اختلافات میان مجلس شورای اسلامی و بنی صدر که رئیس جمهور بود مدام بیشتر می شد، امام اما در این میان هر دو طرف را به رعایت قانون و وحدت توصیه می کردند و خود دخالتی در امور نمی کردند. بنی صدر پا را از قبل هم فراتر گذاشت تا جایی که روز چهاردهم اسفند ماه سال 59، نیروهای انقلابی را مورد ناسزا قرار داد و آنان را مشتی چماقدار خواند در حالی که این نیروهای طرفدار بنی صدر بودند که به جان نیروهای انقلابی افتاده بودند. چهارده اسفند در تاریخ انقلاب اسلامی نام غائله را به خود گرفت.
جماران - منصوره جاسبی، چهاردهم اسفند ماه با سالروز درگذشت محمد مصدق مصادف بود و همین بهانه ای بود برای برگزاری مراسمی با حضور بنی صدر در دانشگاه تهران. این مراسم که با شعارهای مرگ بر بهشتی و توهین به شخصیت های انقلابی توام بود به زد و خورد کشیده شد. بنی صدر گفت: «این‌که رئیس جمهوری برای صحبت بیاید و عده ای با اسلحه سرد و گرم برای اخلال بیایند، این جمهوری، جمهوری نیست که بتواند دوام بیاورد. مگر این که شما مردم همان طور عمل بکنید که کردند، از این پس هم باید به این چماق‌دارها که معلوم است چه کسانی هستند بگویم که: بدانید و چماقهایتان را هم بشکنید. مگر از کار مغز چه زیانی دیدید که آن را با چماق عوض کردید؟ به‌جای چماقهایتان مغزهای‌تان را به‌کار بیندازید! آن‌وقت خواهید دید که جوّ اجتماعی ما تا کجا سالم، پاک و منزه خواهد شد. این جمهوری به خواست خدا و با پشتیبانی بی‌دریغ شما مردم از خطرها خواهد گذشت و پیروز خواهد شد».
رفته رفته تنش و درگیری بالا و بالاتر گرفت تا جایی که نیروهای هوادار رئیس جمهور به نیروهای خط امام و حزب اللهی حمله‌ور شدند. بعدها روشن شد که سازمان مجاهدین خلق، حزب توده، سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر و اتحادیه کمونیست‌ها در به وجود آمدن این تنش‌ها سهم بسزایی داشته‌اند.
رضا امراللهی درباره نقش آیت الله خامنه ای در آرامش مردم در آن سال های پر تنش در خاطره ای گفته است:
دو سه تا خاطره دارم که فراموش نمی شود، یکی این بود که آقای خامنه‌ای، روزی که بنی‌صدر ماجرای 14 اسفند را راه انداخته بود، جمعه‌اش آمده بود نماز جمعه. من نگران بودم که آن روز چی می شود. یعنی شهر ملتهب بود که احساسات به‌خصوص حزب‌الله جامعه به شدت جریحه‌دار بود و آن موقع هم اکثریت با حزب‌الله بود و بیم آن می‌رفت که اتفاق بدی بیفتد.
آقای خامنه‌ای، آن روز نماز جمعه تهران را آرام کرد که من همیشه می‌گویم در آن کلام و خطبه‌ها یک صلابتی بود که شاید کار خدا بود. یعنی فراتر از کار یک خطیب عادی بود و واقعا می‌شود بگوییم در آن یک مصلحتی بود وگرنه آن روز در تهران یک حرکت بزرگی می‌شد و حرکت که می‌گویم، یعنی یک مشکل بزرگ در تهران درست می‌شد و آن را آن روز آقای خامنه‌ای با یک زیبایی خاصی تبدیل به یک آرامش کردند. (کتاب عصر جهاد، دوران خدمت؛ ص 65)
چگونگی برخورد امام خمینی(س) با ماجرای بنی صدر
در اولین دوره انتخابات مجلس شورای اسلامی، حزب جمهوری اسلامی بیشترین آرا را از آن خود کرده بود، اختلافات میان مجلس و رئیس جمهور روز به روز بیشتر و بیشتر می شد و امام خمینی (س) همواره طرفین را به رعایت قانون و برقراری وحدت و توافق سیاسی دعوت می کردند. ایشان در پاسخ به بنی صدر که از امام خواسته بود درباره اختلاف بر سر تعیین نخست وزیر و اعضای کابینه نظر بدهند، فرموده بودند:
«اینجانب دخالتی در امور نمی کنم، موازین همان بود که کرارا گفته ام و سفارش من آن است که آقایان تفاهم کنند و اشخاص مومن به انقلاب و مدیر و مدبر و فعال انتخاب نمایند.» (صحیفه امام؛ ج 13، ص 175)
بنی صدر به هر طریق که ممکن بود سعی کرد پیشنهادهای مجلس را نپذیرد تا جایی که در یازدهم شهریور سال 59 باز هم در نامه ای به اختلافاتش با شهید رجایی اشاره کرده و از امام می خواهد که نظر بدهند ولی امام می فرمایند که دخالتی در امور نمی کنم.(2)
مرحوم آیت الله هاشمی در خاطراتش نقل کرده است:
سخنرانی آقای بنی صدر در 17 شهریور آب پاکی روی همه مصلحت اندیشی ها بود. چون به اسلام، قرآن، امام و ما حمله کرد. قرآن را به گونه ای تفسیر کرد که قابل غمض عین نبود. ما آن روز در منزل شهید بهشتی بودیم و سخنرانی را مستقیم از رادیو گوش می کردیم. از منزل شهید بهشتی به حاج احمد آقا تلفن کردیم که سخنرانی بنی صدر را شما و امام هم می شنوید؟ گفت: بله! گفتیم به امام بگو می خواهیم جواب بدهیم. چون قبل از این بنا بود ما سکوت کنیم.
حاج احمد آقا با امام صحبت کرد و امام گفتند: «حقشان است که جواب بدهند.» یک مصاحبه ای انجام دادم که در این جریانات، تاریخی است و در مجلس هم در نطق پیش از دستور به ایشان جواب دادم. این بار با اجازه خود امام شروع کردیم. (امام خمینی به روایت آیت الله هاشمی رفسنجانی؛ ص 126)
گذشت زمان، اختلافات میان بنی صدر و نیروهای انقلابی را نمایان تر و بیشتر به منصه ظهور رساند تا جایی که این اختلاف در چهاردهم اسفند ماه سال 59 به هنگام برگزاری مراسم دکتر مصدق و به هنگام سخنرانی بنی صدر، غائله دانشگاه تهران را ایجاد کرد. او در حالی که از نیروهای انقلابی به عنوان چماقداران نام می برد از مردم می خواست که آنان را از دانشگاه بیرون کنند. در این مراسم میان انقلابی ها و پاسداران و نیروهای سازمان مجاهدین خلق و گارد ریاست جمهوری درگیری هایی رخ داد.
این ماجرا، دامنه انتقادات از بنی صدر را گسترش داد تا جایی که در 25 اسفند 1359 در جلسه ای که با حضور شهید بهشتی، مرحوم آیت الله موسوی اردبیلی، آیت الله خامنه ای، مرحوم آیت الله رفسنجانی، مهندس بازرگان، بنی صدر، شهید رجایی و مرحوم حجت الاسلام و المسلمین سید احمد خمینی در حضور امام تشکیل شد باعث صدور بیانیه ده ماده ای امام که در آن رهنمودهایی برای حل مسائل مملکت داشتند، منجر شد و سپس هیاتی مرکب از مرحوم آیت الله مهدوی کنی به نمایندگی از امام، مرحوم حجت الاسلام و المسلمین اشراقی به نمایندگی از رئیس جمهور و مرحوم آیت الله محمد یزدی به نمایندگی از طرف مجلس تشکیل شد.
هیات حل اختلاف از 24 فروردین 1360 که اولین جلسه خود را تشکیل داد، جلسات متعددی را برای رسیدگی به اختلافات مسئولان برگزار کرد و در نهایت در 12 خرداد 1360 اعلام کرد که مصاحبه ها و سخنان رئیس جمهور، تخلف از بیانیه ده ماده ای امام و قانون اساسی است و به همین خاطر رئیس جمهور را متخلف اعلام کرد و بدین ترتیب موضع جناح مخالف بنی صدر تقویت شد.
در نهایت با عزل بنی صدر از فرماندهی کل نیروهای مسلح در 20 خرداد 1360 از جانب امام، روز شنبه ۳۰ خرداد ۶۰، طرح بررسی عدم کفایت بنی‌صدر در مجلس آغاز شد. مجاهدین خلق(منافقین) در روزهای قبل بار‌ها نسبت به بروز وقایعی که در صورت سقوط دولت بنی‌صدر محتمل است، هشدار داده بودند. برخی با توجه به نپذیرفتن خلع سلاح از سوی مجاهدین(منافقین)، بیانیه‌های آخر سازمان را اعلان جنگ به نظام و زمینه‌چینی برای آغاز مبارزه مسلحانه علیه انقلاب ارزیابی می‌کردند. در این شرایط بود که صبح روز سی ام خرداد نمایندگان در مجلس گردهم آمدند.
بعد از قرائت قرآن اولین نفر نماینده تربت جام بود که برای نطق پیش از دستور پشت تریبون قرار گرفت. علی اکبر دهقان در سخنانی از تلاش دشمن برای جدایی انداختن میان مردم و روحانیت سخن گفت، حرف و حدیث‌ها درباره خفقان و عدم اجازه پاسخگویی به رییس‌جمهوری را رد کرد و از حق بنی‌صدر برای پاسخگویی که بار‌ها داشته و از آن استفاده نکرده است، سخن به میان آورد و به نقل برخی سخنان بنی‌صدر در مصاحبه با رسانه‌های خارجی پرداخت و بر اساس آن از سیاه‌نمایی وی علیه نظام گفت. وی گفت آقای بنی‌صدر در مصاحبه‌ای با روزنامه لوماتن چاپ پاریس ۱۵ می۱۹۸۱می‌فرمایند: «در زمان انقلاب برای تشریح حکومت اسلامی آن را حکومت قانون می‌نامیدند، لکن امروز دیگر قانونی وجود ندارد، مانند گذشته دستگیر و شکنجه می‌کنند. تا آنجا که می‌گویند، بنابراین وضع همچون گذشته است و انسان هیچ‌گونه حقی ندارد. او را دستگیر می‌کنند و به مانند آشغال دور می‌ریزند. لااقل در گذشته دورنمای تمدن بزرگ وجود داشت. امروز حتی آن هم وجود ندارد. یک لطیفه‌ای در میان مردم رایج شده است. چنین می‌گوید طالقانی از بهشت تلگرامی به امام خمینی فرستاد و گفته است، من شاه را ملاقات کردم، اما از شهدای انقلاب خبری نبود» البته این هولناک است، لکن پرمعنا است. و اضافه کرد: «ایشان یعنی رئیس جمهور اسلامی ما با این جمله‌شان بیان می‌کنند که شکنجه از زمان شاه بیشتر است. زمان شاه امیدوارکننده‌تر بود. لااقل آنجا دورنمای تمدن بزرگ وجود داشت. امروز آن هم نیست و مضحک‌تر از همه این است که شاه را از همه شهدای انقلاب اسلامی بالاتر می‌دانند طوری که در لطیفه‌شان می‌گویند آقای طالقانی در بهشت شاه را ملاقات می‌کنند اما از شهدا خبری نیست...». (مشروح مذاکرات دوره اول مجلس شورای اسلامی، جلسه ۳۰ خرداد 1360، روزنامه رسمی، ۱۰۶۲۱)
سرانجام در اول تیر 1360 و در پی اعلام نظر مجلس -که در طی روهای 30 و 31 خرداد با 177 رای مثبت در برابر 12 رای ممتنع و تنها یک رای مخالف- بر عدم کفایت سیاسی بنی صدر رای داده بودند، امام بنی صدر را از سمت ریاست جمهوری عزل کردند. علیرغم همه این مسائل، امام در جریان یک سخنرانی باز هم اشاره می کنند که ایشان (بنی صدر) حساب خودش را از گروه های منافق و جبهه ملی جدا نکرد و توصیه می کنند که توجه کند که مبادا که در دام گروهای خارج از کشور بیفتد.
