امامی که از نیروهای وزارت اطلاعات بود در دوران وزارت علی فلاحیان به عنوان معاون امنیتی وزارت اطلاعات انتخاب شد اما پس از روی کار آمدن دولت اصلاحات و وزارت قربانعلی دری‌نجف‌آبادی به سمت مشاور تنزل یافت و با آشکار شدن ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای انگشت اتهام ریاست نیروهای خودسر در انجام این قتل‌ها به سمت وی نشانه رفت.
به گزارش جماران؛ خبرگزاری ایسنا در گزارشی که به معرفی برخی جاسوسهای دستگیر شده طی سالهای بعداز انقلاب پرداخته، به موضوع سعید امامی و بگومگوی روح الله حسینیان و نیازی(رئیس اسبق سازمان قضایی نیروهای مسلح) اشاره کرده است.
در این بخش از گزارش آمده است:
محمد نیازی در سالهای آخر دهه ۷۰ رئیس سازمان قضائی نیروهای مسلح بود و رسیدگی به پرونده قتل‌های زنجیره‌ای به او سپرده شد. نیازی از کسانی است که بر جاسوس بودن سعید امامی اصرار دارد، اما از سوی دیگر روح‌الله حسینیان قائل به جاسوس‌خواندن سعید امامی نبود.
حسینیان مجادله خود با نیازی بر سر همین موضوع را در گفتگو با هفته‌نامه "جبهه" در شماره ۲۷ شهریور ۱۳۷۸ این‌گونه روایت می‌کند: گفتم که آقای نیازی شما چه دلیلی برای جاسوسی دارید؟ ایشان فرمودند که آقای سعید اسلامی در سال ۱۳۵۶ و ۱۳۵۷ سال آخر دبیرستان و اول دانشگاه در آمریکا درس خواندند و در منزل دایی ایشان که وابسته نظامی ایران در آمریکا بوده.
سؤال کردم که غیر از این چه دلیل دیگری دارید؟ باز فرمودند که تحلیل سیاسی قطعی ما این است که جاسوس بوده است.
گفتم که دلیل قضائی شما چیست؟ بعد شروع کردم به اشکال‌کردن… گفت که به هر حال این تحلیل ماست. گفتم که این حرف‌‌ها را نزنید. آبروی کسی که خدمت به جمهوری اسلامی را کرده می‌‌برید و بعداً می‌‌گویید تحلیل ما این است. بعداً جواب خدا را چه می‌‌دهید؟ …
سؤال کردم که آقای نیازی به هر حال من هم قاضی بوده‌ام و در این کشور ۱۸ سال قضاوت کرده‌ام. گفتم که آیا سرپلی گرفتید؟ گفتند نه. گفتم که آیا شناسایی کردید که هنوز دستگیر نکردید؟ گفتند نه. گفتم که آیا ابزار و ادواتی گرفتید؟ گفتند نه. گفتم آخر پس چطوری می‌‌آیید چنین ادعایی می‌‌کنید؟ من خیال کردم که آقای نیازی واقعاً همه اطلاعات را نمی‌‌خواهد به من بگوید. خدمت آقای هاشمی‌رفسنجانی بعد از این ملاقات رسیدم و همین تحلیل خودم را ارائه دادم.گفتم که من خیال کردم که شاید آقای نیازی نخواسته همه ادلّه جاسوسی را به من بگوید، گفتند نه اتفاقاً خدمت مقام معظم رهبری هم که بودیم، وقتی سران سه قوه تشکیل جلسه دادند، آقای نیازی ادله جاسوسی‌‌اش را همین‌‌ها مطرح کردند و من ایراد گرفتم و گفتم که آقای نیازی این‌ها دلیل بر جاسوسی نیست و آقای نیازی هم تا پایان نتوانستند پاسخ بدهند و آخر هم مقام معظم رهبری فرمودند که آقای نیازی بالاخره شبهه آقای هاشمی جواب داده نشد. این عین عبارتی بود که آقای هاشمی طرح کردند.»
