این روحانی برجسته شامگاه روز سه‌شنبه در سن ۹۰ سالگی پس از یک دوره بیماری و بستری در بیمارستانی در اصفهان درگذشت.
پیکر این عالم ربانی پس از مراسم وداع با حضور اقشار مختلف مردم و روحانیون صبح امروز از ابتدای خیابان شیخ طوسی غربی(۲۴متری) به سمت مسجد قبا میعادگاه و منبر و محراب همیشگی این مبلغ دین برگزار و در آن محل به خاک سپرده شد.
حضرت آیت الله مظاهری از مراجع تقلید و رییس حوزه علمیه اصفهان در مدرسه صدر بازار اصفهان بر پیکر این عالم نماز خواند.
آیت‌الله سید حسن مهاجر، سال ۱۳۰۸ در روستای محسن آباد برخوار اصفهان به دنیا آمد و از هفت سالگی مقدمات علوم حوزوی را نزد پدر خود فراگرفته و در سنین نوجوانی وارد حوزۀ علمیۀ اصفهان شد.
وی از محضر استادانی چون آیت الله خادمی، آیت الله طیب، آیت الله صدر کوپایی و آیت الله شیرازی کسب فیض کرد و پس از مهاجرت به قم و تحصیل در محضر آیات عظام امام خمینی، مرعشی نجفی، بروجردی، کوه کمره ای، گلپایگانی و ... به درجات عالیۀ علمی نائل شد.
آیت الله مهاجر، در تابستان ۱۳۵۸ به درخواست مرحوم محسنی موسس مسجد قبا و با معرفی آیت الله خادمی و مردم منطقه، به عنوان امام جماعت مسجد قبا انتخاب و مشغول کار تبلیغی در همۀ عرصه ها شد.
تربیت طلاب جوان و ترویج معارف قرانی از جمله فعالیت های این عالم در مسجد قبا بوده است.
