کمتر از یک ماه پس از ورود تاریخی امام به تهران، این روحانی بلند پایه مکتب جعفری، بازگشت به قم و ادامه حیات طلبگی طبق سنت علما و مراجع بزرگ را بر ماندن در تهران، پایتخت سیاسی ایران، ترجیح داد و رهسپار قم شد. 12اسفند همان سال پیروزی، وارد قم شد. منزل شخصی ایشان کوچک بود و نیاز به خانه بزرگتری برای رفع و رجوع مسائل و پذیرش مردم و انجام دیدارهای مختلف بود. تا اینکه بالاخره، در منزل آیت الله شیخ محمد یزدی اقامت می کنند. و البته گاهگاهی هم در منزل آیت الله اشراقی رفت و آمد می کنند.
اقامت امام در قم، تنها یازده ما طول کشید. بیماری قبلی امام، به حضور امام در قم پایان داد. ایشان دوم بهمن 1358 به رغم علاقه قلبی، قم را به مقصد بیمارستان قلب تهران ترک کردند. و این البته، به مثابه یک وداع بود ایشان دیگر هرگز به قم بازنگشتند.
آخرین دوران اقامت امام در قم، نه به تدریس و امور حوزوی، که به «رهبری» انقلاب بزرگی گذشت که مهدی بازرگان رییس دولت آن بود. هیأت دولت و دیگر بزرگان و بازیگران انقلاب، مدام برای پیگیری امور و راهنمایی از امام، در راه تهران و قم در رفت آمد بودند. شاید یکی از دلایل عدم بازگشت امام به قم پس از فراغت از بیمارستان همین رفت و آمدها باشد که با توجه به حساسیت های دوران انقلاب و بعد از آن جنگ و جایگاه بی نظیر امام در این میان، بیشتر و فشرده تر شده بود.
ضرورت رهبری نظام اسلامی از نزدیک و لزوم حضور ایشان در مرکز کشور،باعث شد ایشان تا پایان عمر پر بار خویش در تهران اقامت گزیدند. و پس از ده سال رهبری حکیمانه انقلاب، در شامگاه 13خرداد 68 دار فانی را وداع گفتند. امام در طول تمام دوران اقامت خود در جماران، هرگز آنجا را ترک نگفت و در کنار رهبری عالمانه انقلاب، زندگی عارفانه عمیقی را تجربه کرد.
