امام خمینی(س)درروز21 اسفند 1344 درشهرنجف درنامه ای به "آیت الله سید روح الله خاتمی" توصیه بر پرهیز علما ازتشتت آرا می کند.متن این نامه به شرح زیراست:
بسمه تعالىبه عرض عالى مىرساند، مرقوم محترم که حاکى از سلامت مزاج شریف و حاوى تفقد از اینجانب بود، موجب تشکر گردید. مطالبى که مرقوم شده بود صحیح، و غفلت از آن نداشتهام؛ لکن جنابعالى که از وضع نابسامان ما اطلاع دارید، و از اختلاف اجتهاد و آرا در جمیع امور واقف مىباشید، تصدیق بفرمایید که این امر با آنکه در رأس اصلاحات است در رأس مشکلات نیز هست.
اینجانب در رجوع از حبس سابق در نظر گرفتم که کارى که مقدمه این نحو امور و طلیعه تفاهم بین حضرات است انجام دهم. بعضى اصلًا در شور هم حاضر نشدند، و بعضى که درظاهر صلاح دیدند عمل نکردند. وکسانى هم به اعذار مختلفه متشبث شدند. وبالجمله وقتى ما بیدارخواهیم شد که بکلى کار از کار گذشته و راه چاره مسدود گردیده. دیگران براى مقاصد باطل خود مشغول کار و مجتَمع هستند، و ما در حق خود متفرق و مختلف الآراء و الاهواء هستیم. «وَ الىَ اللَّهِ الْمُشْتَکى وَ عَلَیْهِ التَّوکُلُ فِى الشِّدَةِ وَ الرّخاء».
راجع به حوزه محترمه اردکان، که مرقوم شده بود، و خرجهایى که از سهم مبارک شده و احتیاج باز هست، جنابعالى مجاز هستید و کارهاى سابق نیز مُمضى است. از خداوند تعالى تأیید و توفیق جنابعالى را خواستار، و امید است در مظانّ استجابت دعوات، مورد نظر محترم باشم. والسلام علیکم و رحمة اللَّه.
- 19 ذى القعده 85- روح اللَّه الموسوى الخمینى.
منبع: صحیفه امام، ج2، ص: 69