شرایط جسمی امام مساعد نبود، بنی صدر به ریاست جمهوری رسیده بود و اوضاع و احوال کشور ایجاب می کرد تا امام شخصی را به فرماندهی کل قوا منصوب کنند. حکم این منصب در تاریخ سی ام بهمن 58 از طرف امام صادر شد.
به گزارش خبرنگار جماران، فرماندهی کل قوا که پیش از پیروزی انقلاب اسلامی با عنوان بزرگ ارتشتاران معروف بود و فرماندهی سه نیروی مسلح کشور را عهده دار، در دوره های مختلف بر عهده شاه یا نخست وزیر بود؛ این مقام در دوران مظفرالدین شاه تا زمان رضا شاه نیز به همین شکل اداره می شد که یا شاه مسئول آن بود یا نایب السلطنه، در کشورهای غربی مانند روسیه و امریکا این موقعیت بر عهده رئیس جمهور است اما طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، مقام فرماندهی کل قوا از آنِ رهبر است که همزمان با پیروزی انقلاب اسلامی امام خمینی عهده دار آن شدند. اما وضعیت جسمی ایشان دچار مشکل شد و در بیمارستان قلب بستری شدند. شرایط طوری ایجاب می کرد که امام فردی را به عنوان فرمانده کل قوا معرفی کنند. چند روزی از تنفیذ حکم ریاست جمهوری سید ابوالحسن بنی صدر می گذشت که امام وی را به این سمت منصوب کردند. مرحوم آیت الله اکبر هاشمی رفسنجانی این ماجرا این را اینگونه نقل کرده است:
امام وقتی که در بیمارستان بودند و قلبشان مریض بود، اولین روزی که توانستند رابطه ای برقرار کنند، نگران آینده بودند، رئیس جمهور تعیین شده بود، امام ما را دعوت کردند و گفتند: بیایید شورای نگهبان و شورای عالی قضایی را مشخص کنیم. اینهایی که باید امام تعیین می کردند و فرمانده کل قوا هم خود امام بودند ولی با وضعیت نامساعد جسمی امام، ایشان نمی توانستند فرماندهی کنند لذا خود حضرت امام در آن جلسه فرمودند: «باید برای فرماندهی کل قوا یک شورایی درست کنیم.»
امام، من و آقای خامنه ای را مأمور کردند و گفتند: شما دو نفر و یک نفر دیگر را هم رئیس جمهور و 2 نفر دیگر را هم انتخاب بکنید. ما با توجه به شناختی که از رویّه آقای بنی صدر داشتیم، به این نتیجه رسیدیم که نمی توانیم در شورایی که ایشان هستند ما هم، همکاری کنیم و در آن زمان ارتش احتیاج به قاطعیت داشت. و با توجه به فتنه ضدّ انقلاب در کردستان هم نیاز به قاطعیت بود. ما به امام گفتیم که برای اینکه کار زود انجام بشود، خودتان ایشان را به عنوان نماینده معرفی کنید تا ایشان کار بکنند و ایشان این را از ما پذیرفتند.
البته ما یک دلیل دیگری برای کارمان داشتیم و آن، این بود که در آن موقع با وضعیتی که هنوز دولت و مجلس نیرومندی نداشتیم، به علاوه کارها هم زیاد بود، نیاز بود یک کسی قاطع تصمیم بگیرد و فکر کردیم که بهتر است دست آقای بنی صدر را باز بگذاریم که بتواند در موقع لزوم تصمیم لازم را بگیرد و کارهای کشور را انجام دهد. ایشان رئیس شورای انقلاب و فرمانده کل قوا شد؛ رئیس جمهور هم که بود و دستش کاملاً باز بود که ایشان فکر نکند ما چوب لای چرخ ایشان می گذاریم. ولی متأسفانه ایشان آن موقع هم می گفت: اینها انحصار طلبند. یعنی همان موقعی که ما همه اینها را به ایشان واگذار کردیم ما را انحصارطلب معرفی کردند.[1] (کتاب امام خمینی (س) به روایت آیت الله هاشمی رفسنجانی؛ ص 121-122)
بر همین اساس امام خمینی در سی ام بهمن ماه سال 58 در حکمی سید ابوالحسن بنی صدر (رئیس جمهور وقت) را به فرماندهی کل قوا منصوب کردند. متن حکم امام به شرح زیر است:
"بسماللّه الرحمن الرحیم
جناب آقای بنی صدر، رئیس جمهور ایران
در این مرحلۀ حساس که احتیاج به تمرکز قوا بیشتر از هر مرحله است جنابعالی به نمایندگی اینجانب به سمت فرماندهی کل نیروهای مسلح به ترتیبی که قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران تعیین کرده است منصوب می شوید. امید است با شایستگی که جنابعالی دارید امور کشوری و لشکری و قوای مسلح به نحو شایسته و با موازین اسلامی جریان پیدا کند. از خداوند تعالی توفیق همگان را در خدمت به ملت اسلامی خواستارم.
روح اللّه الموسوی الخمینی" (صحیفه امام؛ ج 12، ص 157)
1. هاشمی رفسنجانی، اکبر؛ سخنرانی های سال 1360؛ ص 65.