امام در نامه ای به حجت الاسلام والمسلمین مصطفی اشرفی نظر خود را درباره بازگشت وی به نجف ابراز داشتند.
به گزارش خبرنگار جی پلاس، امام خمینی (س) در سی ام مرداد سال ۵۲ مطابق با بیست و دوم رجب ۹۳، درباره بازگشت حجت الاسلام والمسلمین مصطفی اشرفی به نجف چنین اظهار نظر کرده اند:
"بسمه تعالی
22 رجب 93
خدمت جناب مستطاب عمادالاعلام و ثقة‌الاسلام آقای اشرفی ـ دامت افاضاته
مرقوم شریف واصل، در موضوع عودت به نجف اشرف یا بقای در ایران، با قطع نظر از امر حضرت آقای والد ـ دامت برکاته ـ به نظر می رسد با وضعی که برای حوزۀ مبارکۀ نجف پیش آمده است و بیم تفرق می رود، مراجعت اصلح باشد گرچه حوزۀ علمیۀ قم بسیار خوب است و تحکیم و تأیید آن لازم است. امید است هر چه مصلحت باشد برای جنابعالی اسبابش را خداوند تعالی فراهم فرماید.
خدمت حضرت معظمٌ‌له سلام مخصوص ابلاغ، و از ایشان و جنابعالی امید دعای خیر دارم. والسلام علیکم و رحمة اللّه.
روح اللّه الموسوی الخمینی"
