در چنین شرایطی در روز بیستم جمادی‏الثانی 1320 هجری قمری مطابق با اول مهر 1281 هجری شمسی (24 سپتامبر 1902 میلادی) در شهرستان خمین از توابع استان مرکزی ایران در خانواده‏ای اهل علم و هجرت و جهاد و در خاندانی از سلالۀ زهرای اطهر ـ سلام‏اللّه‏ علیها ـ روح‏اللّه‏ الموسوی الخمینی پای بر خاکدان طبیعت نهاد.

او وارث سجایای آبا و اجدادی بود که نسل در نسل در کار هدایت مردم و کسب معارف الهی کوشیده‏اند. پدر بزرگوار امام خمینی مرحوم آیت‏اللّه‏ سید مصطفی موسوی از معاصرین مرحوم آیت‏اللّه‏ العظمی میرزای شیرازی(رض) پس از آنکه سالیانی چند در نجف اشرف علوم و معارف اسلامی را فرا گرفته و به درجه اجتهاد نایل آمده بود به ایران بازگشت و در خمین ملجأ مردم و هادی آنان در امور دینی بود. در حالی که بیش از پنج ماه از ولادت «روح‏اللّه‏» نمی‏گذشت، طاغوتیان و خوانینِ تحت حمایت عمّال حکومت وقت، ندای حق‏طلبی پدر را که در برابر زورگوییهایشان به مقاومت برخاسته بود، با گلوله پاسخ گفتند و در مسیر خمین به اراک وی را به شهادت رساندند. بستگان شهید برای اجرای حکم الهیِ قصاص به تهران (دارالحکومۀ وقت) رهسپار شدند و بر اجرای عدالت اصرار ورزیدند تا قاتلْ قصاص گردید.

بدین ترتیب امام خمینی از اوان کودکی با رنج یتیمی آشنا و با مفهوم شهادت روبه‏رو گردید. وی دوران کودکی و نوجوانی را تحت سرپرستی مادر مؤمنه‏اش (بانو هاجر) که خود از خاندان علم و تقوا و ازنوادگان مرحوم آیت‏اللّه‏ خوانساری (صاحبزبدة التصانیف) بوده است و همچنین نزد عمه مکرمه‏اش (صاحبه خانم) که بانویی شجاع و حقجو

بود، سپری کرد امّا در سن پانزده‏سالگی از نعمت وجود آن دو عزیز نیز محروم گردید.

حضرت امام از سنین کودکی و نوجوانی با بهره‏گیری از هوشی سرشار، قسمتی از معارف متداول روز و علوم مقدماتی و سطح حوزه‏های دینیه، از آن جمله ادبیات عرب، منطق و فقه و اصول را نزد معلمین و علمای منطقه (نظیر آقا میرزا محمود افتخارالعلما، مرحوم میرزا رضا نجفی خمینی، مرحوم آقا شیخ علی‏محمد بروجردی،امام خمینی ـ نفر اول سمت راست ردیف نشسته

مرحوم آقا شیخ محمد گلپایگانی و مرحوم آقا عباس اراکی و بیش از همه نزد برادر بزرگش آیت‏اللّه‏ سید مرتضی پسندیده) فراگرفت و در سال 1298 ه‌. ش‌. عازم حوزۀ علمیه اراک شد.