در دوره سازندگی به عنوان وزیر کشاورزی انتخاب شد و تا سال 77 _ یک سال بعد از تشکیل دولت اصلاحات_ در این سمت باقی ماند اما با ادغام وزارت کشاورزی و جهاد از سمت خود کنار رفت. در دهه 80 خانه کشاورزی ایران را بنیان گذاشت و در آن مشغول به فعالیت شد. وی در این دوره به عنوان مشاور در مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام مشغول به فعالیت بود.
امروز عیسی کلانتری طی حکمی از سوی رئیس جمهور روحانی، به عنوان جانشین معصومه ابتکار در سازمان حفاظت محیط زیست منصوب شد.
به گزارش جماران، عیسی کلانتری متولد دهه 30 در شهرستان مرند است. مقطع کارشناسی را در رشته زراعت، اصلاح نباتات در دانشگاه ارومیه گذراند؛ اواسط دهه پنجاه راهی آمریکا شد و مقطع کارشناسی ارشد خود را در زمینه فیزیولوژی زراعی و دکتری را در رشته فیزیولوژی و بیوشیمی محصولات زراعی گذراند.
در دوره سازندگی به عنوان وزیر کشاورزی انتخاب شد و تا سال 77 _ یک سال بعد از تشکیل دولت اصلاحات_ در این سمت باقی ماند اما با ادغام وزارت کشاورزی و جهاد از سمت خود کنار رفت. در دهه 80 خانه کشاورزی ایران را بنیان گذاشت و در آن مشغول به فعالیت شد. وی در این دوره به عنوان مشاور در مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام مشغول به فعالیت بود.
وی در انتخابات سال 88 نیز از حامیان میرحسین موسوی بود. در بهمن ماه 1392 از سوی حمید چیت چیان به عنوان دبیر ستاد احیا دریاچه ارومیه انتخاب شد و تاکنون در این سمت باقی است. علاوه بر این در اوایل سال 94 اسحاق جهانگیری وی را به عنوان مشاور خود در امور آب، کشاورزی و محیط زیست معرفی کرد و در روزهای اخیر نیز از او به عنوان جانشین معصومه ابتکار یاد می شود.