آیت الله العظمی گلپایگانی از جمله بزرگانی بود که در بزنگاه های مختلف همراهی خود با نهضت امام خمینی را نشان داده بود. این رویه پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز ادامه پیدا کرد تا جایی که به دنبال شهادت جمعی از فرماندهان ارشد نظامی جنگ، پیام تسلیتی خطاب به امام خمینی صادر کرد و امام نیز به این ابراز ارادت پاسخ دادند.
به گزارش خبرنگار جی پلاس، به دنبال شهادت جمعی از فرماندهان رشید دفاع مقدس از جمله آقایان فلاحی، فکوری، کلاهدوز، جهان آرا و نامجو در حادثه سقوط هواپیما در حوالی کهریزک تهران در تاریخ هفتم مهر ماه سال 60، مقامات و مراجع پیام های تسلیت خود را خطاب به ملت ایران و رهبر کبیر انقلاب اسلامی، امام خمینی (س) صادر کردند. از جمله این پیام ها می توان به پیام مرحوم آیت الله العظمی سید محمد رضا گلپایگانی اشاره کرد. ایشان از جمله مراجعی بودند که از همان روزهای نخست پا گرفتن نهضت امام خمینی، همراهی خود را با ایشان به اثبات رساندند. موضع گیری های آیت الله گلپایگانی در مقابل دسیسه های رژیم شاه از جمله اصلاحات ارضی، لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی، انقلاب سفید، حمله به مدرسه فیضیه در روز شهادت امام صادق علیه السلام و کشتار طلاب، قیام پانزده خرداد سال 42 و دستگیری امام خمینی، تلاش ها برای آزادی امام از حصر، تبعید امام به ترکیه و سپس به عراق و سرانجام پیروزی انقلاب اسلامی همه و همه نشان دهنده همراهی ایشان با دیدگاه های امام در مقابل حکومت جور و ستم است.
رژیم شاه که متوجه شکل گیری نهضتی علیه ماهیت خود شده بود، با به راه اندازی فاجعه فیضیه، بر آتش خشم مردم دمید. در فاصله این فاجعه تا فرا رسیدن ایام ماه محرم که خود شکل دهنده اصلی قیام امام خمینی بود، ساواک وعاظ را احضار و آنان را به اجرای فرامینی ملزم کرد که از جمله آن این بود که در سخنرانی ها و وعظ هایشان کلامی خلاف شاه و اسرائیل نگویند.
این اخطار ساواک نه تنها نتوانست طرفی بر بندد بلکه رژیم را با چالشی دیگر نیز مواجه کرد. مراجع قم از جمله آیت الله العظمی سید محمد رضا گلپایگانی(ره) در نشستی تصمیم گرفتند که در روز عاشورا هر یک برای مردم و عزاداران حسینی علیه السلام سخنرانی کرده و از مظالم و جنایات رژیم پرده بردارند.
امام در روز عاشورا سخنرانی معروف خود را در مدرسه فیضیه انجام دادند که منجر به دستگیری ایشان و سرانجام قیام 15 خرداد شد.
آیت الله العظمی گلپایگانی در اعلامیه ای به دستگیری امام و کشتار مردم واکنش نشان داد و نوشت: «در این فاجعه ملت ایران در دریای مصیبت غرق شد... ما برای حفظ استقلال مملکت شیعه و حمایت از دین، همه گونه مصیبت را استقبال می کنیم و به آن ها که می گویند روحانیت نباید در سیاست دخالت کند، اعلام می کنم که دین ما، دین اسلام و سیاست ما، سیاست اسلامی است و مسلمانان از سیاست و نظارت در امور کشور اسلامی نمی تواند برکنار بماند تا چه رسد به فقها و مجتهدین که دارای مقام زعامت شرعیه و نیابت عامه هستند». (مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ج 1، ص 136)
رژیم شاه که حتی با تبعید رهبری نهضت، امام خمینی، هم نتوانسته بود، آتش زیر خاکستر نهضت ایشان را خاموش کند، در باتلاقی که خود فراهم کرده بود دست و پا می زد و با نقشه های مختلف نه تنها کاری از پیش نمی برد که کار را بدتر هم می کرد، از جمله این رفتارهای نابخردانه حمله به امام در روزنامه اطلاعات در شانزدهم دی ماه سال 56 بود که قیام های پی در پی را به دنبال داشت. رژیم در این مقاله، روحانیت اسلام را ارتجاع سیاه و هم دست ارتجاع سرخ معرفی کرده بود. آیت الله العظمی گلپایگانی با صدور اعلامیه ای این رفتارهای ناشایست رژیم را محکوم کرد. در بخشی از اعلامیه ایشان آمده است:
«... مقالات اخیر بعضی جراید و حمله به احکام مقدس اسلامی و تهمت و توهین به مقام شامخ روحانیت، موجب نگرانی و انزجار و تشنج گردید... مأموران دولت عده ای بی گناه را به قتل رسانده و جمع زیادی را مجروح و مصدوم نمودند... حقیر و سایر علمای اعلام دامت برکاتهم همیشه مخالفت خود را با تصویبات و مقررات ضد اسلامی به وسیله نامه و تلگراف و تذکرات شفاهی صریحاً اظهار داشته ایم و حجت را بر همه تمام نموده ایم و ساحت مقدس روحانیت و هر مسلمان واقعی از موافقت با مقررات مخالف شرع و همکاری با عمال استعمار منزه و مبرّاست...». (مرکز اسناد انقلاب اسلامی، همان، ص 412)
این همراهی ایشان با نهضت امام خمینی ادامه داشت تا روزی که ایشان پس از سال ها دوری در میان استقبال جمعیت میلیونی به کشور بازگشتند و آیت الله العظمی گلپایگانی این ورود قهرمانانه را به امام تبریک گفتند و ایشان نیز در پیامی متقابل از آیت الله تشکر کردند. در بخشی از پیام امام به آیت الله گلپایگانی آمده:
"خدماتی که حضرت مستطاب عالی در طول مبارزات گذشته انجام داده اید و شداید و سختی هایی را که تحمل کرده اید، فراموش نخواهد شد. مرجوّ آنکه در مظانّ استجابت دعا اینجانب را از دعای خیر فراموش نفرمایید. " (صحیفه امام؛ ج 6، ص 113)
این برخوردهای میان امام خمینی و آیت الله العظمی گلپایگانی بعد از پیروزی انقلاب اسلامی نیز ادامه پیدا کرد. از این میان، پیام تسلیت شهادت فرماندهان نظامی (برای اطلاع از چگونگی این رویداد به روایت های متفاوت از سقوط هواپیمای حامل فرماندهان جنگ مراجعه کنید) بود که امام در دهم مهرماه سال 60 مطابق با سوم ذی الحجه 1401 به آن پاسخ گفتند. متن پیام امام به آیت الله گلپایگانی به شرح زیر است:
"بسم الله الرحمن الرحیم
قم
حضرت آیت الله آقای گلپایگانی ـ دامت برکاته
تلگراف محترم در تسلیت شهادت سربازان عزیز اسلامی و فداکارانی که در طول انقلاب و خصوصاً در مدت جنگ با دشمنان اسلام سرافرازی برای ملت شریف آفریدند موجب تشکر گردید. امید است این عنایات مراجع عظام و علمای اعلام و ملت شریف نسبت به قوای مسلح و سرداران آنان موجب دلگرمی همۀ قوای مسلح فداکار شود. از خداوند تعالی سلامت برای جنابعالی و رحمت و سعادت برای شهدای راه حق، خصوصاً این سربازان عزیز، و صبر جزیل برای بازماندگان آنان خواستارم. والسلام علیکم و رحمة الله .
روح الله الموسوی الخمینی"
همراهی آیت الله العظمی گلپایگانی با انقلاب اسلامی تا آخرین روز حیاتشان ادامه پیدا کرد. نمود این همراه بودن در مراسم تشییع میلیونی پیکر مطهر رهبر کبیر انقلاب اسلامی خود را بیشتر نمایاند که ایشان نماز را بر پیکر امام اقامه کردند و اشک ریختند.
