اینکه در دوره‌های اول و دوم، ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام برعهده رئیس‌جمهور بود، به نظر می‌رسد یک رویه است. ابقاء آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در ریاست مجمع نیز به نوعی استمرار همان رویه محسوب می‌شود. برهمین اساس، این احتمال وجود دارد که رئیس‌جمهور کنونی به ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام منصوب شود هر چند انتصاب رئیس مجمع از اختیارات رهبری است.
به گزارش جماران ، روزنامه «جمهوری اسلامی» نوشته است: با رحلت آیت‌الله هاشمی رفسنجانی، که دومین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام بود و از سال ۱۳۶۸ تا ۱۹ دیماه ۱۳۹۵ به مدت ۲۷ سال این مسئولیت را برعهده داشت، این سوال بسیار پرسیده می‌شود که چه کسی جای او را در این نهاد خواهد گرفت؟
مجمع تشخیص مصلحت نظام، به دنبال نامه‌ای که مسئولان ارشد نظام جمهوری اسلامی در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ به محضر امام خمینی نوشته و مشکلات قانونگذاری را مطرح کردند، به فرمان امام تشکیل و در بازنگری قانون اساسی به عنوان اصل ۱۱۲ جزئی از قانون اساسی جمهوری اسلامی شد. اصل ۱۱۲ مقرر می‌دارد:
«مجمع تشخیص مصلحت نظام برای تشخیص مصلحت در مواردی که مصوبه مجلس شورای اسلامی را شورای نگهبان، خلاف موازین شرع یا قانون اساسی بداند و مجلس با در نظر گرفتن مصلحت نظام، نظر شورای نگهبان را تامین نکند و مشاوره در اموری که رهبری به آنان ارجاع می‌دهد و سایر وظایفی که در این قانون ذکر شده است، به دستور رهبری تشکیل می‌شود. اعضاء ثابت و متغیر این مجمع را مقام رهبری تعیین می‌نماید. مقررات مربوط به مجمع توسط خود اعضا تهیه و تصویب و تایید و به تایید مقام رهبری خواهد رسید.»
همانگونه که اشاره کردیم، فلسفه تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام، حل مشکلات پدید آمده بر سر راه قانونگذاری در اثر اختلاف‌نظرها بود. این مشکل را مسئولان طراز اول نظام در سال ۱۳۶۶ طی نامه‌ای به امام خمینی منعکس کردند و ایشان در جوابی که به این نامه دادند راه‌حل را تشکیل چنین مجمعی دانستند. متن نامه مسئولان ارشد نظام چنین است:
«بسمه تعالی
محضر مقدس رهبر عظیم الشأن، حضرت آیت‌الله العظمی امام خمینی ـ دامت برکات وجوده الشریف
در سایه اظهارات اخیر آن وجود مبارک، از لحاظ نظری مشکلاتی که در راه قانونگذاری و اداره جامعه اسلامی به چشم می‌خورْد برطرف شده؛ و همان گونه که انتظار می‌رفت این راهنماییها مورد اتفاق نظر صاحبنظران قرار گرفت. مسئله‌ای که باقی مانده شیوه اجرایی اِعمال حق حاکم اسلامی در موارد احکام حکومتی است. در حال حاضر لوایح قانونی ابتدا در وزارتخانه‌های مربوط، و سپس در کمیسیون مربوط در دولت، و سپس در جلسه هیات دولت مورد شور قرار می‌گیرد. و پس از تصویب در مجلس، معمولاً دو شور در کمیسیونهای تخصصی دارد، که با حضور کارشناسان دولت و بررسی نظرات متخصصان، که معمولاً پس از اعلام و انتشار به کمیسیونها می‌رسد، انجام می‌شود. و معمولاً یک لایحه در چند کمیسیون، به تناسب مطالب، مورد بررسی قرار می‌گیرد. و دو شور هم در جلسه علنی دارد، که همه نمایندگان و وزرا یا معاونان وزارتخانه‌های مربوط در آن شرکت می‌کنند، و به تناسب تخصصها اظهار نظر می‌کنند و پیشنهاد اصلاحی می‌دهند. و اگر کار به صورت طرح شروع شود، گرچه ابتدا کارشناسی دولت را همراه ندارد، ولی در کمیسیونها و جلسه عمومی، همانند لوایح، کارشناسان مربوط نظرات خود را مطرح می‌کنند. پس از تصویب نهایی، شورای نگهبان هم نظرات خود را در قالب احکام شرعی یا قانون اساسی اعلام می‌دارد که در مواردی مجلس نظر آنها را تامین می‌نماید. و در مواردی از نظر مجلس قابل تامین نیست، که در این صورت مجلس و شورای نگهبان نمی‌توانند توافق کنند. و همین جاست که نیاز به دخالت ولایت فقیه و تشخیص موضوع حکم حکومتی پیش می آید. گرچه موارد فراوانی از این نمونه‌ها در حقیقت اختلاف ناشی از نظرات کارشناسان است که موضوع احکام اسلام یا کلیات قوانین اساسی را خلق می‌کند. اطلاع یافته‌ایم که جنابعالی در صدد تعیین مرجعی هستید که در صورت حل نشدن اختلاف مجلس و شورای نگهبان، از نظر شرع مقدس یا قانون اساسی یا تشخیص مصلحت نظام و جامعه حکم حکومتی را بیان نماید. در صورتی که در این خصوص به تصمیم رسیده باشید، با توجه به اینکه هم اکنون موارد متعددی از مسائل مهم جامعه بلاتکلیف مانده، سرعت عمل مطلوب است.
عبدالکریم موسوی ـ سیدعلی خامنه‌ای ـ احمد خمینی ـ میرحسین موسوی ـ اکبر هاشمی رفسنجانی»
همچنین متن پاسخ امام خمینی به شرح زیر است:
«بسم الله الرحمن الرحیم
گرچه به نظر اینجانب پس از طی این مراحل زیر نظر کارشناسان، که در تشخیص این امور مرجع هستند، احتیاج به این مرحله نیست، لکن برای غایت احتیاط، در صورتی که بین مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان شرعاً و قانوناً توافق حاصل نشد، مجمعی مرکب از فقهای محترم شورای نگهبان و حضرات حجج اسلام: خامنه ای، هاشمی،اردبیلی، توسلی، موسوی خوئینی‌ها، و جناب آقای میرحسین موسوی، و وزیر مربوط، برای تشخیص مصلحت نظام اسلامی تشکیل گردد؛ و در صورت لزوم از کارشناسان دیگری هم دعوت به عمل آید و پس از مشورت‌های لازم، رای اکثریتِ اعضای حاضرِ این مجمع مورد عمل قرار گیرد. احمد (حاج سیداحمد خمینی) در این مجمع شرکت می‌نماید تا گزارش جلسات به اینجانب سریعتر برسد.
حضرات آقایان توجه داشته باشند که مصلحت نظام از امور مهمه‌ای است که گاهی غفلت از آن موجب شکست اسلام عزیز می‌گردد. امروز جهان اسلام نظام جمهوری اسلامی ایران را تابلوی تمام نمای حل معضلات خویش می‌دانند. مصلحت نظام و مردم از امور مهمه‌ای است که مقاومت در مقابل آن ممکن است اسلام پابرهنگان زمین را در زمانهای دور و نزدیک زیر سوال برد، و اسلام امریکایی مستکبرین و متکبرین را با پشتوانه میلیاردها دلار توسط ایادی داخل و خارج آنان پیروز گرداند. از خدای متعال می خواهم تا در این مرحله حساس آقایان را کمک فرماید.
به تاریخ ۱۷ بهمن ماه ۱۳۶۶
روح‌الله الموسوی الخمینی»
با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام، آیت‌الله خامنه‌ای که در آن زمان رئیس‌جمهور بودند، عهده‌دار ریاست آن شدند. این دوره به مدت کمتر از دو سال طول کشید و چون امام خمینی در خرداد ۱۳۶۸ رحلت نمودند و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری انتخاب شدند، آیت‌الله هاشمی رفسنجانی که در همان سال به ریاست جمهوری انتخاب شده بود، ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام را برعهده گرفت. بدین ترتیب، در دوره‌های اول و دوم ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام با رئیس‌جمهور بود.
بعد از آنکه دوران ریاست جمهوری آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در سال ۱۳۷۶ پایان یافت، ایشان با حکم رهبری در ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام ابقاء شد و تا پایان عمر یعنی ۱۹ دیماه ۱۳۹۵ عهده‌دار این مسئولیت بود.
اینکه در دوره‌های اول و دوم، ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام برعهده رئیس‌جمهور بود، به نظر می‌رسد یک رویه است. ابقاء آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در ریاست مجمع نیز به نوعی استمرار همان رویه محسوب می‌شود. برهمین اساس، این احتمال وجود دارد که رئیس‌جمهور کنونی به ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام منصوب شود هر چند انتصاب رئیس مجمع از اختیارات رهبری است و باید منتظر ماند تا ایشان در این زمینه تصمیم بگیرند.
