شاید این پرسش پیش آید که چرا انتخاب فردی برای سرپرستی یا کفالت وزارتخانه ای در ایران باید به وسیله عالی ترین مقام حکومت صورت گیرد در صورتی که در یک ساختار نظام مند و سلسله مراتبی، رئیس جمهور و نخست وزیر مامور تشکیل کابینه هستند. حکم انتصاب شهید محمد علی رجایی در هشتم مهر ماه سال 58 برای کفالت وزارت خانه آموزش و پرورش از آن دست احکامی است که به وسیله امام صادر شده است.
به گزارش خبرنگار جی پلاس، چند روزی پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، بنا به پیشنهاد شورای انقلاب اسلامی، مرحوم مهندس مهدی بازرگان به حکم امام خمینی (س)، به عنوان نخست وزیر دولت موقت تعیین شد. وی از طرف امام مامور تشکیل کابینه شد. و در واقع دولت موقت سومین نهادی بود که پس از رهبری امام و شورای انقلاب اسلامی شکل گرفت. تشکیل دولت موقت در حالی انجام شد که بختیار خود را نخست وزیر ایران می دانست و امام سِمت وی را غیرقانونی اعلام کرد.
در سوم اسفند ماه سال ۵۷، امام در حکمی با لیست ارسالی از طرف مهندس بازرگان که در آن به معرفی چند وزیر پرداخته بودند، از جمله مرحوم غلامحسین شکوهی به عنوان وزیر آموزش و پرورش موافقت کردند. (صحیفه امام؛ ج ۶، ص ۲۱۳) و ایشان که به عنوان پدر علم تعلیم و تربیت ایران شناخته می شود و از مدرسان قدیمی تعلیم و تربیت نیز بود، این مسند را عهده دار شد اما به علت ناراحتی ریوی به زادگاهش بیرجند بازگشت و پس از وی شهید محمد علی رجایی به عنوان سرپرست موقت این وزارتخانه انتخاب شد. در هشتم مهر ماه سال ۵۸ مطابق با هشتم ذیقعده ۹۹ بنا به پیشنهاد مرحوم بازرگان و به حکم امام رجایی کفیل آموزش و پرورش شد. درواقع این نخست وزیر بود که به انتخاب وزرا می پرداخت و چون هنوز مجلسی شکل نگرفته بود که کار بررسی صلاحیت وزرا را عهده دار شود، تایید نهایی احکام وزرا را شخص امام انجام می داد. متن حکم امام به شرح زیر است:
"بسمه تعالی
جناب آقای محمد علی رجایی
طبق پیشنهاد نخست وزیر دولت موقت و تصویب کلی شورای انقلاب نسبت به هیأت وزیران، جنابعالی به سمت کفیل وزارت آموزش و پرورش منصوب می شوید. از خداوند متعال توفیق دولت موقت و جناب عالی را در ایفای وظایفی که عهده دار شده اید و جلب رضای ذات مقدسش را خواهانم.
روح الله الموسوی الخمینی"
ایشان حتی پس از استعفای مرحوم بازرگان و پایان کار دولت موقت به حکم شورای انقلاب، وزیر آموزش و پرورش شد تا اسفند ماه سال ۵۸ که به عنوان نماینده مردم در مجلس شورای اسلامی انتخاب شد، به کار خود در این وزارتخانه پایان داد.
از مهم ترین اقدامات شهید رجایی می‌توان به یکنواخت کردن تمام مدارس و رفع تبعیض از آنها، تغییر نظام آموزشی، تغییر محتوای کتاب های درسی، تغیر روابط دانش‌آموز و معلم، تعمیم امکانات و تجهیزات آموزشی برای تمام اقشار جامعه، توجه به عشق و علاقه به شغل معلمی به جای استفاده از دانشجویان بورسیه در انتخابات معلمان اشاره کرد.
