حاج آقا مصطفی خمینی در اول آبان ۵۶ به طرز مشکوکی به شهادت رسید، مرحوم آیت‌الله خاتم یزدی از آن روزگار و برخورد امام با این مساله و... به نقل خاطره پرداخته است.
جی پلاس: مرحوم آیت الله سید عباس خاتم یزدی در خاطرات خود به ایام شهادت حاج آقا مصطفی خمینی(۱)، نوع برخورد امام، مجلس ختم هایی که برای ایشان گرفته شد و وصیتنامه حاج آقا مصطفی اشاره کرده و اینگونه گفته است:
روز بعد از فوت مرحوم حاج آقا مصطفی به خدمت امام رفتم. امام به من دستور دادند که تاکسی برایشان آماده کنم. ایشان بعد از اینکه فهمیدند مرحوم حاج آقا مصطفی فوت کرده است، سه مرتبه «لاحول ولا قوۀ...» گفتند و بعد فرمودند: من نظر داشتم که مصطفی زنده بماند و برای مسلمین خدمت کند. تعبیر امام چنین بود که نظر داشتم چنین یا چنان بشود و هیچ اظهار ناراحتی نکردند. ما هم چون شنیده بودیم که اگر عقده‌ای برای کسی پیش بیاید بهتر است گریه کند تا خدای نکرده سکته عارض نشود؛ به آقای فرقانی که صدای خیلی خوبی داشت و مصیبت هم می خواند، گفتیم مصیبت بخواند تا امام قدری گریه کند و کمی عقده‌اش خالی شود و خدای نکرده مسأله‌ای برایش پیش نیاید. چون معمولاً امام در مصیبت خوانی خیلی گریه می کرد، به طوری که شانه هایش می لرزید. به هر حال به آقای فرقانی گفتیم مصیبت بخواند. او هم مصیبت حضرت علی اکبر سلام الله علیه را با اشعار جانسوزی خواند ولی امام هیچ خم به ابرو نیاورد. اصلاً حالت تأثر امام مشخص نبود و خودش به الطاف خفیه تعبیر می‌کرد. همان زمان مرحوم حاج احمد آقا نقل می‌کرد: کتابی از ایران آورده بودم که مربوط به منافقان بود و امام قصد داشت آن را دقیق بخواند به طوری که تمام مطالب در ذهنش باشد و هر روز چند ورق آن را می‌خواند. روزی که حاج آقا مصطفی فوت کرد، امام مقدار معین روزانه‌اش را از آن کتاب مطالعه کرد و ما هیچ وقت اظهار تأثر امام را ندیدیم.
در نجف برای حاج آقا مصطفی فواتحی گذاشتند و چون بعد از فوت آقای حکیم بود، شبیه فواتحی که برای ایشان گذاشته بودند، در تمام محلات و مدارس خیلی با عظمت برای حاج آقا مصطفی برگزار کردند. در مجلس که مربوط به یکی از طالبان علم عرب که شیخ خیلی متشخصی بود و بغدادی‌‌‌‌‌ها روی او خیلی حساب می‌‌‌‌‌کردند برگزار شد، شیخ گفت: منشأ اینکه عرب‌‌‌‌‌ها در تمام مدارس و محلات برای مرحوم حاج آقا مصطفی فواتح گرفتند، سه چیز است. اول اینکه حاج آقا مصطفی فرزند امام است. دوم قضیه وجوهات و سهم امام است که بدون تبعیض و به یک اندازه بین همه تقسیم می‌‌‌‌‌شود و عرب‌‌‌‌‌ها که همیشه در رتبه دوم یا سوم بودند و افغانی‌‌‌‌‌ها که در رتبه آخر بودند، علاقه خاصی به امام پیدا کردند و برای قدردانی از امام برای آقازاده‌‌‌‌‌اش این طور عزاداری می‌‌‌‌‌کنند و جهت دیگر، میزان وجوهات است و اینکه امام واقعاً نجف را آباد کرده است.
مرحوم حاج آقا مصطفی چند وصیتنامه نوشته بود ولی در وصیت آخری نوشته بود که من از مال دنیا چیزی ندارم، مال شخصی ندارم. به آقای اِشکوری ـ نوه مرحوم آقا سید محمدرضا اشکوری که خیلی با حاج آقا مصطفی نزدیک بود و حاج آقا مصطفی هم خیلی به او علاقه داشت ـ هر چه ادعا کرد طلب دارد بدهید. صغری خادمه هم چند ماه طلب دارد، آن را هم بدهید. کتاب‌‌‌‌‌ها هم ـ حاج آقا مصطفی کتاب‌‌‌‌‌های زیادی داشت که اکثراً هم کتاب های خوبی بودند ـ سهم امام است، مال شخصی نیست. اگر حسین درس خواند به او بدهید، اگر درس نخواند به مکتب امینی ـ که در نجف است ـ بدهید. علامه امینی کتاب های کتابخانه را که بسیار مفصل و به اسم حضرت امیر(ع) بود و کتاب‌‌‌‌‌های خطی و غیر خطی از جاهای مختلف جمع کرده بود، به آستان قدس رضوی تحویل داد تا دولت نتواند به آن‌ها دسترسی پیدا کند. به هر حال کل وصیت مرحوم حاج آقا مصطفی به حاجیه خانم همین بود.
۱. حاج آقا سید مصطفی خمینی، فرزند امام خمینی در اول آبان ماه سال ۵۶ یعنی زمانی که امام در تبعید در عراق به سر می بردند، به طرز مشکوکی به شهادت رسیدند. امام ایشان را امید آینده اسلام می دانستند و شهادتشان را از الطاف خفیه الهی.
برشی از کتاب خاطرات سال های نجف؛ ج ۱، ص ۱۱۲-۱۱۴؛ چاپ دوم (۱۳۹۲)؛ ناشر: موسسه چاپ و نشر عروج.
