یکی از مسائل مطرح شده در زمان نخست وزیری علم، تفاوت دیدگاه امام با علمای حوزه قم بود که هاشم امانی در خاطراتش به آن پرداخته است.
جی پلاس: هاشم امانی از اعضای هیات موتلفه اسلامی در خاطرات خود به تفاوت و اختلاف دیدگاه امام با حوزه در زمان علم پرداخته و چنین گفته است:
در زمان حکومت عَلَم، حوزه که چنین فرض می‌شد به یک موفقیت نسبی نایل شده تا اندازه ای تمایل نداشت که به مخالفت با حکومت بپردازد و معتقد بود به جای این مسائل به کار متعارف و معمول یعنی درس و بحث، مشغول باشد؛ ولی امام نظر دیگری داشت؛ یعنی احساس می کرد کار به این جا متوقف نمی شود. اگر عقب نشینی هم کرد عقب‌نشینی تاکتیکی بود و برنامه های تفصیلی دیگری داشت. امام معتقد بود که بایستی حوزه به طور کلی آمادگی داشته باشد. امام در بیانات خود اعلام کرد که مردم باید در
برابر کار و حرکت، برنامه ها و مخالفت های آینده آمادگی داشته باشند. از سوی دیگر حکومت هم بسیاری از کارها و برنامه ها را که در زمان فوت آیت الله بروجردی بنا به مصالح و مناسبات و ملاحظاتی انجام نداده بود، در صدد اجرای تک تک آن ها بود.
