگ مولوی با حاج آقا مصطفی نگذشته بود که یکی از مامورین عالی رتبه ساواک وارد قم شده و به ملاقات حاج آقا مصطفی می رود و کوشش فراوان می نماید تا ایشان را به مسافرت به ترکیه ترغیب نماید، ولی هر چه کوشش می کند کمتر به نتیجه می رسد، لذا مایوس برمی گردد.
سرانجام در روز 29 شعبان 1384 سرهنگ بدیعی رئیس ساواک قم همراه با عده‌ای از مامورین خود ساعت 2 بعدازظهر که رفت و آمد در خیابان های قم کمتر صورت می گرفت وارد خانه حاج آقا مصطفی می شود و ایشان را پس از انتقال به تهران، مستقیم به ترکیه تبعید می کنند.
۱. حاج آقا مصطفی نیز در ساعت ده و ربع روز سیزدهم آبان 43 توسط نیروهای ویژه ساواک قم دستگیر و مستقیماً به تهران منتقل شد. بر اساس مدارک موجود ایشان در ساعت نه شب همان روز سیزدهم آبان تحویل زندان قزل قلعه تهران گردید و روز بعد به اتهام «اقدام بر ضد امنیت داخلی مملکت» که در تاریخ بیست آبان ماه به تأیید رئیس دادگاه شماره یک دادرسی ارتش رسید، موقتاً در همان زندان بازداشت شد. مأموران ساواک در مشاوره با مقامات عالی امنیتی کشور، از یک سو بازداشت طولانی ایشان را به صلاح ندانسته و از سوی دیگر حضور ایشان را در قم خلاف مصالح کشور تشخیص داده لذا تصمیم به تبعید نامبرده می گیرند. لذا در ساعت شش بعد از ظهر روز هشتم دیماه 43 از زندان آزاد شده و روز سیزدهم دی ماه همان سال طی حکم مقامات دادرسی ارتش از کشور اخراج و نزد پدرش به ترکیه تبعید شد.
برشی از کتاب دیدار در نوفل لوشاتو؛ ص ۱۴۹-۱۵۰ و روزنگار زندگی و تاریخ سیاسی-اجتماعی امام خمینی، ص ۳۲۰.
