منطقه‌ای که امروز تحت عنوان پارک ملی و پناهگاه حیات وحش کلاه قاضی شناخته می‌شود، با داشتن گله‌های عظیم پازن و آهو در میان کوه‌ها و صخره‌های ریز و درشت، از دیرباز مورد توجه حاکمان و پادشاهان و از شکارگاه‌های مخصوص پادشاهان صفوی و قجری و به خصوص ظل‌السلطان، برادر ناصرالدین شاه بوده است.
در سال ۱۳۴۶ بر اساس مصوبه شورای عالی شکاربانی و نظارت بر صید، این منطقه به همراه ۱۶ منطقه دیگر، برای حفظ و حمایت و تکثیر جانواران وحشی قرق اعلام شد؛ در سال ۱۳۴۹ با توجه به وسعت زیاد منطقه برای امکان مدیریت بهتر، به ۲ قسمت تقسیم شد. قسمت شمال غربی منطقه حفاظت شده شاهکوه نامیده شد و قسمت جنوب شرقی، شامل ارتفاعات کلاه قاضی، شیدان، ورپشت و قارنه، پارک وحش کلاه قاضی نام گرفت.
در سال ۱۳۶۹ با توسعه صنعت و کشاورزی و باغات در این منطقه و همین طور ملاحظات نظامی، منطقه شاهکوه آزاد اعلام شد و پارک وحش کلاه قاضی به پناهگاه حیات وحش، تنزل پیدا کرد.
در سال ۱۳۷۴ طی مصوبه شماره ۱۴۴ شورای عالی حفاظت محیط زیست، بخشی از منطقه به پارک ملی ارتقا یافت و بقیه، پناهگاه حیات وحش باقی ماند.
حسین اکبری معاون نظارت و پایش حفاظت محیط زیست استان اصفهان در باره این منطقه اظهار داشت: مهم ترین منبع تامین کننده آب شرب حیات وحش این منطقه را چشمه‌های این منطقه تشکیل می‌دهد که برخی در طول سال فعال و برخی فصلی هستند.
وی اشک، نی، تاکی، دره بید،توتی، طاقاری، صنمبر، گنجشکی، دره نی و لاتاریک را از مهمترین چشمه‌های این را منطقه نام برد و افزود: در این منطقه انواع گیاهان بوته‌ای و درختچه‌ای رویش دارند و تیپ اصلی پوشش گیاهی آن درمنه زار است.
وی گفت: تاکنون تعداد ۲۵۲ گونه گیاهی متعلق به ۱۹۲ جنس و ۴۶ خانواده در کلاه قاضی ثبت شده است.
اکبری با بیان اینکه تعداد ۱۷ گونه پستاندار، ۴۴ گونه پرنده، ۱۱ گونه خزنده و یک گونه دوزیست در این منطقه شناسایی و ثبت شده است تصریح کرد: " کل و بز " گونه شاخص جانوری منطقه کلاه قاضی است.
وی تصریح کرد: از سایر گونه‌های جانوری منطقه می‌توان به پلنگ، گرگ، کفتار، گربه وحشی، سمور سنگی، قوچ و میش، آهو، تشی، انواع خزندگان، انواع پرندگان بخصوص کبک، تیهو، کوکر شکم سفید، انواع چکچک، انواع چکاوک، عقاب صحرائی، عقاب طلائی، دلیجه و بحری اشاره کرد.
وی همچنین با بیان اینکه در سال‌های اخیر به خصوص ۲سال گذشته در این منطقه به دلیل خشکسالی نذر زیست محیطی انجام می شد گفت: این نذرها توسط خیران با اهدای علوفه برای حیات وحش این منطقه بود.
پارک ملی و پناهگاه حیات وحش کلاه قاضی با ۵۰ و ۹۱۱ هکتار مساحت در جنوب شرقی اصفهان و در مجاورت شهر جدید بهارستان قرار دارد و در مختصات جغرافیایی ۳۲ درجه و ۳۰ دقیقه تا ۳۵ درجه و ۱۵ دقیقه شمالی و ۵۱ درجه و ۴۵ دقیقه تا ۵۲ درجه و ۱۵ دقیقه شرقی واقع شده است که از لحاظ طبقه بندی جانوری جزء منطقه زیست جغرافیایی پالئارکتیک در فلات مرکزی ایران به حساب می‌آید.
سیمای کلی منطقه شامل کوهستان های مرتفع و صخره های پرشیب و دشت‌های وسیع و هموار در میان کوه هاست. مهمترین عارضه طبیعی منطقه رشته کوه کلاه قاضی است که با ۱۵ تا ۲۰ کیلومتر طول از شمال غربی تا جنوب شرقی کشیده شده و بلندترین قله آن کوه کلاه بزرگ با ۲ هزار و ۵۳۴ متر ارتفاع از سطح دریاست.
از دیگر کوه‌های منطقه می‌توان رشته کوه ته کوه در همین امتداد و رشته کوه شیدان در شمال و قارنه در شمال شرقی را نام برد.
علاوه بر زیستگاه‌های کوهستانی، دشت‌های وسیعی از جمله دشت لاگور بزرگ در دامنه‌های شمال کلاه قاضی و دشت‌های ویلادره، طاقاری، دهنه دروازه و... در دامنه های جنوبی، که اصطلاحاً دشت های برآفتاب خوانده می شوند، مهمترین زیستگاه های دشتی و بوته ای منطقه را تشکیل می دهد.
پارک ملی کلاه قاضی دارای آب وهوای خشک، سرد و شرایط اقلیمی بیابانی است و در حد فاصل مناطق کویری کوهستانی و در ردیف مناطق استپی نیمه بیابانی طبقه بندی می‌شود . حداقل دمای مطلق سالیانه در طول دوره ۲۵ ساله منفی ۱۱.۵ درجه سانتیگراد و حداکثر دمای مطلق سالیانه در همین دوره ۴۱.۵ درجه سانتیگراد ثبت شده است. همچنین میانگین بارندگی سالیانه در حدود ۱۱۸.۷ میلیمتر می‌باشد.
استان اصفهان دارای یک اثر طبیعی ملی، ۲ پارک ملی، پنج پناهگاه حیات وحش، چهار منطقه حفاظت شده، ۱۱ منطقه شکار ممنوع و یک تالاب بین‌المللی است.
تاکنون در این استان بیش از ۲ هزار گونه گیاهی مربوط به حدود ۷۰۰ جنس و در قالب ۱۳۰ خانواده شناسایی شده است که از این تعداد ۳۵۰ گونه دارویی، ۴۵ گونه انحصاری، ۵۴ گونه آسیب‌پذیر، ۱۶ گونه نادر و ۱۹ گونه در خطر انقراض محسوب می‌شود.
همچنین تاکنون ۴۸۴ گونه مهره‌دار شامل ۶۲ گونه پستاندار، ۲۹۶ گونه پرنده، ۴۰ گونه خزنده، هشت گونه دوزیست، ۴۱ گونه ماهی در استان اصفهان شناسایی شده که کل و بز وحشی، قوچ و میش اصفهان، آهوی ایرانی، یوزپلنگ ایرانی، دوپای ایرانی، گربه شنی، هوبره و زاغ بور از گونه‌های شاخص و خاص استان اصفهان محسوب می‌شود.
به استناد تعاریف مندرج در متن قوانین مربوطه، این مناطق یک زیست‌بوم طبیعی فعال است و پشتوانه حفاظت از ذخایر طبیعی کشور محسوب می‌شود و هرگونه برداشت و شکار در آنها ممنوع است.
