امام خمینی در بیست و چهارم دی ماه سال ۶۵، در حکمی به سران قوا نحوه برخورد با سید مهدی هاشمی را مشخص کردند.
به گزارش خبرنگار جی پلاس، امام خمینی (س) در بیست و چهارم دی ماه سال ۶۵ مطابق با سیزدهم جمادی الاول سال ۱۴۰۷، در حکمی خطاب به سران قوا، نحوه برخورد با سید مهدی هاشمی را مشخص کردند. متن حکم امام به شرح زیر است:
[بسمه تعالی. رهبر انقلاب و بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران امام خمینی
سلام علیکم
با بررسی های انجام شده دربارۀ اتهامات آقای سید مهدی هاشمی، وزارت اطلاعات به این نتیجه رسیده که لازم است نامبرده مدتی زیر نظر این وزارتخانه به یکی از نقاط کشور تبعید گردد. موافقت و اجازۀ حضرتعالی برای اقدام ضروری است. 23 / 10 / 1365 ـ محمدی ری شهری]
بسمه تعالی
رؤسای محترم سه قوه در این امر رسیدگی نمایند و آنچه تشخیص داده شد مجازید، عمل نمایید.
24 دی 65
روح الله الموسوی الخمینی"
صحیفه امام؛ ج ۲۰، ص ۱۸۶