در هفدهم مهرماه سال ۶۰، امام خمینی حکم رئیس جمهوری آیت الله سید علی خامنه ای را به عنوان سومین رئیس جمهور ایران اسلامی تنفیذ کردند.
به گزارش خبرنگار جی پلاس، سومین دوره انتخابات ریاست جمهوری در دهم مهر سال ۶۰ و در شرایطی که جمهوری اسلامی شرایط سختی از جمله جنگ تحمیلی و ترور شخصیت های نظام و مردم کوچه و بازار را به دست سازمان منافقان پشت سر می گذاشت، برگزار شد. در این دوره علاوه بر آیت الله سید علی خامنه ای، سید رضا زواره ای، سید علی اکبر پرورش و حسن غفوری فرد نیز کاندید بودند که آیت الله خامنه ای با اکتساب بیش از پانزده میلیون یعنی حدود ۹۵ درصد آرا به ریاست جمهوری انتخاب شدند و در هفدهم مهر ماه سال ۶۰ یعنی یک هفته پس از برگزاری انتخابات و در روز عید سعید قربان، امام خمینی در حضور جمع زیادی از مسئولان عالی رتبه، علما و شخصیتهای سیاسی و فرهنگی و نظامی و مردم و خانواده‌های شهدا، حکم سومین رئیس جمهوری اسلامی ایران را تنفیذ کردند.
در این مراسم مرحوم حاج سید احمد آقا خمینی متن نامه‌های وزیر کشور و شورای نگهبان را مبنی بر اعلام صحت انتخابات قرائت کرد و سپس متن حکم امام خمینی در مورد تنفیذ انتخابات را برای حاضران خواند که در ادامه آمده است:
"بسم اللّه الرحمن الرحیم
ما نَنْسَخْ مِنْ آیَةٍ أَوْ نُنْسِهانَأْتِ بِخَیْرٍ مِنْها أَوْ مِثْلِها[۱]
گرچه دست جنایتکاران و منافقان، رئیس جمهور متعهد و مؤمنی را از ملت مجاهد ایران گرفت و یکی از خدمتگزاران صدیق را به شهادت رساند و ملت عزیز را از خدمت او، و او را از خدمت به ملت محروم کرد و گمان کرد که با ترور اشخاص، ملت بپاخاسته از تصمیم خود عقب می نشیند و در خدمت به اسلام بزرگ سستی می ورزد و در نتیجه راه برای قدرتهای چپاولگر باز می شود، ولی شرکت بی سابقۀ مردم کشور، امید بدخواهان را مبدل به یأس و طمع آزمندان را برای همیشه برید.
امریکا و تروریستهای وابسته و پیوسته به آن با تبلیغات خود ملت شریف ایران و ارتش وفادار به اسلام را از هدف بزرگ اسلامی شان منحرف معرفی می نمایند، و وسایل ارتباط جمعی غرب، خصوصاً امریکا و صهیونیزم برای جهانخواران و مزدورانشان کاخهای سفید خیالی ساخته تا با شکست ایران در انتخابات، به سوی ایران مهد شیرزنان و شیرمردان، هجوم آورده و با محو اسلام، حکومت سلطنتی یا جمهوری دمکراتیک خلق[۲] برقرار و کشور را تا ابد مورد چپاول قدرتمندان خصوصاً امریکا قرار دهند. ولی شرکت عمومی ملت شجاع و متعهد در انتخابات و پیروزیهای پی در پی قوای مسلح در جنوب و غرب و حضور مداوم ملت در سرتاسر کشور از طرفی، و از طرف دیگر سرکوبی اشرار وطن فروش در داخل و پشت جبهه و به انزوا کشیدن ملی گرایانِ پیوسته به امریکا، کاخهای تخیلی آنان را فروریخت.
خداوند متعال بر ما منت نهاد که افکار عمومی را برای انتخاب رئیس جمهوری متعهد و مبارز، در خط مستقیم اسلام و عالِم به دین و سیاست هدایت فرمود که امید است با حُسن تدبیر و کمک قوای سه گانه و پشتیبانی ملت بزرگ، مشکلات یکی پس از دیگری رفع و احکام مقدس اسلام به طور دلخواه در سطح کشور اجرا گردد.
اینجانب به پیروی از ملت عظیم الشأن و با اطلاع از مقام و مرتبت متفکر و دانشمند محترم جناب حجت الاسلام آقای سید علی خامنه ای ـ ایّده اللّه تعالی ـ رأی ملت را تنفیذ و ایشان را به سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب نمودم.[۳]و رأی ملت مسلمان متعهد و تنفیذ آن محدود است به اینکه ایشان به همان نحو که تا کنون خدمتگزار اسلام و ملت و طرفدار قشر مستضعف، و به حکم قرآن کریم اَشِدّاءُ عَلَی الْکُفّارِ رُحَماءُ بَیْنَهُمْ[۴]بوده اند از این پس نیز به همان تعهد باقی باشند و از طریق مستقیم انسانیت و اسلام انحراف ننمایند، که ان شاء اللّه نمی نمایند. و در این موقع خطیر که بدخواهان خارج و داخل و بلندگوهای ابرقدرتها خصوصاً امریکای جنایتکار با هر وسیله می خواهند ملت و دولت و مجلس و دادگاههای ایران را متهم کنند و به گمان فاسد خود تزلزلی در ارکان جمهوری اسلامی ایجاد نمایند، لازم است رئیس جمهور با کمک همۀ ارگانهای جمهوری اسلامی و با تشریک مساعی یکدیگر جریانات امور را به طوری هماهنگ و موافق اسلام کنند که بهانه را از دست بدخواهان بگیرند؛ گرچه بسیاری از آنان با احکام اسلام و حدود و تعزیرات آن موافقت ندارند.
آقای رئیس جمهور و سایر دست‌اندرکاران و دولتمردان در جمهوری اسلامی باید بدانند که ملت شریف ایران بر همۀ آنان محبت و منت دارند، چراکه این ملت فداکار است که در اول انقلاب با نثار خون جوانان خود و زحمات طاقت فرسا پیروزی را به دست آورد و همه را از زندانها و تبعیدها و انزواها و اختناقها نجات داد و حکومت را از ستمگران بازستاند و به آنان تحویل داد. و همین ملت است که از اول پیروزی تاکنون در صحنه بوده و از کشور و ارتش و سپاه و سایر قوای مسلح و دولت و مجلس و شورایعالی قضایی و دادگاهها پشتیبانی نموده، و با کمک و همت همین ملت، دشمنان داخل و خارج را سرکوب و حزب اللّه را به جای احزاب و گروههای شیطان نشاند. و هم اینانند که با شوق و شعف به آقای رئیس جمهور بیش از شانزده میلیون رأی دادند و بر کرسی ریاست جمهوری نشاندند؛ و هم اینانند که به خواست خداوند تعالی قادرند کشور را حفظ و از شرّ شیاطین نجات دهند؛ و اینانند که بر همۀ ماها و شماها حق دارند و همه می بایست دیْن خود را به آنان ادا کنیم و در خدمت ملت خصوصاً مستضعفین که سنگینی این جمهوری به دوش آنان بوده و بدون کوچکترین توقعی در خدمت اسلامند، با جان و دل کوشا باشیم. و مادام که همۀ ما و شما در خدمت مردم هستیم آسیبی به جمهوری اسلامی وارد نمی شود و ملت بزرگ و بیدار و در صحنه جواب همۀ یاوه سرایان و زورگویان را می دهد. از خداوند متعال پیروزی اسلام و مسلمین را خواستارم. والسلام علی عباد اللّه الصالحین.
روح اللّه الموسوی الخمینی"
۱ ـ سورۀ بقره، آیۀ 106: «ما هیچ آیتی را نسخ نمی کنیم یا آن را از یادها نمی بریم مگر آنکه بهتر یا مثل آن را بیاوریم».
۲ ـ در مقابل نظریۀ امام خمینی مبنی بر اینکه نظام سیاسی ایران «جمهوری اسلامی» است که با تأیید اکثریت قاطع ملت ایران در رفراندم 12 فروردین 1358 و همه پرسی قانون اساسی همراه بود، گروهکهای چپگرا و مخالفین جمهوری اسلامی و برخی از ملی گرایان قیدهای دیگری را به عنوان پسوند «جمهوری» مطرح می‌کردند که با بی‌اعتنایی و مخالفت مردم روبرو شد.
۳ ـ به موجب اصل 110 قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، امضای تأیید و تنفیذ حکم ریاست جمهوری، پس از انتخاب مردم، از وظایف و اختیارات رهبری است.
۴ - سورۀ فتح، آیۀ 29: «محمدص فرستادۀ خداست، و آنانی‌که با اویند برکافران سختگیر، و بین خویش مهربان هستند».
