آیت‏اللّه‏ سید مصطفی خمینی از نظر معنوی دارای جایگاه و مقام والایی بود. او از ابتدای زندگی در کنار فراگیری علم، همواره به تهذیب نفس و اخلاق خود توجه و عنایت ویژه‏ای داشته است. اگر طلاب علوم دینی و روحانیون از این خصیصه به دور باشند و نتوانند توأم با تحصیل علوم دینی و اسلامی به تهذیب اخلاق خود بپردازند و در جهاد با نفس جدّی نباشند، احتمال موفقیتشان در اصلاح اجتماع نیز به همان حد کاهش پیدا می‏کند. بنابراین حاج آقا مصطفی با بهره‏مندی از این ویژگی مهم، آمادگی کامل برای ورود به اجتماع و به عهده گرفتن نقشهای اساسی را دارا بود.[1]

از صفات و ویژگیهای سید مصطفی می‏توان به دائم الذکر بودن وی اشاره کرد. حجت‏الاسلام علی ستاری که از نزدیک با سید مصطفی و با ابعاد معنوی او آشنا بود، در این مورد می‏گوید:

در سفرهایی که با ایشان بودم و به کربلا می‏رفتیم یا شب جمعه‏ای بود یا شب قدر، که مناسبتی داشت، پس از اینکه سوار ماشین می‏شدیم، دو سه جمله که حرف می‏زدیم،
شروع به خواندن قرآن می‏کرد. من هم قهراً مجبور بودم در کنار ایشان قرآن بخوانم.... هیچ گاه در غیر مورد ذکر، تسبیح در دست نمی‏گرداند. بسیار ذکر می‏گفت. ذکرهای گوناگونی هم داشت. همۀ آنها را به یاد ندارم؛ اما ذکر «لاحول ولا قوّة الا باللّه‏» را از او به خاطر دارم. جوری ذکر می‏گفت که حالت نمایش و ریا نداشته باشد. در هنگام ذکر با دعا هم اگر کسی صحبتی می‏کرد، بدون اینکه به او بفهماند در چه حالی است، جوابش را می‏داد؛ معمولاً هم با تبسم پاسخ می‏داد. گاهی که بین‏الطلوعین صبحهای پنج شنبه یا جمعه وقتی که خلوت باشد با هم به کوفه می‏رفتیم و یا وقتی منزل ما تشریف می‏آورد، می‏دیدم که همیشه در حال ذکر است. جز در هنگام بحث، دست از ذکر بر نمی‏داشت.[2]

سید مصطفی برنامۀ منظمی برای ساعات روز و شب داشت. برنامۀ عبادت؛ مباحثه، مطالعه، ورزش و تفریح ایشان اکثراً برقرار بود. شب را به عبادت و مطالعه مشغول می‏شد و غالباً این برنامه تا اذان صبح ادامه داشت. پس از اذان، بین دو تا سه ساعت می‏خوابیدند. پس از آن به اعمال روزانه مشغول می‏شد. دو ساعت هم، بعد از ظهر می‏خوابیدند و بقیۀ روز بیدار بود. از برنامه‏های روزانه وی که ترک نمی‏شد قرائت قرآن بود. حتی در هوای گرم نجف، خود را مقید کرده بود که روزی یک یا نیم جزءاز قرآن را تلاوت کند. در شیوۀ قرائت قرآن نیز به سبک خاصی عمل می‏کرد و بسیار ساده و همراه با تکان دادن سر و عامیانه بود و معتقد بود که این سبک از خواندن قرآن و برخورد عامیانه با آن، نورانیتی در دل قاری قرآن ایجاد می‏کند.[3]

انس دائمی با قرآن در تهذیب نفس و تقویت بُعد عبادی و عرفانی وی تأثیر به سزایی داشت. این انس به جایی رسیده بود که در سفرها نیز خواندن قرآن را ترک نمی‏کرد.[4]

در نماز نیز پابرجا بود. علاوه بر نمازهای واجب، نمازهای مستحبی، نوافل و سجده‏های طولانی نیز به جا می‏آورد، به طوری که پیشانی او پینه بسته بود. بنا به توصیۀ
امام خمینی(س) که معتقد بودند، بایستی مستحبات در خفا و به دور از چشم مردم باشد تا ریا در آن راه نیابد، حاج آقا مصطفی نیز به همین دلیل مستحباتش را در اتاق دربسته انجام می‏داد. نماز شب را نیز همچون نمازهای واجب، به طور مرتب به‏جا می‏آورد و هیچ گاه آن را ترک نمی‏کرد. در ادوار مختلف زندگی‏اش در نمازهای جماعت امام خمینی(س) شرکت می‏کرد و به ایشان اقتدا می‏نمود.[5]

سید مصطفی با ادعیۀ مختلف نیز مألوف و مأنوس بود. دعای کمیل؛ دعای توسل، دعای ماه رجب، زیارت عاشورا، زیارت جامعه و سایر ادعیۀ فردی و جمعی را به جا می‏آورد. وی از شیفتگان خاندان عصمت و طهارت ـ علیهم‏السلام ـ بود و نسبت به ائمۀ اطهار عشق می‏ورزید و هنگام حضور در مشاهد متبرکۀ آنان، حال خاصی داشت؛ بنابراین زیارت نیز یکی دیگر از برنامه‏های او بود که همیشه تکرار می‏شد. ایشان علاقۀ خاصی نسبت به امام حسین(ع) داشتند و با شیفتگی و اخلاص تمام به زیارت مرقد مطهر حضرت اباعبداللّه‏(ع) می‏رفتند و بدین سبب همه روزه نیز زیارت عاشورا را می‏خواندند.[6]سید مصطفی برای زیارت مرقد مطهر امام حسین(ع) فاصلۀ بین نجف تا کربلا را پیاده طی می‏کرد؛ البته گاهی نیز با ماشین این کار را انجام می‏داد. در مورد یکی از این سفرهای زیارتی وی، حجت‏الاسلام محمدرضا رحمت، خاطرۀ جالبی دارد.

در یکی از مسافرتها به علت گرمی هوا، روزها استراحت می‏کردیم و شبها راه می‏رفتیم. به علت وزن سنگینی که ایشان داشت پاهایش تاول زده بود؛ لذا من و آقای بنکدار، داماد مرحوم مدنی، چوبدستی گرفته بودیم پشت کمر حاج آقا مصطفی تا با تکیه بر آن راه برود، بعداً مطرح شد که اگر بدین شکل ادامه مسیر بدهیم موفق به زیارت اربعین نمی‏شویم، ناگهان ایشان بر سرعت خود افزود. به طوری که اصلاً نتوانستیم به ایشان برسیم.[7]

حاج آقا مصطفی به همراهان خود که عازم زیارت کربلا بودند، توصیه می‏کرد که در
این سفرها سعی کنند زیارت عاشورا بخوانند. خودش نیز چنین می‏کرد. ایشان در کربلا به مرقد حضرت ابوالفضل(ع) و سایر شهدای کربلا نیز مشرف می‏شد.

او در نجف نیز علاوه بر زیارت مرقد امیرالمؤمنین(ع)، به زیارت مسجد سهله نیز می‏رفت. در نجف رسم بود که بیشتر طلاب و فضلا، شبهای چهارشنبه به مسجد مذکور می‏رفتند. در این مسجد، افراد بسیاری خدمت امام زمان(عج) رسیده‏اند. حاج آقا مصطفی نیز هر هفته به آنجا می‏رفت و در آن بیتوته می‏کرد.[8]

وی سفرهای زیارتی به سامرا، کوفه، کاظمین و سایر شهرهای عراق نیز انجام می‏داد. چندین بار نیز برای انجام حج و زیارت عازم مکه و مدینه گردید و در مجموع این سفرهای زیارتی و انجام زیارت به تکامل روحیه و بُعد معنوی و عرفانی خود پرداخت.

از سایر فعالیتهای مذهبی سید مصطفی در نجف و قبل از آن در ایران، شرکت در مراسم اعتکاف و عزاداریهایی بود که در مساجد و بیوت مراجع و روحانیون برگزار می‏شد. او در مراسم عزاداری و روضه‏خوانیها به شدت منقلب می‏شد و بر مظلومیت اهل‏بیت عصمت و طهارت اشک می‏ریخت.