[آقای خامنه‏ای، رئیس جمهور، طی نامه‏ای به محضر امام خمینی اعلام داشت:

... پیشنهاد مشخص اینجانب که قبلاً نیز کتباً و شفاهاً معروض گردیده، این است که :

1ـ کلیه امور مربوط به نیروهای مسلح، ارتش، سپاه، ژاندارمری اعم از عملیات، پشتیبانی، امور سازمانی و اداری و غیره به شخص واحدی مفوض و محول گردد.

2ـ شخص مزبور از سوی حضرتعالی موظف گردد که امور را از نزدیک و با قاطعیت تمشیت کند.

3ـ دادگاه نیروهای مسلح موظف گردد که در تعقیب قضایی متهمین و اجرای محکومیتها به طور کامل از نظر و دستور وی تبعیت کند. با توجه به همۀ جوانب، به نظر اینجانب، تنها فرد مناسب برای تصدی این مسئولیت مهم، جناب آقای هاشمی رفسنجانی است. امام خمینی در پاسخ چنین مرقوم فرمودند:]

بسم‏اللّه‏الرحمن الرحیم

جناب حجت الاسلام آقای حاج شیخ علی اکبر هاشمی رفسنجانی ـ دامت افاضاته

با توجه به درگیری رویاروی امریکای جهانخوار علیه اسلام و ایران و هماهنگی غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامی و جلوگیری از پیروزی اسلام، به پیشنهاد رئیس جمهور محترم، جناب حجت الاسلام آقای خامنه‏ای ـ دامت افاضاته‏ـ جنابعالی را با تمام اختیارات به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب می‏نمایم. و جنابعالی موظف به اجرای دستورات ذیل می‏باشید:

1ـ ایجاد ستاد فرماندهی کل تا تهیۀ زمینۀ وحدت کامل.

2ـ هماهنگی کامل ارتش، سپاه، بسیج و نیروهای انتظامی در تمامی زمینه‏های دفاع مقدس اسلام. بدیهی است انسجام و ادغام مورد قبول و صحیح ادارات و سازمانهای مربوط و پشتیبانی کننده در هماهنگی نیروهای مسلح نقش اساسی را دارا خواهند بود.

3ـ تمرکز صنایع نظامی و تهیۀ مایحتاج دفاع مقدسمان و انسجام امکانات تعمیراتی، پشتیبانی، فنی، مهندسی، رزمی، آموزشی و تحقیقاتی و نیز بسیج همۀ امکانات و ابزار در جهت اهداف مشخص از سوی فرماندهی کل.

4ـ سعی در استفادۀ هر چه بهتر از امکانات و نیروها؛ و جلوگیری از به کار گرفتن امکانات مادی و معنوی در غیر موارد ضروری. و در همین راستا، حذف یا ادغام سازمانها و تشکیلات تکراری و غیرضروری.

5ـ تمرکز امور تبلیغی و فرهنگی نیروهای مسلح در تمام زمینه‏ها.

6ـ استفادۀ درست و قاطع از قوانین دادگاه نظامی در زمان جنگ و تنبیه متخلف در هر رده.

7ـ بهره‏برداری صحیح از کمکهای مردمی در تمامی زمینه‏ها.

قوای مقننه و اجراییه و قضاییه موظفند تمامی امکانات و سیاستهای خود را در جهت نیازهای جنگ به کار گیرند.

از مردم عزیز ایران و نیروهای نظامی و انتظامی می‏خواهم تا با صبر و شکیبایی انقلابی و با قدرت و استقامت در مقابل توطئه‏های استکبار جهانی ایستادگی نمایند؛ و مطمئن باشند که پیروزی از آنِ صابران است. جهان امروز غرق در نامردمیها و حیله‏هاست؛ و شما یاران اسلام در اوج قداست و شرافت می‏باشید. من به همۀ شما دعا می‏کنم، خداوند یار و پشتیبان مبارزانِ راه خدا باد. توفیق جنابعالی را از خدای تعالی مسئلت دارم. والسلام علیکم و رحمة‏اللّه‏.

روح اللّه‏الموسوی الخمینی