در یادداشتی به قلم آیت الله سید ضیاء مرتضوی در خصوص دیدگاه امام خمینی درباره فدائیان اسلام آمده است: با توجه به مشی کلی امام‌خمینی و مواضع یادشده می‌توان گفت ایشان به‌رغم نگاه مثبت درباره همه یا برخی از افراد این گروه و به رغم اینکه خود علیه رژیم پهلوی مبارزه می‌کرد، اما با ترورهای آنان همراه نبوده و حتی با آن مخالف بوده است.
به گزارش جماران؛ در یادداشتی به قلم آیت الله سید ضیاء مرتضوی در خصوص دیدگاه امام خمینی درباره فدائیان اسلام آمده است:
۱- یکی از مسائلی که اخیرا به مناسبت سالگرد اعدام سیدمجتبی نواب صفوی به دست رژیم پهلوی، در برخی گروه‌های مجازی مطرح شد، دیدگاه و موضع امام‌خمینی،رحمه الله علیه، درباره ترورهای گروه فدائیان اسلام به رهبری نواب صفوی بود. پرسشی که از گذشته نیز مطرح بوده است؛ به ویژه که امام‌خمینی تلاش زیادی برای جلوگیری از اعدام وی از طریق مرحوم آیت‌الله بروجردی کرد؛ هرچند به نتیجه نرسید. این بنده به دلیل مدیریت و سرویراستاری دانشنامه امام‌خمینی و ارتباط موضوع با برخی مدخل‌های آن پیگیر این موضوع شده و در اینجا خلاصه آن را برای روشن شدن بازگو می‌کند.
۲- امام‌خمینی در «صحیفه امام»، ج۳، ص۴۵، نامه کوتاهی به حجت‌الاسلام سیدحمید روحانی (زیارتی) نوشته است. موضوع این نامه به دو تذکر به وی درباره یکی از شماره‌های نشریه «پانزده خرداد» است که گویا در حجم چهار صفحه در دوران تبعید امام‌خمینی، در نجف اشرف منتشر می‌کرده است. آقای روحانی که به گفته خود از علاقه‌مندان و طرفداران فدائیان اسلام و شیفته نواب صفوی بوده، در یک شماره از نشریه به مبارزات فدائیان اسلام و شخصیت نواب صفوی و ستایش از آنان می‌پردازد و پیش از انتشار جهت ملاحظه امام‌خمینی در اختیار ایشان می‌گذارد و ایشان نیز به وی دو تذکر می‌دهد.
۳- هر دو تذکر مجمل و سربسته است. تذکر دوم شاید درباره شخصیت خود امام‌خمینی و جهاتی بوده که به ایشان برمی‌گشته و به هر حال اینک موضوع سخن نیست و امام‌خمینی به این جمله بسنده کرده است: «ورقه دوم هم با سلیقه من مخالف است، خصوصاً در مثل ماهنامه شما». تذکر دیگر نیز سربسته است اما با توجه به توضیح اجمالی که در پاورقی به نقل از سیدحمید روحانی درج شده می‌شد حدس زد درباره ترورهای فدائیان اسلام است و همین منشأ پیگیری اینجانب شد؛ به ویژه که ایشان در تخطئه این اقدامات تعبیر «آدمکشیها» را به کار برده که به‌روشنی گویای موضع منفی ایشان است.
۴- امام‌خمینی درباره مقاله‌ای که در ستایش فدائیان اسلام و نواب صفوی تهیه شده بود، نوشته است: «شرحی که مرقوم شده است بعضی اشکالات دارد. از آن جمله تمجید از آدمکشیها که صحیح نیست در ماهنامه شما باشد و اصل قضیه این روزها مورد شک و اشکال است، و مطالبی در نظر دارم که نمی‌توانم بگویم».
صحیفه امام، در پاورقی بدون نام بردن از گروه فدائیان به نقل از آقای روحانی توضیح داده است: «مطلبی که در نامه اشاره شده است مربوط به مقاله‌ای است در تجلیل از یک جریان سیاسی فعال در دهه بیست و سی که برای درج در ماهنامه تهیه شده بود و پس از دریافت نظر امام از درج آن خودداری کردیم».
۵- با توجه به اهمیت موضوع، بنده (سیدضیاء مرتضوی) در سال ۱۳۹۹ در مسئولیت داشنامه برای حصول اطمینان خاطر با آقای روحانی تماس تلفنی گرفتم و حدس خود را مطرح کردم و افزودم دانشنامه می‌تواند دیدگاه امام‌خمینی را به همین صورت سربسته که در نامه آمده بازگو کند، اما اگر او تایید کند و موافق باشد، نظر امام‌خمینی به صراحت آورده خواهد شد. وی از این پیشنهاد استقبال و به صراحت تایید کرد که موضوع مربوط به فدائیان اسلام و نواب صفوی بود و او در جای دیگر نیز مطرح کرده است.
این امر طبعا گامی برای روشن شدن موضع امام خمینی در این باره بود که مدعیان مختلفی داشته و دارد. بنده نیز موضوع را عینا از جمله در مدخل «مبارزه مسلحانه» گنجاندم.
۶- تذکر امام‌خمینی به خوبی نشان‌دهنده موضع منفی ایشان درباره ترورهای یادشده و نیز تردید ایشان در آن مقطع درباره اصل موضوع فدائیان اسلام یا قضایای مربوط به است و با توجه به برخی پی‌آمدهای موضع‌گیری خود نمی‌توانسته آن را آشکار سازد. اینکه آیا ایشان بعداً نظر متفاوتی پیدا کرده یا نه به درستی روشن نیست و بسیار بعید می‌نماید، اما پیداست که در هیچ کجا نظر مثبتی درباره آن ترورها ابراز نکرده است. گفتگوی ماهنامه «پیام زن» با خانم احتشام رضوی، همسر نواب صفوی، که با سردبیری این جانب منتشر می‌شد، نیز نشان می‌دهد به‌رغم درخواست وی در دیدار با امام‌خمینی، ایشان حاضر به تایید اقدامات نواب نشده و تنها حسن نیت وی را ستوده است.
۷- حال با توجه به مشی کلی امام‌خمینی و مواضع یادشده می‌توان گفت ایشان به‌رغم نگاه مثبت درباره همه یا برخی از افراد این گروه و به رغم اینکه خود علیه رژیم پهلوی مبارزه می‌کرد، اما با ترورهای آنان همراه نبوده و حتی با آن مخالف بوده است. البته این موضوع از نگاه کلی نیازمند بررسی تفصیلی است و در دانشنامه در مدخل «مبارزه مسلحانه» شرحی مستند در این باره آمده است.
