روز بیست و یکم خرداد ماه سال 48 بود که ماموران رژیم بعث عراق به خانه امام آمده و به ظاهر خواستند تا برای بردن حاج آقا مصطفی از امام اجازه بگیرند اما زمانی که منطق کوبنده ایشان را دیدند، به بازداشت آقا مصطفی اقدام کردند.
جی پلاس: در اوایل سال 1348 هجری شمسی رژیم عفلقی عراق در راستای مبارزه با مکتب تشیع در برنامه حساب شده‌ای دست به توطئه علیه مرجعیت شیعه زد و با حیله‌ها و ترفندهای دیکته شده از سوی میشل عفلق انزوای همه‌جانبه حضرت آیت‌الله العظمی سید محسن حکیم مرجع بزرگ شیعه در نجف را فراهم آورد و ایشان را در منزل خود در کوفه زیر نظر و مورد محاصره قرار داده و تلفن منزل وی را قطع کردند.
در این شرایط و با ایجاد جو رعب و وحشت ایجاد شده که کسی را جرأت ملاقات با وی نبود، حاج آقا مصطفی خمینی به ملاقات ایشان رفت و از وی دیدار کرد. این دیدار در حوزه نجف اثر بسیار مثبتی داشت، ولی خشم مقامات عراق را برانگیخت. آنان به ظاهر برای کسب اجازه از حضرت امام برای بازداشت آقا مصطفی به حضور ایشان رسیدند و چون با منطق کوبنده حضرت امام مواجه شدند، به بازداشت آقا مصطفی و انتقال وی به بغداد در روز 21 خرداد 1348 اقدام کردند. این عمل که باعث وحشت و اضطراب اطرافیان و دوستان و دیگر افراد در نجف شده بود کوچکترین تأثیری در روحیه حضرت امام نداشت زیرا طبق برنامه هر روزه به موقع سر درس حاضر شدند و در میان تأثر، نگرانی و اضطراب حضار با یک دنیا آرامش درس و بحث علمی و برنامه نماز و ملاقات و دیگر برنامه‌های عادی روزانه خود را دنبال کردند.
رژیم بعث عراق هم که در تلاش‌های خود دریافت سید مصطفی انعطاف‌ناپذیر است و با تطمیع و تهدید نمی‌توان او را فریفت، به ناچار او را آزاد کردند.
برشی از روزنگار زندگی و تاریخ سیاسی اجتماعی امام خمینی، ص 96 - 97
