امام خمینی در سی ام بهمن سال ۵۸، ابوالحسن بنی صدر را به فرماندهی کل قوا منصوب کرد.
به گزارش خبرنگار جی پلاس، فرماندهی کل قوا یعنی فرماندهی و کنترل نیروهای مسلح، این مقام در کشورهای غربی مانند روسیه و آمریکا بر عهده رئیس جمهور است اما در جمهوری اسلامی بر اساس قانون اساسی بر عهده رهبر است.
آنچه که مشخص است، این است که این مقام پیش از انقلاب با عنوان بزرگ ارتشتاران نامگذاری شده بود و فرماندهی سه نیروی مسلح کشور را بر عهده داشت که در ادوار مختلف برعهده محمدرضا شاه یا نخست وزیر بود؛ همچنین از دوران مظفرالدین شاه تا رضاشاه نیز بر همین منوال بود یعنی یا شاه یا نایب السلطنه عهده دار این مسئولیت بودند.
با پیروزی انقلاب اسلامی در ۲۲ بهمن ۵۷، مسئولیت آن بر دوش رهبر انقلاب گذاشته شد و امام تا سی ام بهمن ۵۸ طبق قانون اساسی در این مقام ماندند اما با تعیین رئیس جمهور و از آنجایی که کشور در مراحل حساسی قرار داشت، امام خمینی در حکمی که در سی ام بهمن سال ۵۸ خطاب به بنی صدر صادر کرد، به جهت موقعیت حساس کشور، او را به نمایندگی از خود، مسئول این مقام قرار داد. در حکم امام چنین آمده است:
"بسم‌اللّه الرحمن الرحیم
جناب آقای بنی صدر، رئیس جمهور ایران
در این مرحلۀ حساس که احتیاج به تمرکز قوا بیشتر از هر مرحله است جنابعالی به نمایندگی اینجانب به سمت فرماندهی کل نیروهای مسلح به ترتیبی که قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران تعیین کرده است منصوب می شوید. امید است با شایستگی که جنابعالی دارید امور کشوری و لشکری و قوای مسلح به نحو شایسته و با موازین اسلامی جریان پیدا کند. از خداوند تعالی توفیق همگان را در خدمت به ملت اسلامی خواستارم.
روح اللّه الموسوی الخمینی
اما بنی صدر که نتوانست به اعتماد امام و مردم پاسخ مثبت دهد، بعد از اثبات بی کفایتی اش از مقام ریاست جمهوری و فرماندهی کل قوا عزل شد و از آن پس باز هم امام خود عهده دار این مسئولیت شد و پس از امام نیز آیت الله خامنه ای طبق قانون اساسی عهده دار آن مقام شدند. اما دوازدهم خرداد ماه سال ۶۷ و در شرایطی که رژیم بعث عراق به لحاظ نظامی و به یاری قدرت های نظامی برتر جهان فربه تر شده بود، آیت الله خامنه ای در نامه ای به امام به ایشان پیشنهاد دادند تا فردی را به جانشینی فرماندهی کل قوا برگزینند که ایشان هم با این پیشنهاد موافقت کردند. متن پیشنهاد و پذیرش آن از طرف امام به شرح زیر است:
[آقای خامنه‌ای، رئیس جمهور، طی نامه‌ای به محضر امام خمینی اعلام داشت:
... پیشنهاد مشخص اینجانب که قبلاً نیز کتباً و شفاهاً معروض گردیده، این است که :
1ـ کلیه امور مربوط به نیروهای مسلح، ارتش، سپاه، ژاندارمری اعم از عملیات، پشتیبانی، امور سازمانی و اداری و غیره به شخص واحدی مفوض و محول گردد.
2ـ شخص مزبور از سوی حضرت عالی موظف گردد که امور را از نزدیک و با قاطعیت تمشیت کند.
3ـ دادگاه نیروهای مسلح موظف گردد که در تعقیب قضایی متهمین و اجرای محکومیت ها به طور کامل از نظر و دستور وی تبعیت کند. با توجه به همۀ جوانب، به نظر اینجانب، تنها فرد مناسب برای تصدی این مسئولیت مهم، جناب آقای هاشمی رفسنجانی است. امام خمینی در پاسخ چنین مرقوم فرمودند:]
بسم اللّه الرحمن الرحیم
جناب حجت الاسلام آقای حاج شیخ علی اکبر هاشمی رفسنجانی ـ دامت افاضاته
با توجه به درگیری رویاروی امریکای جهانخوار علیه اسلام و ایران و هماهنگی غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامی و جلوگیری از پیروزی اسلام، به پیشنهاد رئیس جمهور محترم، جناب حجت الاسلام آقای خامنه ای ـ دامت افاضاته‌ـ جنابعالی را با تمام اختیارات به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب می نمایم. و جنابعالی موظف به اجرای دستورات ذیل می باشید:
1ـ ایجاد ستاد فرماندهی کل تا تهیۀ زمینۀ وحدت کامل.
2ـ هماهنگی کامل ارتش، سپاه، بسیج و نیروهای انتظامی در تمامی زمینه های دفاع مقدس اسلام. بدیهی است انسجام و ادغام مورد قبول و صحیح ادارات و سازمان های مربوط و پشتیبانی کننده در هماهنگی نیروهای مسلح نقش اساسی را دارا خواهند بود.
3ـ تمرکز صنایع نظامی و تهیۀ مایحتاج دفاع مقدسمان و انسجام امکانات تعمیراتی، پشتیبانی، فنی، مهندسی، رزمی، آموزشی و تحقیقاتی و نیز بسیج همۀ امکانات و ابزار در جهت اهداف مشخص از سوی فرماندهی کل.
4ـ سعی در استفادۀ هر چه بهتر از امکانات و نیروها؛ و جلوگیری از به کار گرفتن امکانات مادی و معنوی در غیر موارد ضروری. و در همین راستا، حذف یا ادغام سازمان ها و تشکیلات تکراری و غیرضروری.
5ـ تمرکز امور تبلیغی و فرهنگی نیروهای مسلح در تمام زمینه ها.
6ـ استفادۀ درست و قاطع از قوانین دادگاه نظامی در زمان جنگ و تنبیه متخلف در هر رده.
7ـ بهره برداری صحیح از کمک های مردمی در تمامی زمینه ها.
قوای مقننه و اجراییه و قضاییه موظفند تمامی امکانات و سیاست های خود را در جهت نیازهای جنگ به کار گیرند.
از مردم عزیز ایران و نیروهای نظامی و انتظامی می خواهم تا با صبر و شکیبایی انقلابی و با قدرت و استقامت در مقابل توطئه های استکبار جهانی ایستادگی نمایند؛ و مطمئن باشند که پیروزی از آنِ صابران است. جهان امروز غرق در نامردمی ها و حیله‌هاست؛ و شما یاران اسلام در اوج قداست و شرافت می باشید. من به همۀ شما دعا می کنم، خداوند یار و پشتیبان مبارزانِ راه خدا باد. توفیق جنابعالی را از خدای تعالی مسئلت دارم. والسلام علیکم و رحمة‌اللّه.
روح اللّه الموسوی الخمینی"
برخی این انتصاب امام را برای بررسی شرایط و پذیرش قطعنامه ۵۹۸ عنوان می کنند اما بررسی مفاد حکم امام، چنین برداشتی را به ذهن متبادر نمی کند چرا که ایشان در انتهای حکم از مردم می خواهند با شکیبایی انقلابی در مقابل توطئه های استکبار جهانی مقاومت کنند و با انتصاب آیت الله هاشمی رفسنجانی به این سمت، یعنی با تمام اختیارات، خواستند تا ایشان بتوانند تمامی امکانات دولت و نیروهای مسلح را در مقابله با ارتش بعثی عراق به کار بگیرد.
محمد درودیان پژوهشگر تاریخ جنگ ایران و عراق، ایجاد زمینه انتصاب آیت الله هاشمی به مسئولیت جدید را پس از عملیات فاو می داند. البته درودیان معتقد است که سپاه، آقای هاشمی را به عنوان فرماندهی کل به امام پیشنهاد داد.
به هر حال این انتصاب با توجه به موقعیت آیت الله هاشمی، می توانست زمینه برخی از پشتیبانی های لازم برای جنگ را فراهم و تسهیل کند. هاشمی رفسنجانی با دریافت حکم جانشینی فرماندهی کل قوا، اقدامات خود را برای سر و سامان دادن به وضعیت جبهه ها آغاز کرد.
محسن رضایی فرمانده وقت سپاه در واکنش به انتصاب آیت الله هاشمی گفت: «امید است، این حسن انتخاب و تفویض اختیارات در بسیج امکانات کشور در امر جنگ و ایجاد وحدت بین نیروهای بسیج که جزو آرزوهای دیرینه رزمندگان است، شوری نوین برای سرکوبی هرچه سریعتر متجاوز در میدان نبرد ایجاد نماید.»
آیت الله هاشمی نیز موضوع اصلی این حکم را این دانست که "باید از امکانات نیروهای مسلح برای جنگ و دفاع بهتر استفاده شود که به‌خاطر چندگانگی نیروهای مسلح، از امکانات به‌خوبی استفاده نمی شود." وی در خطبه های نمازجمعه تهران هم گفت: «این بار ما نیاز داریم، وضعیت را جدی‌تر بگیریم که این کار را شروع کرده ایم.»
