طبق قانون، پرونده بعد از صدور حکم قطعى به اجراى احکام دادسراى مربوطه ارسال مى‌شود. بعد از تعیین شعبه اجراى احکام قاضى شعبه اخطاریه‌اى به محکوم‌علیه جهت معرفى خود برای اجراى حکم صادر مى‌کند.
به گزارش جماران؛ روزنامه شرق نوشت: بالاخره بعد از مدت‌ها که از زمان حکم صادره برای سعید مرتضوی می‌گذرد، حکم دو سال حبس او در مورد پرونده کهریزک به اجرای احکام ارسال شد. این خبر را پنجشنبه، میرمجید طاهری، وکیل مدافع اولیای دم محسن روح‌الامینی یکی از کشته‌شدگان در کهریزک خبر داد و به ایسنا گفت: «حکم صادره زمان زیادی است که ابلاغ شده و پرونده مرتضوی در بخش کهریزک به شعبه ٢ اجرای احکام ناحیه ٢٨ دادسرای کارکنان دولت رفته است تا اجرا شود». پنجم آذر بود که طاهری، از محکومیت سعید مرتضوی به دو سال حبس تعزیری در پرونده کهریزک در دادگاه تجدیدنظر خبر داد و گفت: «رأی پرونده به صورت الکترونیکی به من ابلاغ شد و شعبه ۲۲ دادگاه تجدیدنظر، سعید مرتضوی را در پرونده کهریزک، به اتهام معاونت در قتل به دو سال حبس تعزیری محکوم کرده است. دادگاه تجدیدنظر به دلیل اظهار ندامت مرتضوی، با یک درجه تخفیف، وی را به دو سال حبس محکوم کرده و رأی صادره قطعی است». از اینجای کار به بعد باید منتظر اجرای حکم سعید مرتضوی بود.
طبق قانون، پرونده بعد از صدور حکم قطعى به اجراى احکام دادسراى مربوطه ارسال مى‌شود. بعد از تعیین شعبه اجراى احکام قاضى شعبه اخطاریه‌اى به محکوم‌علیه جهت معرفى خود برای اجراى حکم صادر مى‌کند. محکوم‌علیه نیز مکلف است ظرف مهلت تعیین‌شده که بر اساس رویه دادسراها ١٠ روز است، خود را براى اجراى حبس معرفى کند. اما در صورت عدم حضور در مهلت قانونى مطابق قانون آیین دادرسى کیفرى وثیقه تعیین‌شده ضبط و حکم جلب محکوم‌علیه صادر خواهد شد. اینکه چه زمانی اخطاریه برای سعید مرتضوی ارسال شود، هنوز مشخص نیست. بر اساس آنچه از وکلای دادگستری شنیده شده است، طبق رویه قضائى، دادگسترى معمولا از ١٥ اسفند تا ١٥ فروردین حکم جلبی صادر نمى‌کند. «محسن روح‌الامینی»، «محمد کامرانی» و «امیر جوادی‌فر» سه بازداشتی‌ای بودند که ١٨ تیر ٨٨ بازداشت و به بازداشتگاه غیرقانونی کهریزک اعزام شدند و بر اثر شدت جراحات و عفونت فوت کردند. مسئولان بازداشتگاه علت فوت آنها را «مننژیت» اعلام کردند. سردار احمدی‌مقدم، فرمانده وقت نیروی انتظامی بعدا در گفت‌وگویی فاش کرد که انتقال بازداشتی‌های حوادث ٨٨ به کهریزک با اصرار سعید مرتضوی بود. از هشتم اسفند ٩١ هم دادگاه سعید مرتضوی، دادستان وقت تهران، علی‌اکبر حیدری‌فرد، دادیار و حسن حداد دهنوی، معاون امنیت وقت دادستان تهران که هر سه از قضاوت معلق شده بودند، آغاز شد و اول خرداد ٩٢ بعد از ١١ جلسه پایان یافت. اتهامات سعید مرتضوی در این دادگاه، معاونت در قتل، مشارکت در بازداشت غیرقانونی و معاونت در تنظیم گزارش خلاف‌واقع بود. او به دلیل بازداشت غیرقانونی افراد و انتقال آنها به کهریزک به انفصال دائم از خدمات قضائی و پنج سال انفصال از خدمات دولتی محکوم شد. مرتضوی همچنین به علت تنظیم گزارش خلاف‌واقع به پرداخت مبلغ ۲۰۰ هزار تومان جریمه محکوم شد اما شعبه ۳۸ دیوان عالی کشور این اتهام را وارد ندانست و در نهایت مرتضوی از این اتهام تبرئه شد. او از اتهام معاونت در قتل محمد کامرانی و امیر جوادی‌فر هم تبرئه شد، اما بابت همین مورد اتهامی در شکایت خانواده محسن روح‌الامینی محکوم شده است. شکایت خانواده روح‌الامینی در این مورد اتهامی، ضمیمه پرونده نشده بود و جداگانه رسیدگی شد تا اینکه بر اساس حکم دادگاه تجدیدنظر منجر به صدور حکم دو سال حبس شد. این همان حکمی است که به مرحله اجرا رسیده است. نکته‌ای که وجود دارد اینکه مشخص نیست مرتضوی هم‌اکنون ساکن تهران است یا در تفت یزد که زادگاهش است، زندگی می‌کند. با این حال باید دید آیا او عید را در زندان خواهد گذراند یا طبق عادت این روزهایش به تفت خواهد رفت تا به حسینیه‌ای که در آنجا بنا کرده، سر بزند.
