ایشان به‌شدت مقاومت کرده و معتقد بودند که من باید مستقل باشم و در چارچوب قانون عمل کنم و سرانجام چهار نفر از اعضای هیئت امنا از جناب آقای دکتر ولایتی درخواست جلسه فوق‌العاده کرده و بعد از بحث و بررسی‌های زیادی که به عمل می‌آید، اکثریت به این نظر می‌رسند که هماهنگی مطلوب و لازم بین مدیریت و ناظران وجود ندارد و این وضع قابل ادامه نیست.
به گزارش جماران، حجت الاسلام محمدرضا عباسی فرد، عضو هیئت علمی دانشگاه آزاد و رئیس هیئت عالی نظارت منطقه شش این دانشگاه در روزنامه شرق نوشت:
این دانشگاه که از بدو تأسیس فراز و فرودهای فراوانی را طی کرده، با اشراف هیئت مؤسس و به وسیله هیئت امنا اداره می‌شود و ریاست عالیه آن با معرفی هیئت امنا و با رأی شورای‌عالی انقلاب فرهنگی این مجموعه را مدیریت می‌کندو به رتق‌وفتق امور آن می‌پردازد.
جناب آقای دکتر میرزاده که هم یک چهره برجسته و ممتاز علمی است و هم کوله‌بار سنگینی از تجربه و مدیریت را دارد، با نظر و تشخیص مرحوم آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی و اکثریت اعضای هیئت امنا ابتدا به سرپرستی و سپس ریاست دانشگاه آزاد اسلامی انتخاب شدند و در نهایت هماهنگی با هیئت مؤسس و هیئت امنا، آن دانشگاه را در مدت تصدی اداره کردند و خدمات شایانی خصوصا در جهت ارتقای کیفیت و تقویت بنیه علمی آن انجام داده‌اند.بعد از ارتحال مرحوم آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی جناب آقای دکتر ولایتی که ایشان هم از ذخایر پرافتخار و از چهره‌های علمی کشور هستند از ناحیه مقام معظم رهبری منصوب شدند.
با انتخاب ایشان در هیئت‌های مؤسس و امنا و ریاست بر این دو هیئت به طور طبیعی فضای فکری متفاوت و نیز شیوه‌های مدیریت جدیدی حاکم می‌شود که از همان روزهای اول ناسازگار می‌نمودند. در این مدت رایزنی‌های زیادی از ناحیه بعضی بزرگان به عمل می‌آمد که جناب آقای میرزاده روش مدیریتی و اجرائی خود را با فضای حاکم همراه و سازگار کند، ولی ایشان به‌شدت مقاومت کرده و معتقد بودند که من باید مستقل باشم و در چارچوب قانون عمل کنم و سرانجام چهار نفر از اعضای هیئت امنا از جناب آقای دکتر ولایتی درخواست جلسه فوق‌العاده کرده و بعد از بحث و بررسی‌های زیادی که به عمل می‌آید، اکثریت به این نظر می‌رسند که هماهنگی مطلوب و لازم بین مدیریت و ناظران وجود ندارد و این وضع قابل ادامه نیست. علیهذا به ایشان پیشنهاد می‌شود در مدت یک هفته استعفا دهد والا برکنار می‌شود و او استعفا را نمی‌پذیرد و برکنار می‌شود و جناب آقای دکتر علی‌محمد نوریان که ایشان هم از چهره‌های برجسته علمی و تجربی و دارای سوابق درخشان خدمت است، به سرپرستی انتخاب می‌شود.
