امام خمینی در یازدهم مرداد سال ۶۰، حکم ریاست جمهوری شهید محمدعلی رجایی را تنفیذ کرد.
به گزارش خبرنگار جی پلاس، پس از عزل بنی صدر از ریاست جمهوری، شهید محمد علی رجایی با رای مردم برای تصدی مقام ریاست جمهوری انتخاب شد. امام خمینی (س) در یازدهم مرداد سال ۶۰ حکم او را تنفیذ کرد. متن این حکم به شرح زیر است:
"بسم اللّه الرحمن الرحیم
با سپاس بی‌حد از الطاف کریمۀ خداوند متعال که توفیق به ملت شریف و متعهد ایران عطا فرموده که هر چه زمان می گذرد، مشکلات افزون می شود، بر تعهد آنان و حضورشان در صحنه و پشتیبانی‌شان از جمهوری اسلامی که فراوردۀ فداکاری های خودشان است، افزوده می شود. و به رغم تبلیغات دشمنان خارج و داخل، با اکثریت قاطع افزون از دورۀ سابق، جناب آقای محمدعلی رجایی ـ ایّده اللّه تعالی ـ را به ریاست جمهوری کشور اسلامی ایران برگزیده و این مسئولیت بزرگ و بار سنگین را بر عهدۀ او گذاشته است. و چون مشروعیت آن باید با نصب فقیه ولی امر باشد[1]، اینجانب رأی ملت شریف را تنفیذ و ایشان را به سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب نمودم، و مادام که ایشان در خط اسلام عزیز و پیرو احکام مقدس آن می باشند و از قانون اساسی ایران تبعیت و در مصالح کشور و ملت عظیم‌الشأن در حدود اختیارات قانونی خویش کوشا باشند و از فرامین الهی و قانون اساسی تخطی ننمایند، این نصب و تنفیذ به قوت خود باقی است. و اگر خدای ناخواسته بر خلاف آن عمل نمایند، مشروعیت آن را خواهم گرفت.[2]و باید ایشان توجه داشته باشند و از عمل ملت دریافته باشند که ملت دلاور نیز رأی خود را بر این اساس به ایشان داده اند، و من امیدوارم که در حفظ این امانت الهی و مسئولیتی که ملت بر عهدۀ ایشان گذاشته است، با تمام توان کوشش نموده و از آن پاسداری نمایند و وفادار به پیمان خود در مقابل خداوند مقتدر حاضر و ناظر و ملت حاضر در صحنه و مراقب احوال و اوضاع باشند و به فرمان خداوند تبارک و تعالی ـ که مؤمنان را به رحمت و عطوفت در بین خود و شدت در مقابل کفار و مخالفان اسلام دعوت فرموده است ـ[3]با تمام جدیت عمل کرده و در عمل به حق از کسی و از ملامت بدخواهان نهراسند. و در نظارت بر قوای ثلاثه، طرف حق را در نظر گیرند و در خدمت به خلق خدا، خصوصاً توده های مستضعف، احساس غرور و سرافرازی نمایند، که اینانند وفاداران به اسلام و هواداران جمهوری اسلامی. و امید است در این موقع که دشمنان خارج و داخل دست به دست هم داده تا جمهوری اسلامی را به تباهی کشند، قشرهای مختلف ایران از علما و متفکران و محققان گرفته تا قوای مسلح و از دهقانان و کارگران و کارمندان و کارفرمایان تا بازرگانان و بازاریان و عشایر و سرحدنشینان، همفکر و هم‌صدا با رئیس جمهور محترم و دولت و مجلس و سایر ارگان های اسلامی دست جنایتکاران و خائنان را قطع و در تشیید[4]و تأیید جمهوری اسلامی کوشا بوده و در ساختن ایرانی مستقل و آزاد فداکار باشند و با وحدت کلمه به کشور خود و مردم محروم آن خدمت کنند.
تقارن رأی‌گیری برای رئیس جمهور با ایام و لیالی مبارک قدر و تنفیذ آن با عید سعید فطر، موفقیت آقای رئیس جمهور را در خدمت به کشور و ملت عزیز نوید می دهد. از خداوند متعال توفیق همگان را در ساختن کشور عزیز خواستار است.
یکم شوال المکرم 1401، عید سعید مبارک فطر موافق با 11 مرداد 1360
روح اللّه الموسوی الخمینی"
1 ـ به موجب اصل 110 قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران امضای[تأیید و تنفیذ]حکم ریاست جمهوری پس از انتخاب مردم بر عهدۀ رهبری نظام اسلامی یعنی ولی فقیه است.
2 ـ به استناد اصل 110 قانون اساسی.
3 ـ اشاره به آیۀ 29 سورۀ فتح: «محمَّد رَسوُلُ اللّه‌ِ وَالّذینَ مَعَهُ اَشِدّاءُعَلَی الْکُفّارِ رُحَماء بَینَهُم».
4 ـ تقویت، تحکیم.
